用于探索大规模单细胞RNA测序数据集的Web应用程序，升级后支持端到端交互式分析。

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探索性CellxGene (ExCellxGene)

V2.9.6

最新稳定版本为V2.9.6。当前版本的exCellxgene依赖于anndata==0.7.8，因此可能与使用anndata==0.8.0或更高版本生成的anndata对象发生崩溃。在我们修复此错误之前，建议用户遵循以下安装说明。关键部分是先安装exCellxgene，然后在“cxg”conda环境中将anndata版本升级到0.8.0。

安装

  1. 如果已安装conda，请安装miniconda
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh -O ~/miniconda.sh
bash ~/miniconda.sh -b -p $HOME/miniconda
  1. 创建并激活新环境
conda create -n cxg python=3.8
conda activate cxg
  1. 使用pip安装exCellxgene
pip install excellxgene
pip install anndata==0.8.0

如果您的操作系统是CentOS，则在安装需要最新gcc或g++编译器的依赖项时可能会遇到问题。请使用以下命令安装，然后尝试使用pip重新安装exCellxgene

conda install -c conda-forge gcc cxx-compiler
  1. 下载git存储库以获取示例数据集（假设已安装git，如果没有，请使用conda install -c anaconda git安装它）
git clone https://github.com/czbiohub/excellxgene
cd excellxgene

数据集存储在example-dataset

  1. 使用以下命令启动exCellxgene
excellxgene launch example-dataset

这应该在example-datasets/中加载所有数据集后启动一个exCellxgene会话。

如果您在远程运行exCellxgene，请使用以下命令启动

excellxgene launch example-datasets --host 0.0.0.0

关于如何使用交互式工具手动进行细胞类型注释的预印本

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.07.11.548639v1

突出显示一些用例的教程幻灯片

https://cellxgene.cziscience.com/docs/05__Annotate%20and%20Analyze%20Your%20Data/5_8__Multimodal%20Annotations

关于多组学数据集（RNA、ATAC、CITE-seq、空间转录组学）的更多教程幻灯片即将推出（Q1/Q2 2024）。

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数据类型管理不当

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Sankey再次损坏

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Windows路径问题仍然存在

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