eqip

Electron-microscopy Quasi Isotropic Prediction scripts

依赖项在setup.py中的install_requires中指定。除此之外，您需要在PYTHONPATH上安装CNNectome quasi-isotropic分支。主分支可能也可以工作，但尚未测试。

在GPU集群上安装conda环境

conda create -n eqip -c conda-forge -c cpape python=3.6 tensorflow-gpu=1.3
conda activate eqip
conda install -c conda-forge -c cpape pip z5py
conda install -c conda-forge scikit-image numpy scipy
conda install -c conda-forge h5py requests urllib3 idna
conda install -c conda-forge cython
conda install -c conda-forge pymongo
pip install malis==1.0
pip install git+https://github.com/hanslovsky/eqip

高内存使用/意外多线程/进程

设置环境，如需:

export OMP_NUM_THREADS=1
export MKL_NUM_THREADS=1
export OPENBLAS_NUM_THREADS=1
export VECLIB_MAXIMUM_THREADS=1
export NUMEXPR_NUM_THREADS=1

numpy/nump#11826