表观基因组数据集 · PyPI

Python包，用于封装多个参考细胞系的ENCODE表观基因组数据。

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Python包，用于封装多个参考细胞系的ENCODE表观基因组数据。

我该如何安装这个包？

像往常一样，只需使用pip下载即可

pip install epigenomic_dataset

测试覆盖率

由于一些处理覆盖率的软件有时会得到略有不同的结果，这里列出了三个

待办事项：以下部分需要稍作结构调整！

顺式调控区域的预处理数据

我们已经下载并获得了数据集中细胞系A549、GM12878、H1、HEK293、HepG2、K562和MCF7每个启动子和增强子区域的最大窗口值，以及Roadmap数据集中细胞系A549、GM12878、H1、HepG2和K562的所有目标特征的完整表（请参见完整的表观基因组表）。

Fantom中用于分类增强子和启动子激活的阈值是CRR标签中解释的默认值，该标签处理从Fantom和Roadmap下载和预处理数据。

数据集	组装	窗口大小	区域	细胞系	下载URL
fantom	hg38	256	启动子	GM12878	下载
fantom	hg38	256	启动子	A549	下载
fantom	hg38	256	启动子	HEK293	下载
fantom	hg38	256	启动子	HepG2	下载
fantom	hg38	256	启动子	K562	下载
fantom	hg38	256	启动子	H1	下载
fantom	hg38	256	启动子	MCF-7	下载
fantom	hg38	256	增强子	GM12878	下载
fantom	hg38	256	增强子	A549	下载
fantom	hg38	256	增强子	HEK293	下载
fantom	hg38	256	增强子	HepG2	下载
fantom	hg38	256	增强子	K562	下载
fantom	hg38	256	增强子	H1	下载
fantom	hg38	256	增强子	MCF-7	下载
fantom	hg38	128	启动子	GM12878	下载
fantom	hg38	128	启动子	A549	下载
fantom	hg38	128	启动子	HEK293	下载
fantom	hg38	128	启动子	HepG2	下载
fantom	hg38	128	启动子	K562	下载
fantom	hg38	128	启动子	H1	下载
fantom	hg38	128	启动子	MCF-7	下载
fantom	hg38	128	增强子	GM12878	下载
fantom	hg38	128	增强子	A549	下载
fantom	hg38	128	增强子	HEK293	下载
fantom	hg38	128	增强子	HepG2	下载
fantom	hg38	128	增强子	K562	下载
fantom	hg38	128	增强子	H1	下载
fantom	hg38	128	增强子	MCF-7	下载
fantom	hg38	64	启动子	GM12878	下载
fantom	hg38	64	启动子	A549	下载
fantom	hg38	64	启动子	HEK293	下载
fantom	hg38	64	启动子	HepG2	下载
fantom	hg38	64	启动子	K562	下载
fantom	hg38	64	启动子	H1	下载
fantom	hg38	64	启动子	MCF-7	下载
fantom	hg38	64	增强子	GM12878	下载
fantom	hg38	64	增强子	A549	下载
fantom	hg38	64	增强子	HEK293	下载
fantom	hg38	64	增强子	HepG2	下载
fantom	hg38	64	增强子	K562	下载
fantom	hg38	64	增强子	H1	下载
fantom	hg38	64	增强子	MCF-7	下载
fantom	hg38	1024	启动子	GM12878	下载
fantom	hg38	1024	启动子	A549	下载
fantom	hg38	1024	启动子	HEK293	下载
fantom	hg38	1024	启动子	HepG2	下载
fantom	hg38	1024	启动子	K562	下载
fantom	hg38	1024	启动子	H1	下载
fantom	hg38	1024	启动子	MCF-7	下载
fantom	hg38	1024	增强子	GM12878	下载
fantom	hg38	1024	增强子	A549	下载
fantom	hg38	1024	增强子	HEK293	下载
fantom	hg38	1024	增强子	HepG2	下载
fantom	hg38	1024	增强子	K562	下载
fantom	hg38	1024	增强子	H1	下载
fantom	hg38	1024	增强子	MCF-7	下载
fantom	hg38	512	启动子	GM12878	下载
fantom	hg38	512	启动子	A549	下载
fantom	hg38	512	启动子	HEK293	下载
fantom	hg38	512	启动子	HepG2	下载
fantom	hg38	512	启动子	K562	下载
fantom	hg38	512	启动子	H1	下载
fantom	hg38	512	启动子	MCF-7	下载
fantom	hg38	512	增强子	GM12878	下载
fantom	hg38	512	增强子	A549	下载
fantom	hg38	512	增强子	HEK293	下载
fantom	hg38	512	增强子	HepG2	下载
fantom	hg38	512	增强子	K562	下载
fantom	hg38	512	增强子	H1	下载
fantom	hg38	512	增强子	MCF-7	下载

以下是所有考虑的细胞系的标签。

数据集	启动子	增强子
Fantom	200	1000	200	1000
Roadmap	200	1000	200	1000

待办事项：在参考标签数据集中对启动子和增强子进行对齐。

用于检索CRR表观基因组数据的完整流程在此。

自动检索预处理数据

您可以通过以下方式自动检索数据：

from epigenomic_dataset import load_epigenomes

X, y = load_epigenomes(
    cell_line = "K562",
    dataset = "fantom",
    region = "promoters",
    window_size = 256,
    root = "datasets" # Path where to download data
)

表观基因组数据流程

所考虑的原始数据来自ENCODE项目的此查询

您可以在此处找到可用的表观遗传组完整列表。这些数据集被选中，因为在编写时间（2020年7月2日），它们已知问题的数量最少，例如读数分辨率低。

您可以按照以下方式运行管道：假设您想提取HepG2和H1细胞系的表观遗传学特征

from epigenomic_dataset import build

build(
    bed_path="path/to/my/bed/file.bed",
    cell_lines=["HepG2", "H1"]
)

如果您想指定文件存储位置，请使用

from epigenomic_dataset import build

build(
    bed_path="path/to/my/bed/file.bed",
    cell_lines=["HepG2", "H1"],
    path="path/to/my/target"
)

默认情况下，下载的大Wig文件不会被删除。您可以选择如下删除文件

from epigenomic_dataset import build

build(
    bed_path="path/to/my/bed/file.bed",
    cell_lines=["HepG2", "H1"],
    path="path/to/my/target",
    clear_download=True
)

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2021年6月2日

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1.2.2

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2020年3月18日

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2020年3月15日

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2020年3月6日

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上传时间 2022年4月27日 源代码

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epigenomic_dataset-1.2.14.tar.gz 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`b93ff70064a26457d6bf688f90eb504caa0984708fd246124acebc188470a16c`
MD5	`371850a3f913be28d664ac70ca2843b4`
BLAKE2b-256	`e31cfe77af61ba9d46424f2684bba043c9855f4f9f41f7f2bd073e5e0979b9fa`

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