ephemeris 0.10.10

在可选项中使用None默认值（感谢@mvdbeek）。Pull Request 212

修复CI测试（感谢@mvdbeek）。Pull Request 208

添加black、ruff、isort和mypy（感谢@mvdbeek）。Pull Request 209

添加现在必须的readthedocs配置文件（感谢@nsoranzo）。Pull Request 210

增强IDC脚本（感谢@jmchilton）。Pull Request 201

在标志中优先使用连字符而不是下划线（感谢@natefoo）。Pull Request 191

从setup-data-libraries中的get_folders函数调用中删除文件夹id（感谢@sanjaysrikakulam）。Pull Request 196

将CLI命令标准化为-而不是_（感谢@hexylena）。Pull Request 195

添加部分类型注解（感谢@mvdbeek）。Pull Request 193

重命名在tox 4.0中删除的配置选项（感谢@nsoranzo）。Pull Request 190

设置库权限（感谢@mira-miracoli）。Pull Request 187

从sleep.py中删除额外的随机休眠行（感谢@cat-bro）。Pull Request 171

为shed-tools test添加指定历史名称的选项（感谢@natefoo）。Pull Request 173

workflow-to-tools：从子工作流程中获取工具（感谢@cat-bro）。Pull Request 170

添加pysam并在测试获取错误时继续（感谢@mvdbeek）。Pull Request 128

对测试和CI基础设施进行各种更新（感谢@jmchilton）。Pull Request 165

在等待安装时处理终端状态（感谢@mvdbeek）。Pull Request 161

在搜索测试工具id时获取所有工具（感谢@cat-bro）。Pull Request 159

等待正确的仓库（感谢@mvdbeek）。Pull Request 158

更新依赖项

修复shed-tools test -t workflow_tools.yml（感谢@nsoranzo）。Pull Request 155

修复从yaml列表中安装工具依赖项（感谢@mvdbeek）。Pull Request 154

使用unicodify将异常转换为字符串（感谢@mvdbeek）。Pull Request 150

在创建文件夹时，使用setup_data_libraries添加描述（感谢@abretaud）。Pull Request 149

在轮询仓库安装状态时，确保检查了正确的版本（感谢@natefoo）。Pull Request 146

添加install_tool_deps命令（感谢@innovate-invent）。Pull Request 145

添加安装工具依赖的install-tool-deps命令（感谢@innovate-invent）。Pull Request 130

使用galaxy-tool-util代替galaxy-lib（感谢@nsoranzo）。Pull Request 143

在标签上发布到PyPI（感谢@mvdbeek）。Pull Request 142

使数据库创建更稳健（感谢@erasche）。Pull Request 138

使工具测试更稳健（感谢@mvdbeek）。Pull Request 137，Pull Request 136

修复默认消息检查（感谢@mvdbeek）。Pull Request 135

修复安装仓库时的超时处理（感谢@mvdbeek）。Pull Request 134

修复文档构建和重新生成（感谢@martenson）。Pull Request 129

修复'default for 'parallel_tests'的拼写错误（感谢@martenson）。Pull Request 127

为xunit报告包含一些额外的统计数据（感谢@mvdbeek）。Pull Request 126

优雅地处理UWSGI连接的超时（感谢@pcm32）。Pull Request 123

更新用户名文档（应为电子邮件）（感谢@rdvelazquez）。Pull Request 122

从使用示例中删除python调用（感谢@martenson）。Pull Request 121

修复too_with_panel为空时的崩溃（感谢@jvanbraekel）。Pull Request 120

在常规用户权限下，没有共享文件系统并行测试工具（感谢@mvdbeek）。Pull Request 118

使用最新的文档依赖关系来修复文档构建问题（感谢@rhpvorderman）。Pull Request 114

重构shed工具功能。从shed-tools CLI中删除了过时的选项。shed-tools update现在也接受工具列表，因此可以选择性更新Galaxy中的工具。改进的算法导致跳过已安装工具的速度大幅提高，使得在已填充的Galaxy中安装工具的速度更快。（感谢@rhpvorderman）。Pull Request 104

添加pytest，启用覆盖率测试（感谢@rhpvorderman）。Pull Request 105

在重新创建库之前，setup_data_libraries.py检查库的存在。（感谢@Slugger70）。Pull Request 103

在shed-tools安装过程中执行post-超时自旋时，捕获对已安装库列表的请求失败（感谢@natefoo）。Pull Request 97

修复在Codacy上的覆盖率报告（感谢@rhpvorderman）。Pull Request 106

run-data-managers现在输出失败作业的stderr（感谢@rhpvorderman）。Pull Request 110

更新工具时更新数据管理器（感谢@rhpvorderman）。Pull Request 78，Issue 69

运行数据管理器的积极并行化和重构（感谢@rhpvorderman）。Pull Request 79

使导入的工作流程的发布可用（感谢@pcm32）。Pull Request 74

为Galaxy 18.05添加在更新/安装时测试工具的选项（感谢@jmchilton）。Pull Request 81

上传2.0对数据库创建的支持（感谢@jmchilton）。Pull Request 89

修复tools.yaml中版本解析的问题（感谢@bgruening）。Pull Request 70

添加Codacy监控和徽章（感谢@jmchilton）。Pull Request 73

修复项目组织文档中的错别字（感谢@blankenberg）。Pull Request 86

修复硬编码的日志路径（感谢@rhpvorderman）。Pull Request 85

修复shed-tools update argparse处理（感谢@rhpvorderman）。Pull Request 88

修复一些lint问题（感谢@jmchilton）。Pull Request 90

许多新的文档改进（感谢@rhpvorderman，以及其他人员）

将shed-install重命名为shed-tools，并添加新的–latest和–revision参数（感谢@rhpvorderman）

许多修复和新测试（感谢@mvdbeek）

run-data-managers的并行化（感谢@rhpvorderman）

run-data-managers现在使用更高级的模板，以减少重复的输入yaml（感谢@rhpvorderman）

run-data-managers 现在在运行数据管理器之前会检查基因组索引是否已经存在（感谢 @rhpvorderman）。

ephemeris 现在默认使用 https 而不是 http（感谢 @bgruening）。

许多新的文档增强（感谢 @rhpvorderman、@erasche 和其他人员）- 文档现在发布在 https://readthedocs.org/projects/ephemeris/。

修复与运行数据管理器相关的空列表选项问题（感谢 @rhpvorderman）。

使数据管理器能够使用 API 密钥运行（感谢 @rhpvorderman）。

添加睡眠命令以等待 Galaxy API 可用（感谢 @erasche）。

在处理工具列表时保留键的可读顺序（感谢 @drosofff）。

为 galaxy-docker-stable 对所有脚本进行 Python 2 和 3 测试，同时进行各种重构以减少代码重复和修复 Python 3 问题。 #36

添加设置数据库的新连接选项。

修复新的 run-data-managers CLI 入口点。

添加 run-data-managers 工具以触发具有多个值和顺序的 DM。 #30

工作流程安装工具现在支持工作流程目录。 #27

在工具 yaml 文件中启用全局选项，如 install_resolver_dependencies: true #26

提及最低要求的 galaxy 版本。 #23（感谢 @mvdbeek）

在确定服务器超时时更通用（感谢 @afgane）。

获取工具列表入口点和改进（感谢 @mvdbeek）。

将 tool_panel_section_name 重命名为 tool_panel_section_label，类似于 ansible-galaxy-tools（感谢 @nturaga）。

添加缺失的文件 tool_list.yaml.sample（感谢 @nturaga）。

更健壮的 shed-install 脚本，默认安装依赖项，改进日志记录（感谢 @mvdbeek）。

添加从 Galaxy 工作流程文件生成工具列表的工具（感谢 @drosofff）。

修复各种代码质量问题，包括添加 Python 3 的测试支持（部分感谢 @mvdbeek）。

设置项目，从 ansible-galaxy-tools 拉取脚本并将其调整为作为库的使用。