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项目描述
欢迎使用Ensembler
描述
Ensembler是一个Python包，它允许快速轻松地访问一维和二维模型系统模拟。它允许使用小型测试系统进行方法开发，并加深对广泛分子动力学（MD）方法的理解，从基本技术到增强采样和自由能计算。它易于安装，快速，增加了科学代码开发的共享性、可比性和可重复性。在这里，我们提供了关于该包实现、使用和自由能计算应用示例的见解。
内容
完整文档可在此处找到： https://rinikerlab.github.io/Ensembler/
势能 - 势能函数
实现用于建模目的的数学函数，例如在化学中。实现新的势能函数很简单，只需覆盖几个函数即可。已实现的势能：谐振子、波函数等。此外，可以使用不同的维度，如1D、2D和ND。
采样器 - 采样方法
本模块提供了集成势函数的集成器。例如，蒙特卡罗、速度修正Verlet。
系统 - 用于模拟
本模块用于使用包含势能函数和采样方法的系统类设置模拟，并可选择其他参数。
系综 - 多副本方法
本模块包含ConveyorBelt的实现，并将包含未来的额外副本交换方法。
可视化
本模块包含预定义的可视化、动画和小部件函数。
分析
本模块目前包含自由能计算。
教程和示例
您可以通过以下binder链接在线尝试Ensembler，或使用我们提供的jupyter笔记本在您的机器上查看Ensembler的使用案例和可视化。binder链接可能需要一些时间来构建库；根据流量，构建时间可能长达10分钟。
教程
- 我们提供简短介绍，说明如何在Ensembler中使用jupyter笔记本中的示例文件夹中的笔记本对势能函数进行使用和采样。
在Ensembler中进行模拟
以下是一个简单模拟的小示例
代码
##Imports
from ensembler.potentials.OneD import fourWellPotential
from ensembler.samplers.stochastic import langevinIntegrator
from ensembler.system import system
from ensembler.visualisation.plotSimulations import oneD_simulation_analysis_plot
##Simulation Setup
V = fourWellPotential(Vmax=4, a=1.5, b=4.0, c=7.0, d=9.0, ah=2., bh=0., ch=0.5, dh=1.)
sampler = langevinIntegrator(dt=0.1, gamma=10)
sys = system(potential=V, sampler=sampler, start_position=4, temperature=1)
##Simulate
sys.simulate(steps=1000)
##Visualize
positions = np.linspace(start=0, stop=10, num=1000) #phase space to be visualized
oneD_simulation_analysis_plot(system=sys, title="Langevin Simulation", limits_coordinate_space=positions)输出
在以下链接中您可以找到更多Ensembler的功能。
势能
模拟
示例
示例是高级jupyter笔记本，涵盖特定主题，深入探讨方法并具有漂亮的可视化。
增强采样
自由能计算
交互式ConveyorBelt
EDS-势能
如何安装
有许多方法可以获得Ensembler包。
如果您想使用Ensembler（不要忘记下载示例）
pip install ensembler-rinikerlab如果您想使用Ensembler，请参阅示例笔记本或开发Ensembler
git clone https://github.com/rinikerlab/Ensembler.git cd Ensembler python setup.py install如果您想使用Ensembler，请参阅示例笔记本或开发Ensembler - 但不安装包：添加Ensembler存储库的路径；可以像以下示例一样使用包所需的依赖项
PIP
git clone https://github.com/rinikerlab/Ensembler.git cd Ensembler export PYTHONPATH=${PYTHONPATH}:${PWD} pip install -r devtools/pip_requirements/requirements_unix.txtAnaconda
git clone https://github.com/rinikerlab/Ensembler.git cd Ensembler conda create -n Ensembler --file devtools/conda-envs/environment_unix.yml conda activate Ensembler
对于Windows，我们也在同一文件夹中提供所需的文件
devtools/pip_requirements/requirements_windows.txt
devtools/conda-envs/environment_windows.yml)。
贡献
如果您想为Ensembler做出贡献，我们将非常欢迎！只需提出一个问题或给我们发邮件即可。
版权
版权（c）2020，本杰明·里斯，斯蒂芬妮·M·林克，大卫·F·汉
致谢
本项目基于计算分子科学Python Cookiecutter版本1.3。
ensembler-rinikerlab-1.0.4.tar.gz的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 3851f50d838d15fd68ec8d97c6497cebe44a8a88d613f6046d49bcaf5374e30b |
|
| MD5 | e24f61fe5742b46771d10275eef4f6d3 |
|
| BLAKE2b-256 | 8e0d0423771032e8fffea211ded5a051ef98800c43e0e45a7430a1eccf83a700 |