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ERNE标本管理,用于EDRN知识环境

项目描述

本产品 eke.specimens 提供早期检测研究网络(EDRN)知识环境(EKE)中 ERNE(EDRN 资源网络交换)样本的显示和 RDF 数据摄入。EDRN 利用 EKE 使其能够轻松地发现、共享、搜索和检索 EDRN 的所有集体知识,包括癌症和其他疾病、生物标志物、出版物、研究人员、参与者、研究、方案,以及在此产品的情况下,样本。

尽管是为 EDRN 公共门户设计的,但它可以安装在任何兼容 Plone 的网站上。

该软件由加州理工学院运营的 JPL 下的 NCIEDRN 信息中心 开发。

安装

使用 Buildout 和 plone.recipe.zope2instance 配方。

  • eke.specimens 添加到要安装的 eggs 列表中,例如。

    [buildout]
    ...
    eggs =
        ...
        eke.specimens
  • 重新运行 buildout,例如使用

    % ./bin/buildout

如果您打算从另一个包的 configure.zcml 文件中显式包含该包,则可以跳过 ZCML slug。

变更日志

以下是从发布到发布的变更历史。在每个描述中,您可以通过访问 https://oodt.jpl.nasa.gov/jira/browse/CA 的 issue tracker 来找到有关引用问题编号的更多详细信息。

1.1.12 — Plone 4.3.9 升级

  • CA-1592

  • CA-1593

  • CA-1594

1.1.11 — user=’kelly’

  • CA-1447:分面调试标准导致测试失败

1.1.10 — 错误修正

  • CA-1300

1.1.9 — 我有一些鸡肉;给我 FLOSS

  • 作为免费/开源软件的第一个正式发布。

1.1.8 — 像一名下属

  • 修复 CA-1159:样本选项卡显示错误

  • 修复 CA-1114:Christopher Li 网站在样本摄入后消失

1.1.7 — 像老板

  • 使与 Plone 4.3 兼容。

  • 使与 eea.facetednavigation 5.9 兼容。

  • 绕过由 collection.vdexvocabulary-0.1.1 和 Plone-4.3 交互引起的词汇查找问题。

  • 使用 z3c.autoinclude

  • 修复 content-core 宏

  • 删除过时的 document_relateditems 调用

  • 删除 monkey-patching 并使用适当的技术引入自定义分面渲染页面

  • 按字母顺序排列存储类型和集合类型

  • 使用重构的 base.cfg

1.1.6 — 我们永远无法正确处理样本

  • 添加站点 593(FHCRC 的 CERC 与 PI Christopher Li)

  • 兼容 Plone 4.2.4 和 eea.facetednavigation 5.3。

  • CA-1087 - 样本存储代码的允许值

  • CA-1084 - 样本选项卡的修改

1.1.5 — 打开

  • CA-1008 - 向样本添加开放文本搜索

1.1.4 — 升级

  • 使与 Plone 4.1.5 和 eea.facetednavigation 4.5 兼容。

1.1.3 — 第三次是魅力

此版本解决

  • CA-845 - 使“样本集合”计算总样本数

  • CA-844 - 在“样本”选项卡中将 PRoBE 和参考集合并在一起

  • 对样本处理进行了多项改进,包括

    • 通用样本集以等价方式处理 PRoBE 和参考

    • 将文件和链接附件添加到通用样本集

    • 表示来自非活动 ERNE 站点的样本集

    • 非活动和非活动 ERNE 集合共存

    • 非活动 ERNE 集合的多个存储类型

    • 开放式通用参考集

    • 将病例组和对照组人口分离成子集

  • CA-926 - 根据 Jackie Dahlgren 的反馈改进样本参考集,包括

    • 在分面样本选项卡上删除参考集的样本计数

    • 在参考集视图中删除样本计数

    • 在分面样本选项卡上,对参考集进行特殊排序:按字母顺序,但肺应按以下顺序:快速 A 集合、A 集合预验证、A 集合 II 阶段验证、B 集合、C 集合

    • 将资源选项卡中的特定集合移动到其匹配的参考集合

    • 您可以标记通用集合为PRoBE集合。

  • CA-938 - 将标本联系信息添加到标本集合的详细信息页面

  • CA-937 - 在标本集合右侧的标本选项卡列表中添加分页

1.1.2 — 黎明已去,威廉进来

此版本处理以下内容

  • CA-832 - 修正NYU标本站、PI和组织

1.1.1 — 如此说话的克里斯托斯

此版本解决以下问题

  • CA-823 - 根据克里斯托斯的评论修改eke.specimens

  • CA-825 - 晚上电话会议

1.1.0 — 强大简化

此版本简化了标本,以便仅表示标本参考集合、PRoBE和ERNE标本之间的共同属性。

1.0.1 — 升级清理

此版本将GenericSetup配置文件更新为4,提供了该配置文件的升级步骤,并使测试和开发工具依赖于其他egg的“主干”级别,而不是依赖于这些egg的发布版本。它还利用了提取出的共同测试设置。

1.0.0 — Plone 4

此版本使eke.specimens与Plone 4兼容。

0.0.3 — NYU

此版本解决以下问题

  • 如果ERNE站点关闭并且ERNE缓存返回HTTP 500错误,不要终止整个导入。只需跳过该站点并继续。“保持冷静,继续前进。”

0.0.2 — 混合包

此版本解决以下问题

  • CA-698 - “结构”对象出现在搜索中

0.0.1 — 再见,彼得·林

这次,EKE标本包提供了直接显示ERNE标本数据的功能,无需委托给ERNE UI网络应用程序。(在问题跟踪器中没有对应的新功能问题;或者如果有,问题跟踪器在我撰写本文时已关闭,无法确认。)

此版本还解决以下问题

  • CA-683 — 标本搜索中的计数不准确

  • CA-685 — 标本选项卡搜索结果返回多次相同搜索摘要的记录(应分组在一起)

0.0.0 — 未发布

初版进入测试阶段。

项目详情


下载文件

下载您平台上的文件。如果您不确定要选择哪个,请了解有关安装包的更多信息。

源分布

eke.specimens-1.1.12.zip (3.5 MB 查看哈希值)

上传

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