ERNE标本管理,用于EDRN知识环境
项目描述
本产品 eke.specimens 提供早期检测研究网络(EDRN)知识环境(EKE)中 ERNE(EDRN 资源网络交换)样本的显示和 RDF 数据摄入。EDRN 利用 EKE 使其能够轻松地发现、共享、搜索和检索 EDRN 的所有集体知识,包括癌症和其他疾病、生物标志物、出版物、研究人员、参与者、研究、方案,以及在此产品的情况下,样本。
尽管是为 EDRN 公共门户设计的,但它可以安装在任何兼容 Plone 的网站上。
该软件由加州理工学院运营的 JPL 下的 NCI 的 EDRN 信息中心 开发。
安装
使用 Buildout 和 plone.recipe.zope2instance 配方。
将 eke.specimens 添加到要安装的 eggs 列表中,例如。
[buildout] ... eggs = ... eke.specimens
重新运行 buildout,例如使用
% ./bin/buildout
如果您打算从另一个包的 configure.zcml 文件中显式包含该包,则可以跳过 ZCML slug。
变更日志
以下是从发布到发布的变更历史。在每个描述中,您可以通过访问 https://oodt.jpl.nasa.gov/jira/browse/CA 的 issue tracker 来找到有关引用问题编号的更多详细信息。
1.1.12 — Plone 4.3.9 升级
CA-1592
CA-1593
CA-1594
1.1.11 — user=’kelly’
CA-1447:分面调试标准导致测试失败
1.1.10 — 错误修正
CA-1300
1.1.9 — 我有一些鸡肉;给我 FLOSS
作为免费/开源软件的第一个正式发布。
1.1.8 — 像一名下属
修复 CA-1159:样本选项卡显示错误
修复 CA-1114:Christopher Li 网站在样本摄入后消失
1.1.7 — 像老板
使与 Plone 4.3 兼容。
使与 eea.facetednavigation 5.9 兼容。
绕过由 collection.vdexvocabulary-0.1.1 和 Plone-4.3 交互引起的词汇查找问题。
使用 z3c.autoinclude
修复 content-core 宏
删除过时的 document_relateditems 调用
删除 monkey-patching 并使用适当的技术引入自定义分面渲染页面
按字母顺序排列存储类型和集合类型
使用重构的 base.cfg
1.1.6 — 我们永远无法正确处理样本
添加站点 593(FHCRC 的 CERC 与 PI Christopher Li)
兼容 Plone 4.2.4 和 eea.facetednavigation 5.3。
CA-1087 - 样本存储代码的允许值
CA-1084 - 样本选项卡的修改
1.1.5 — 打开
CA-1008 - 向样本添加开放文本搜索
1.1.4 — 升级
使与 Plone 4.1.5 和 eea.facetednavigation 4.5 兼容。
1.1.3 — 第三次是魅力
此版本解决
CA-845 - 使“样本集合”计算总样本数
CA-844 - 在“样本”选项卡中将 PRoBE 和参考集合并在一起
对样本处理进行了多项改进,包括
通用样本集以等价方式处理 PRoBE 和参考
将文件和链接附件添加到通用样本集
表示来自非活动 ERNE 站点的样本集
非活动和非活动 ERNE 集合共存
非活动 ERNE 集合的多个存储类型
开放式通用参考集
将病例组和对照组人口分离成子集
CA-926 - 根据 Jackie Dahlgren 的反馈改进样本参考集,包括
在分面样本选项卡上删除参考集的样本计数
在参考集视图中删除样本计数
在分面样本选项卡上,对参考集进行特殊排序:按字母顺序,但肺应按以下顺序:快速 A 集合、A 集合预验证、A 集合 II 阶段验证、B 集合、C 集合
将资源选项卡中的特定集合移动到其匹配的参考集合
您可以标记通用集合为PRoBE集合。
CA-938 - 将标本联系信息添加到标本集合的详细信息页面
CA-937 - 在标本集合右侧的标本选项卡列表中添加分页
1.1.2 — 黎明已去,威廉进来
此版本处理以下内容
CA-832 - 修正NYU标本站、PI和组织
1.1.1 — 如此说话的克里斯托斯
此版本解决以下问题
CA-823 - 根据克里斯托斯的评论修改eke.specimens
CA-825 - 晚上电话会议
1.1.0 — 强大简化
此版本简化了标本,以便仅表示标本参考集合、PRoBE和ERNE标本之间的共同属性。
1.0.1 — 升级清理
此版本将GenericSetup配置文件更新为4,提供了该配置文件的升级步骤,并使测试和开发工具依赖于其他egg的“主干”级别,而不是依赖于这些egg的发布版本。它还利用了提取出的共同测试设置。
1.0.0 — Plone 4
此版本使eke.specimens与Plone 4兼容。
0.0.3 — NYU
此版本解决以下问题
如果ERNE站点关闭并且ERNE缓存返回HTTP 500错误,不要终止整个导入。只需跳过该站点并继续。“保持冷静,继续前进。”
0.0.2 — 混合包
此版本解决以下问题
CA-698 - “结构”对象出现在搜索中
0.0.1 — 再见,彼得·林
这次,EKE标本包提供了直接显示ERNE标本数据的功能,无需委托给ERNE UI网络应用程序。(在问题跟踪器中没有对应的新功能问题;或者如果有,问题跟踪器在我撰写本文时已关闭,无法确认。)
此版本还解决以下问题
CA-683 — 标本搜索中的计数不准确
CA-685 — 标本选项卡搜索结果返回多次相同搜索摘要的记录(应分组在一起)
0.0.0 — 未发布
初版进入测试阶段。