EDRN知识环境的生物标志物
项目描述
本产品 eke.biomarker 提供了早期检测研究网络(EDRN)正在研究的生物标志物的显示和RDF摄入功能。生物标志物是疾病的化学指示物,在 EDRN 的情况下,所追求的疾病是癌症。此软件包让研究人员可以浏览、搜索和发现有趣的生物标志物,确定研究进展情况,了解生物标志物的统计值等。这些功能是 EDRN 知识环境(EKE)的核心。EDRN 使用 EKE 使其易于发现、共享、搜索和检索包括癌症和其他疾病、方案、样本、参与者、员工以及——正如本产品的情况——生物标志物在内的所有集体知识。
尽管它旨在用于 EDRN 公共门户,但它可以安装在任何兼容 Plone 的网站上。
此软件由 EDRN 信息系统中心 开发,该中心位于 JPL,由加州理工学院运营,为 NCI 提供。
安装
使用 Buildout 与 plone.recipe.zope2instance 食谱。
将 eke.biomarker 添加到要安装的 eggs 列表中,例如。
[buildout] ... eggs = ... eke.biomarker
重新运行 buildout,例如使用。
% ./bin/buildout
如果您打算从另一个包的 configure.zcml 文件中显式包含该包,则可以跳过 ZCML slug。
变更日志
以下是从一个版本到另一个版本的更改历史。以下列出了问题 ID,您可以通过访问问题跟踪器 https://oodt.jpl.nasa.gov/jira/browse/CA 了解更多。
1.1.26 — 图表并不有趣
CA-1536:生物标志物页面上的图表看起来很奇怪
CA-1572:生物标志物摄入需要捕获 cancerdataexpo 外部资源作为 ast 而不是 json
CA-1592
1.1.25 — 遵循方案!
CA-1552:方案被截断为 200 个字符导致摄入问题
1.1.24 — 快速摄入有助于消化
CA-1434:ID 搜索使生物标志物摄入变得太慢
1.1.23 — 你太自私了
为生物标志物对象添加“piUIDs”字段,并在摄入时将其设置,以便虚荣页面可以快速找到 PI 研究的生物标志物。
1.1.22 — 有朝一日我们会做得更好
CA-1454:生物标志物摄入应使用 RDF 中指定的器官将生物标志物与协作组关联,而不是安全访问组
1.1.21 — 任何其他名字
CA-1348:摘要源 URL 应被标记为必需
CA-1388:从 CancerDataExpo 拉取外部资源链接
CA-1440:生物标志物摄入应接受“GI 和其他相关”以及“G.I. 和其他相关”
1.1.20 — 保护
CA-1349:摘要摄入在面对失败时应健壮
1.1.19 — 视觉
CA-1322
CA-1338:修复 eke.biomarker 的测试
1.1.18 — 生物突变
通过仅使用 HgncName 链接外部资源。这是一个临时解决方案,将为每个外部资源添加知识对象。
为生物标志物的元素页面添加了生物突变选项卡,并从“基本”选项卡中删除了生物突变链接。由于生物突变条目引用单个生物标志物实体,因此未将生物突变选项卡添加到面板中。生物突变统计值作为生物标志物的属性添加,因为它们是与生物标志物直接相关的特征。CA-1321。
1.1.17 — 错误修复
CA-1300
CA-1303
1.1.16 — 破坏的链接
此版本解决了 RDF 摄入问题,其中生物标志物-系统对象引用了不存在的生物标志物。
1.1.15 — 我有一只鸡;给我 FLOSS
这是作为免费/开源软件的首次官方发布。
1.1.14 — 下载链接
此版本指定了该软件包的完整下载URL路径。这是必要的,因为JPL现在阻止了我们的分发服务器目录列表,之前Python会使用目录列表来通过版本找到匹配的文件进行下载。
1.1.13 — 认证HGNNNNNNNC!
CA-1235 - 将生物标志物的链接ID以HGNC名称结尾
CA-1238 - 向生物标志物添加自由文本搜索
CA-1247 - 从EDRN门户的生物标志物链接回BioMuta
CA-1264 - 添加临床认证标志
1.1.12 — 我们不说
CA-1229 - 升级后重新启用讨论
1.1.11 — 生物-TASTIC!
添加PI-by-生物标志物报告以及(未来)报告菜单
CA-1206 - 当没有出版物时,“无资源”出现在生物标志物-身体系统上,而不是没有资源时
CA-1205 - 按字母顺序对基于元素和面板的生物标志物上的资源进行排序
CA-1156 - 显示“大部分公开”的生物标志物的更多属性
CA-1163 - 使RDF导入对BMDB中的不良协议具有防御性
CA-1182 - 识别生物标志物的“私有”QA状态
CA-1184 - 按器官划分的生物标志物“报告”
CA-1189 - 在/biomarkers上启用左右面板
删除过时的“审阅列表”类型
1.1.10 — 更多升级
与Plone 4.3兼容。
使用z3c.autoinclude。
1.1.9 — 让他到达希腊
CA-1100 显示“N/A”作为患病率、NPV和PPV
1.1.8 — 谎言,该死的谎言和统计数据
使与Plone 4.2.4兼容。
CA-1083 - eke.biomarker RDF导入应将谓词“hasBiomarkerStudyDatas”视为指向资源的谓词
CA-1090 - 对于生物标志物,如果患病率、NPV和PPV为零或未提供,则显示“-”或“N/A”或某些内容。
1.1.7 — 升级
使与Plone 4.1.5兼容。
CA-1010 - 如果值为0或0.0,则显示空白
1.1.6 — 测试支持
此版本包括
依赖于Plone框架而不是Plone应用程序。
1.1.5 — 数据集链接
此版本包括
CA-784:添加将eCAS数据集与BMDB中的生物标志物记录关联的能力
(无问题ID):数据集链接应直接进入eCAS
1.1.4 — 弹性:PvP的面包和黄油
此版本使功能测试更加弹性。
1.1.3 — 让我们合作!
此版本包括
plone.app.testing层。
支持edrnsite.collaborations
重新将表示其协作组的生物标志物与“协作组”(来自edrnsite.collaborations)对象重新关联,这些对象是它们“属于”的对象。
1.1.2 — 升级清理
此版本更新了GenericSetup配置文件到4,为此配置文件提供了升级步骤,并使测试和开发工具依赖于其他egg的“trunk”级别而不是这些egg的发布版本。
1.1.1 — 唯一ID
此版本将“研究统计”对象的唯一ID生成方法从“generateUniqueId”方法(可能来自CacheFu?)更改为UUID,其生成是标准库的一部分。
1.1.0 — Plone 4
此版本的eke.biomarker使其与Plone 4兼容。
1.0.2 — 混合包
在此版本中解决了以下问题
CA-620 - 锁出现在协议下错误地列出的生物标志物上(测试暴露)
CA-698 - “结构”对象出现在搜索中
1.0.1 — 扫描视图
此版本向生物标志物视图添加了多项改进,以反映NCI的要求,即在每个注释生物标志物中捕获更具体的细节。
此版本解决以下问题
CA-674 - 将性能注释添加到生物标志物器官标签
CA-675 - 站点:更改灵敏度和特异性的名称并添加特定检测类型属性
CA-676 - 站点:将决策规则属性添加到生物标志物-器官-研究信息
1.0.0 — Prime Time
本版本解决了许多问题,使此组件(以及其一些选定对应项)成为NCI操作门户的“prime time”。
此版本解决以下问题
CA-528 自动定期导入RDF
您可以在https://oodt.jpl.nasa.gov/jira/browse/CA找到问题跟踪器
0.0.6 — Open Door Policy
对于本版本,我们公开了更多关于生物标志物的信息。现在,您可以直接查看它们的详细信息,而不是将未经批准的生物标志物设为私有并要求登录才能查看。完整的详细信息需要登录。有关更多信息,请参阅https://oodt.jpl.nasa.gov/jira/browse/CA-650。
0.0.5 — Eleventh Hour
本版本包含一些外观和感觉上的变化,特别是为了支持https://oodt.jpl.nasa.gov/jira/browse/CA-600。
0.0.4 — Padlocked!
本版本解决了以下问题
https://oodt.jpl.nasa.gov/jira/browse/CA-551 - 在协议页面添加锁定图标到“安全”的生物标志物和科学数据
0.0.3 — The unnamed release
http://oodt.jpl.nasa.gov/jira/browse/CA-511 - 需要索引替代生物标志物名称
0.0.2 — Various “CYA” Fixes
http://oodt.jpl.nasa.gov/jira/browse/CA-499 - 在生物标志物列表中需要免责声明。
http://oodt.jpl.nasa.gov/jira/browse/CA-500 - 在生物标志物文件夹中显示未发布生物标志物。
http://oodt.jpl.nasa.gov/jira/browse/CA-510 - 如果用户有权访问对象,科学数据和学生物的锁定框应消失
0.0.1 — Security Ingest
本版本中唯一解决的问题
http://oodt.jpl.nasa.gov/jira/browse/CA-475 - “Public”只能看到QAState=Accepted的生物标志物和科学数据。忽略安全标志。
0.0.0 — Unreleased
初始版本发布到测试版。