模块化、快速NLP框架，兼容Pytorch和spaCy，提供针对法语临床笔记的定制支持。
项目描述
EDS-NLP
EDS-NLP是一个协作NLP框架，主要目的是从法语临床笔记中提取信息。其核心是一组组件或管道，包括基于规则的函数或深度学习模块。这些组件被组织成一个新颖、高效和模块化的管道系统，用于混合和多任务模型。我们使用spaCy来表示文档及其注释，并使用Pytorch作为可训练组件的深度学习后端。
EDS-NLP功能丰富，可用于任何文本文档。基于规则的组件与spaCy的组件完全兼容，反之亦然。这个库是合作努力的成果，我们鼓励进一步贡献以提高其功能。
查看我们的交互式演示！
功能
- 基于规则的组件，用于法语临床记录
- 可训练组件：命名实体识别（NER）、跨度分类
- 支持具有权重共享的多任务深度学习模型
- 快速推理，支持多GPU支持
- 易于使用，具有类似于spaCy的API
- 与基于规则的spaCy组件兼容
- 支持各种io格式，如BRAT、JSON、Parquet、Pandas或Spark
快速入门
安装
您可以通过pip安装EDS-NLP。我们建议在项目中固定库版本，或使用如Poetry之类的严格包管理器。
pip install edsnlp==0.13.0
或者如果您想使用可训练组件（使用PyTorch）
pip install "edsnlp[ml]==0.13.0"
第一个流水线
安装库后，让我们从一个非常简单的例子开始，该例子提取文本中COVID19的提及，并检测它们是否被否定。
import edsnlp, edsnlp.pipes as eds
nlp = edsnlp.blank("eds")
terms = dict(
covid=["covid", "coronavirus"],
)
# Split the documents into sentences, this isneeded for negation detection
nlp.add_pipe(eds.sentences())
# Matcher component
nlp.add_pipe(eds.matcher(terms=terms))
# Negation detection (we also support spacy-like API !)
nlp.add_pipe("eds.negation")
# Process your text in one call !
doc = nlp("Le patient n'est pas atteint de covid")
doc.ents
# Out: (covid,)
doc.ents[0]._.negation
# Out: True
文档与教程
有关更多信息，请访问文档。
免责声明
提取管道的性能可能取决于考虑的人群和文档。
为EDS-NLP做出贡献
我们欢迎贡献！分叉项目并提出拉取请求。请查看专门页面以获取详细信息。
引用
如果您使用EDS-NLP，请按照以下方式引用我们。
@misc{edsnlp,
author = {Wajsburt, Perceval and Petit-Jean, Thomas and Dura, Basile and Cohen, Ariel and Jean, Charline and Bey, Romain},
doi = {10.5281/zenodo.6424993},
title = {EDS-NLP: efficient information extraction from French clinical notes},
url = {https://aphp.github.io/edsnlp}
}
致谢
关闭
edsnlp-0.13.0.tar.gz 的哈希
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | d8e0847acb397d2621b00cab10ddc262131e7a1d8f84cac71a25db20bbe6e8c4 |
|
| MD5 | e58571991fc4d4fda7b3834ced496a20 |
|
| BLAKE2b-256 | a837676735a18883a416d804b5a25ef2ec833c573c5859f53b5be82e6e8e3335 |
关闭
edsnlp-0.13.0-cp312-cp312-win_amd64.whl 的哈希
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | f645d40f4782f71bcb96b2b38648874adcd7ff171fa0ec05911bcf9aef45ac48 |
|
| MD5 | 362c909dedbcc263465a0e4a1db3cab1 |
|
| BLAKE2b-256 | b4737ba68cf45422c4e14ebed1aacaaa294a1a52f9bb220d9fd3a9fa6b7f5878 |
关闭
edsnlp-0.13.0-cp312-cp312-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 8df43a586093377093975e720c41983e0e7bd1f2a4f681d451cd9eff81533604 |
|
| MD5 | a6ad0a5398299473b5efa6adb1f3d24a |
|
| BLAKE2b-256 | 63165c24cb0f1d1fefaf1eb3137f19ca69a356021834fe7a7652055a12ac1550 |
关闭
edsnlp-0.13.0-cp312-cp312-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 17b3a77bc3d13a4c73958b9d706c216d48bf3834e8cc65869675af06774c3bb2 |
|
| MD5 | ec21ada24e380c695ab4c1e368a59a3a |
|
| BLAKE2b-256 | 8b0e49dcb1679bfb659342eaf5bab0d4d92876e68c477587ba44a6774efcc565 |
关闭
edsnlp-0.13.0-cp312-cp312-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 32ff22317d87f1703f6ded3a7e3440cf78a229554d5674ccd13cbdf893ba77f4 |
|
| MD5 | 8ecf30d33a369fec35ae35c61f599c29 |
|
| BLAKE2b-256 | afefb7028d752db83dcd13926b25ff277a6d1aea3ccfe381992118c2ea22e56d |
关闭
edsnlp-0.13.0-cp311-cp311-win_amd64.whl 的哈希
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | bf14efd0b193c2715578391cda39b9bb5eca4ddd556ead20bdb0c3353ca4caae |
|
| MD5 | c4d92288940948aae79f5c1ebc9f4cf5 |
|
| BLAKE2b-256 | 54485560337d70ef33beafc22dfbafbd435f5fe87f513b617fb8f55605c7e006 |
关闭
edsnlp-0.13.0-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 93179073d8ccbc3c31647789b35418f048a7f46a2aa6d921576c3b22687341d7 |
|
| MD5 | 52dc182941d8fc933a708d7d76413076 |
|
| BLAKE2b-256 | 2e6efb83b89702aeb8b007d913982f0e23d46abf2ab1e2776c64acc53968ae53 |
关闭
edsnlp-0.13.0-cp311-cp311-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 974efff286850254e9382ccba831368253c5fed8db7058ccfe5ae2da71f1bbd3 |
|
| MD5 | cb3369daf91bc5ed818f91c72f902497 |
|
| BLAKE2b-256 | 6369e421a1e4702d916576438853fd02f5c9e811fc69124bc98beecc0697ed31 |
关闭
哈希值 for edsnlp-0.13.0-cp311-cp311-macosx_10_9_x86_64.whl
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | e8ceab406e5d202081d1a3b1cd024494fb17999998bd1ecb70a3a2f73efe17ed |
|
| MD5 | 0f618188e30ad6f42bb58c2ff2e91851 |
|
| BLAKE2b-256 | 08fa72564e33732a3bdbf2a9693b82bd4abe6d90fae7da9979665df67815afcc |
关闭
哈希值 for edsnlp-0.13.0-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | ad18d36c05c52c2374451c2d2ba26186b8f3bace253bab45a4353434641f0aee |
|
| MD5 | fb5ce994a89237ae5d6ff64cff45501c |
|
| BLAKE2b-256 | 5b99c2b821780fb777d4f11e940b9fd5243e8b400b5dd3866fb153474065dd76 |
关闭
哈希值 for edsnlp-0.13.0-cp310-cp310-macosx_11_0_arm64.whl
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 41d9b0b908dc2908b13a954e9cb2a6b68716ab8940bdc6bc73e749dbdf565511 |
|
| MD5 | dc4963c1f28a6f4bedd64e3ae6b53706 |
|
| BLAKE2b-256 | 68e579ddbf9faacb4b568a5ba76954a8ef2c6d8c9c532a339b98c869550652e7 |
关闭
哈希值 for edsnlp-0.13.0-cp310-cp310-macosx_10_9_x86_64.whl
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | a0821d7db0f68763a9508101cb6361afb4ae3abcf5bf6927a61099e94c71c2c0 |
|
| MD5 | d239d2cc17bce106107ed9d6d433e5e3 |
|
| BLAKE2b-256 | 497a005142b3515b7556bd9adb10fd78337c3ac59575ce3c79371d070ff000cb |
关闭
哈希值 for edsnlp-0.13.0-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | d45a41ac1c57d9ef44571191e77918c97daac374995d330440a94cd7497afa8c |
|
| MD5 | 6015aa73997adea8377b6336a4522d8f |
|
| BLAKE2b-256 | 95917ff70325d8ffa031bae7cf516ea8e051ce034e1de8eb0b8b33308780ef84 |
关闭
哈希值 for edsnlp-0.13.0-cp39-cp39-macosx_11_0_arm64.whl
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 4efe91602cdc3504abd7a8cebbfdcf1016bb96b99d153eb363a427c7f66c0da5 |
|
| MD5 | 0f2b643e3fb6e91632c6c2634e56865d |
|
| BLAKE2b-256 | 82ef48a72308c445adca93d8706f2ac00c834dabcdf478dcadf90a8ea6c0d56a |
关闭
哈希值 for edsnlp-0.13.0-cp39-cp39-macosx_10_9_x86_64.whl
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | abb8c4eda5f3d82584b9a8d41cb533c48ebbfa3273ad57bc34bef5834202adb3 |
|
| MD5 | d80fcfbff1fc9c333be56489184e0925 |
|
| BLAKE2b-256 | 63eb248f1f4386a468329dca4475e90eef53287ab54a2de127d0ccdee681c2eb |
关闭
哈希值 for edsnlp-0.13.0-cp38-cp38-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 8c60bed840247bb8f69039d26504b4e062fb798ee1118fadf3ad8f3c28459921 |
|
| MD5 | db78fffd1362a219d71fecedac8a32f4 |
|
| BLAKE2b-256 | d44ba686376364e310dd763e6741a9c765c17b81709720a41f230255a58e9417 |
关闭
哈希值 for edsnlp-0.13.0-cp38-cp38-macosx_11_0_arm64.whl
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 9e5044ceb7574fe75578a5dffee6a592dbddaaaad012c36915b22bf0efc16cb4 |
|
| MD5 | 4177a93cab94fcb9ddb6d29b39bfe776 |
|
| BLAKE2b-256 | 139563bad6c554e53a64ef65f0d54450b1094cb082c3a552f2bcf5fedd8420dc |
关闭
哈希值 for edsnlp-0.13.0-cp38-cp38-macosx_10_9_x86_64.whl
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 9a9503051f04254f2e275c1b52936ac623fb2b56232315ad7120443ffb1589d8 |
|
| MD5 | 1833915b36744ae7131ebe99ce813ed8 |
|
| BLAKE2b-256 | 2cb53555545b152b151ca9441c7cabb165cb34444040fd0ec5d8184f820c96ee |
关闭
哈希值 用于 edsnlp-0.13.0-cp37-cp37m-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | b88d4fa943215e886c73b6404c84bfb3d4c2d180cd9b694844ed89ec450e698f |
|
| MD5 | 455bde63544aaf001d34bf1dc996b2b4 |
|
| BLAKE2b-256 | 9128e50593c126c6d8c82442aee02b5a22ab8e5892a46db2b688448675a51c93 |
关闭
哈希值 用于 edsnlp-0.13.0-cp37-cp37m-macosx_10_9_x86_64.whl
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 1662cb8bb943c745ffbcfcf3b85080481c2e9aeb055707b7f197e0e8bd70b271 |
|
| MD5 | 8e8b1177270d8e94eec7b93f329e9431 |
|
| BLAKE2b-256 | 4f276a10a45cf535f3599e209a9a66601231aaac691b97061b9926f5941115e5 |
