eds-scikit 是一个帮助数据科学家在 AP-HP 的临床数据仓库中工作的工具。它专门针对 OMOP 标准化数据。其主要目标是

• 简化数据访问和分析
• 促进项目之间知识的更好传递
• 提高研究的可重复性

开发

此库由 AP-HP 临床数据仓库（EDS）的核心团队开发和维护，并得到 Inria 的 SODA 团队的大力支持。

如何使用

请查看 在线文档 获取更多信息。您将找到

• 项目目标和工作原理的详细说明
• 完整的 API 文档
• 多个Jupyter笔记本，描述了如何使用eds-scikit的各种功能。
• 还有更多！

要求

eds-scikit基于Spark 2.4，它需要

• Python ~3.7.1
• Java 8

安装

您可以通过pip安装eds-scikit

pip install "eds-scikit[aphp]"

:warning: 如果在安装过程中遇到错误，请尝试通过pip install -U "pip<23" 在安装eds-scikit之前降级pip

:warning: 如果您不在AP-HP的生态系统（EDS）中工作，请通过以下方式安装

pip install eds-scikit

现在您可以通过以下方式导入库

import eds_scikit

贡献

• 您想为项目贡献力量吗？
• 您开发了一个有趣的功能，并认为它可以被集成到库中，从而使其他人受益？
• 您发现了一个bug？
• 您对库有疑问？
• ...

请查看我们的贡献指南。

引用

如果您使用了eds-scikit，请按照以下方式引用我们。

@misc{eds-scikit,
    author = {Petit-Jean, Thomas and Remaki, Adam and Maladière, Vincent and Varoquaux, Gaël and Bey, Romain},
    doi = {10.5281/zenodo.7401549},
    title = {eds-scikit: data analysis on OMOP databases},
    url = {https://github.com/aphp/eds-scikit}
}

致谢

我们感谢以下资助者

• 巴黎公立医院管理局
• AP-HP基金会
• INRIA