dockeramus 0.1.1

介绍

dockerasmus 是一个Python模块，旨在快速解决对接问题，是巴黎萨克雷大学M1 BIBS的Python作业的一部分。

dockerasmus 提供了一个评分函数的通用实现，可用于与多个 组件 一起计算涉及两种蛋白质的对接构象的得分。它是后端无关的，每个评分组件都可以用支持 numpy 数组的任何库重写。

示例

使用 dockerasmus 计算使用 Cornell等人 定义的评分函数计算barnase-barstar复合物的得分。

from dockerasmus.pdb import Protein
from dockerasmus.score import ScoringFunction, components

# Import the pdb files (supports gzipped files or plain .pdb)
barnase = Protein.from_pdb_file("tests/data/barnase.native.pdb.gz")
barstar = Protein.from_pdb_file("tests/data/barstar.native.pdb.gz")

# Create a scoring function with two components
scoring_function = ScoringFunction(components.LennardJones,
                                   components.Coulomb)

# Call the scoring function on the barnase (receptor)
# and the barstar (ligand)
scoring_function(barnase, barstar)  # -84.94...

API

dockerasmus 提供了几个子模块

• 蛋白质数据银行（《dockerasmus.pdb》）的解析器和对象模型

• 评分库（《dockerasmus.score》）

• 用于空间变换的软3D引擎（《dockerasmus.spatial》）

请参阅在线文档中的API参考以获取更多详细信息。

许可证

dockerasmus是完全开源的，并按照GPLv3许可证发布。