dnaiO · PyPI · Python 包索引

高效读写FASTA和FASTQ文件

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项目描述

https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.10548864.svg

dnaiO处理FASTQ、FASTA和uBAM文件

dnaio 是一个适用于Python 3.8+的库，用于非常高效的解析和写入FASTQ文件，以及也支持FASTA文件。自dnaio版本1.1.0起，已实现高效解析uBAM文件的支持。这允许直接从dorado basecaller读取ONT文件。

代码之前是Cutadapt工具的一部分，自从它被拆分出来后已经进行了显著改进。

示例用法

主要接口是dnaio.open函数

import dnaio

with dnaio.open("reads.fastq.gz") as f:
    bp = 0
    for record in f:
        bp += len(record)
print(f"The input file contains {bp/1E6:.1f} Mbp")

有关更多信息，请参阅教程和API文档。

安装

使用pip

pip install dnaio zstandard

如果不需要Zstandard (.zst)文件的支持，则可以省略zstandard。

功能和支持文件类型

FASTQ输入和输出
FASTA输入和输出
BAM输入
压缩输入和输出 (.gz、.bz2、.xz和.zst会自动检测)
两个文件中的配对端数据
单个文件中的交错配对端数据
支持读取带有DOS/Windows行结束符的文件
支持带有第二个标题行（在+之后）的FASTQ文件

局限性

不支持多行FASTQ文件
FASTQ和uBAM解析是该库的重点。FASTA解析器未进行优化

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dnaio-1.2.2.tar.gz 的哈希值

dnaio-1.2.2.tar.gz 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`55e1c8e5b86056ce3bb3a3eff643ebc9910a5d6d0d5c10a27eb4d5b6525117d5`
MD5	`ec05efc4d2a10825dda0ee6a317ad948`
BLAKE2b-256	`1e69b11040d6cb619f2c879904dfd5f703c15d5ed05d20afc556318de9bc476b`

dnaio-1.2.2-cp312-cp312-win_amd64.whl 的哈希值

dnaio-1.2.2-cp312-cp312-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`da150b6c0f1b2be99043c8419b78dfb1f8f04be5eb5f79c54d348c7e3767ea50`
MD5	`b818cf1159bfba45dd93b4b50bafce7b`
BLAKE2b-256	`cd68a9225743569c47d17639170ec9ed4cc2d8981bd81a8422698d8ca354754c`

dnaio-1.2.2-cp312-cp312-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值

dnaio-1.2.2-cp312-cp312-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`7ddeb623635b1f7e0b0cdae3178cbade72bea82a06883e972a0a1759c56ce341`
MD5	`0c5fec6949b15b6809e9c2cbd3e14917`
BLAKE2b-256	`a03b5594918803a9166b9f86b4a7222bddb07578a99ca94d7372a2df7482c67a`

dnaio-1.2.2-cp312-cp312-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值

dnaio-1.2.2-cp312-cp312-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`6b1b1da334cec3d2e9dca4b932219c3b9d1c11dc667914427f29d60e3860427e`
MD5	`e69c5082945dbebc9a1147bf227b6337`
BLAKE2b-256	`4e0a8d688f7f0a5af3df34da27196b1bd330d7b6d7b1908765cdb8b9d8c1c515`

dnaio-1.2.2-cp312-cp312-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值

dnaio-1.2.2-cp312-cp312-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`2004eeb7e181176b626fbe24f3aae0d6fd869a33f295abf7d21943c3d0044aa8`
MD5	`c1c7b4c4715dbdeb26dbfea00dc2dc2a`
BLAKE2b-256	`32356f133979177ac7af62a238bc92b8224543f473d6fb5928974563835cff82`

dnaio-1.2.2-cp311-cp311-win_amd64.whl 的哈希值

dnaio-1.2.2-cp311-cp311-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`5423faa0aaf85be6a62ab81dc4f4724d666a5958e27fc61a10e3dbd1e3bf0b47`
MD5	`6c485cf0827f62dbf56cb0c2ff27b76e`
BLAKE2b-256	`b07ea3a730467a14c827da8ee5114472f74b3831b64e6e2f6e5e2365a266cf96`

dnaio-1.2.2-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值

dnaio-1.2.2-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`ffbea274e89572852c89b6603ef2340ee0deb067cca9ce3cbfb6841de6646df9`
MD5	`6f2f749008604640e15abe9fac19722c`
BLAKE2b-256	`ee79928db2f4895998c57d1b573e046f071f77017e2d2def3d18b38d8336a902`

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp311-cp311-macosx_11_0_arm64.whl

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp311-cp311-macosx_11_0_arm64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`f92cde6b13837ab1beb589e1341410ad9989b2097c2276a03ab32d0e258a236a`
MD5	`464c8b549ced0b16966b5cc0cb677611`
BLAKE2b-256	`666da52e0d870bc17068279225aa04cbb255c5e80a2e34597b97646a7c20907b`

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp311-cp311-macosx_10_9_x86_64.whl

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp311-cp311-macosx_10_9_x86_64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`4cbddc72d5934fa0276458f1b5bb3bf7feabea5c615b30717efbd5f24251c508`
MD5	`5eca7a5311a22ad8fd676ccf015fd201`
BLAKE2b-256	`a364c066368cc5e388a8369920ed04fb523b6accc1442f627b49f54677f2dd44`

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp310-cp310-win_amd64.whl

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp310-cp310-win_amd64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`c559ad1b65fd442188b06271bae53bf093691d96e484be9c9bfa62cff8bc4fc4`
MD5	`4636d3ab64cdfa69511d206c8a7cbe37`
BLAKE2b-256	`9b0f9e3992f124f02c5ce212e42c8ff78908be490354dc7f3775bba0c49af5eb`

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`fa1aa5878780e0b4a015184e0569edf64d6092e17bd55eaec0236eb3d6935e41`
MD5	`e5b70db246a5b2a88e0e5a0ad79f8664`
BLAKE2b-256	`ad79cafd59e190a73694fa92911ade89a4306a1cbbf6a8be8bc26828e7ac19bb`

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp310-cp310-macosx_11_0_arm64.whl

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp310-cp310-macosx_11_0_arm64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`d1302e1e81fc7cee58d9e21b5c41238bc40d7b2973fe286520754640dd2f598b`
MD5	`3af67fc0d23211cdd8d1172954d4cfe8`
BLAKE2b-256	`b265ba782ba6fd5a3d46f2fad62921c493c2fc0f2797b2994a4d7cfe651c4632`

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp310-cp310-macosx_10_9_x86_64.whl

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp310-cp310-macosx_10_9_x86_64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`001dd5813defa78b5c15f0ce98c43ad6c92847c19196fe0afea5b4ce8e6ec394`
MD5	`f4f97aa745776be30ae0810cf883e087`
BLAKE2b-256	`d2bc3cd5661fa92fce24e4efeb170f6369f94a2fffcbf83285c8c8a3f8ce33f0`

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp39-cp39-win_amd64.whl

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp39-cp39-win_amd64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`b17503b7cc12f5e0dd888bf9952ead282a0736405d399b4c74b2cbcf1ea6e4ba`
MD5	`d60cc0ea1ac7764b3a5afef79eb03bfa`
BLAKE2b-256	`181088b40963a0ecf338d84afce6461f37c6e284aad25c1becf449bfc52c9134`

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`8793b3b0cb549b71a2d96f89c86bd1b7e3bd807944b3a5adbf2315bf163c4e05`
MD5	`3268ab6ff9c0dd04240e2bc998d9447c`
BLAKE2b-256	`29ac96141db0734fc9fcdf663d13631fb804d49bb396bae25c7e1ade5dc36f31`

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp39-cp39-macosx_11_0_arm64.whl

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp39-cp39-macosx_11_0_arm64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`83d0659bc238cc1dfd4495b2a6f624fb41d00d853041cbdd05f5f9095408cba1`
MD5	`c48f718df93b0c745363b2d6d1b2a2a7`
BLAKE2b-256	`217a14a86f6f50b516676045e1e3f022675220bf1589439f993c29ec566c95af`

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp39-cp39-macosx_10_9_x86_64.whl

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp39-cp39-macosx_10_9_x86_64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`bdd63ba357800e89af51cc77d98f43431d4bfe19368ecfc4f9f984ad1f1e2f76`
MD5	`a0a82b3addbdffc470e906e1ce6d8ecf`
BLAKE2b-256	`fe7efe2dab24367eadbf56a31a5c3120fd979c3b58c1a38e746769e0da7a0349`

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp38-cp38-win_amd64.whl

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp38-cp38-win_amd64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`79104ce5d2fa61c6c75f6bbfe13b69f93d746f98c0536efe815b62dbb910c7b5`
MD5	`6883bb2a2456e7e81de8ed125fb59db9`
BLAKE2b-256	`6b7bc1e4600481b42a4ab64c97f69d21ee4ee0bf80eefa8905d19d90a69d9a8c`

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp38-cp38-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp38-cp38-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`b6f101ecadc008563f5a2eb3fe4279a773da87e7721c2432e9c496429e789d7f`
MD5	`7f543e371cb6af3d5023a1f420c34513`
BLAKE2b-256	`9d8fdd65cbe229b3081735cc5cc3bf01fcf1b5b0b6560f2d11dd6f0a5b482f88`

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp38-cp38-macosx_11_0_arm64.whl

dnaio-1.2.2-cp38-cp38-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`941aed9d7a2041f35c15c685740d1742a8e62578f766fe52cc3efebdd86e07f0`
MD5	`540a971805afee38dc115980626f828c`
BLAKE2b-256	`29983c4fd28e499cd0f0fabaf6d9b4fdd05ae9a7459b4e22ad42a3e9911ec7e3`

哈希值 for dnaio-1.2.2-cp38-cp38-macosx_10_9_x86_64.whl

dnaio-1.2.2-cp38-cp38-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`e00e778a88b8fe31d27578e61a89541e1b71fda2a4a8b6027b568b0bdb980e95`
MD5	`c293f5a5bc6b18696eb3a943cc40070c`
BLAKE2b-256	`40ed0a0138a970de13e39fbb3a11309d044be684e07ac82fa6d0734eb9ebc32a`

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