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与Django接口的Galaxy

项目描述

Build Status (Travis) Py versions

Django接口与Galaxy。后端使用bioblend API。

Galaxy 是一个基于Web的工作流程平台,可以在可重复和可共享的环境中执行生物信息学。

有关更多文档,请参阅 ReadTheDocs

快速入门

  1. 将“galaxy”和django应用程序依赖项添加到您的 INSTALLED_APPS 设置中,如下所示(galaxy应在gfiles之前)

    INSTALLED_APPS = [
        ...
        'galaxy',
        'gfiles',
    
    
        'django_tables2',
        'bootstrap3',
        'django_tables2_column_shifter',
        'django_sb_admin',
        'django_filter'
    ]
  2. 将 polls URLconf 包含在您的项目 urls.py 中,如下所示

    url(r'^', include('gfiles.urls')),
    url('galaxy/', include('galaxy.urls')),
  3. 运行 python manage.py migrate 以创建模型。

  4. 启动开发服务器并访问 http://127.0.0.1:8000

  5. 注册 http://127.0.0.1:8000/register/ 并登录 http://127.0.0.1:8000/login/

  6. 查看Galaxy实例和选项摘要 http://127.0.0.1:8000/galaxy/galaxy_summary/

  7. 注册Galaxy实例 http://127.0.0.1:8000/galaxy/addgi/

  8. 注册Galaxy用户 http://127.0.0.1:8000/galaxy/addguser/

  9. 上传文件到Django(对于批量上传文件,请参阅django-misa和django-mogi) http://127.0.0.1:8000/upload_gfile/

  10. 上传文件到Galaxy数据库(对于批量上传文件,请参阅django-misa和django-mogi) http://127.0.0.1:8000/galaxy/files_to_galaxy_datalib/

  11. 运行工作流(有关使用ISA数据的运行工作流,请参阅django-misa和django-mogi) http://127.0.0.1:8000/galaxy/workflow_summary/

  12. 查看历史 http://127.0.0.1:8000/galaxy/history_status/

项目详情


下载文件

下载适用于您的平台的文件。如果您不确定选择哪个,请了解更多关于安装包的信息。

源代码分布

django-galaxy-0.0.2.tar.gz (43.6 kB 查看散列值)

上传时间 源代码

构建分布

django_galaxy-0.0.2-py3-none-any.whl (59.0 kB 查看散列值)

上传时间 Python 3

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