疾病VICC规范化流程
项目描述
疾病规范化工具
疾病规范化器可以将人类疾病的模糊引用和描述转换为一致结构的规范化术语。对于从NCIt、Mondo疾病本体、人类疾病本体、OMIM和OncoTree中提取的概念，它指定一个CURIE，并提供额外的元数据，如别名和交叉引用。
安装
疾病规范化器可通过PyPI获得。
python3 -m pip install disease-normalizer
请参阅文档中的安装说明，了解安装选项和数据设置要求。
示例
使用实时服务以编程方式规范化疾病术语，如下所示（示例已截断）：
$ curl -s 'https://normalize.cancervariants.org/disease/normalize?q=liver%20cancer' | python -m json.tool
{
"query": "liver cancer",
"warnings": null,
"match_type": 80,
"normalized_id": "ncit:C34803",
"disease": {
"type": "Disease",
"id": "normalize.disease:liver%20cancer",
"label": "Primary Malignant Liver Neoplasm",
# ...
}
}
或利用Python API进行快速本地访问。
>>> from disease.query import QueryHandler
>>> from disease.database import create_db
>>> q = QueryHandler(create_db())
>>> result = q.normalize("NSCLC")
>>> result.normalized_id
'ncit:C2926'
反馈和贡献
我们欢迎用户和感兴趣的合作者提交错误报告、功能请求和代码贡献。文档中包含了提交反馈和贡献新代码的指导。
关闭
disease_normalizer-0.5.0.tar.gz的哈希
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | d87a941e6466d153bd876036ffb14fa7d91aa708fad76677f8d60b47a4f69b99 |
|
| MD5 | bf1c7bbc13f04175e30272776ba7d927 |
|
| BLAKE2b-256 | 7aabd64ad8f462c6eedb965ece5278bee9f6a147bb86579c7e5bcecf09a37986 |
关闭
disease_normalizer-0.5.0-py3-none-any.whl的哈希
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 8fe427d711c882b00dafd39e0d417759baa4e8b5280860d6a6acb2959855f902 |
|
| MD5 | 907e05dc0f006074510d7568813aeafb |
|
| BLAKE2b-256 | e85b4d990dc490e8f75fa4f173fd0023c7250490a79abebf7a5db0ddb178b67e |
