dicodile 0.3

安装

所有测试都应在python >=3.6的环境下运行。该软件包依赖于python库numpy、matplotlib、scipy、mpi4py、joblib。可以从软件包的根目录运行以下命令进行安装。

pip install  -e .

或者使用conda环境

conda env create -f dicodile_env.yml

使用以下命令构建文档

pip install  -e .[doc]
cd docs
make html

运行测试

pip install  -e .[test]
pytest .

使用方法

所有实验都使用mpi4py，并且将尝试根据实验中设置的参数启动工作进程。如果您需要使用hostfile来配置MPI的新工作进程启动位置，可以设置环境变量MPI_HOSTFILE=/path/to/the/hostfile，它将在所有实验中自动检测。请注意，对于每个实验，您应提供足够的工作进程以允许脚本运行。

所有图形都可以使用benchmarks中的脚本生成。每个脚本都会生成并保存数据以重现图形。然后可以通过重新运行具有--plot参数的相同脚本来绘制图形。图形保存在benchmarks_results文件夹中。计算结果使用joblib进行缓存，以防止失败。

或者，您也可以通过设置环境变量 OMPI_MCA_btl_tcp_if_include 或 OMPI_MCA_btl_tcp_if_exclude 限制使用的接口

$ export OMPI_MCA_btl_tcp_if_include="wlp2s0"

$ export OMPI_MCA_btl_tcp_if_exclude="docker0"``

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