可重复/自动从DepMap下载数据。
项目描述
DepMap Downloader
可重复/自动从癌症依赖图谱下载数据。
💪 入门
DepMap有一个秘密API，这个包对其进行了封装，因此您可以使用pystow始终获取一些选定数据集的最新版本。
获取阿基里斯基因依赖关系
from depmap_downloader import ensure_achilles_gene_dependencies
# With a version
path = ensure_achilles_gene_dependencies(version="DepMap Public 21Q4")
# Get the latest
path = ensure_achilles_gene_dependencies()
CRISPR基因依赖关系也是如此
from depmap_downloader import ensure_crispr_gene_dependencies
# With a version
path = ensure_crispr_gene_dependencies(version="DepMap Public 21Q4")
# Get the latest
path = ensure_crispr_gene_dependencies()
🚀 安装
最新版本可以从PyPI安装
$ pip install depmap_downloader
最新代码和数据可以直接从GitHub安装
$ pip install git+https://github.com/cthoyt/depmap_downloader.git
要开发模式安装，请使用以下命令
$ git clone git+https://github.com/cthoyt/depmap_downloader.git
$ cd depmap_downloader
$ pip install -e .
👐 贡献
无论是通过提交问题、发起拉取请求还是分支，我们都非常欢迎您的贡献。有关参与信息，请参阅 CONTRIBUTING.rst。
👋 属性归属
⚖️ 许可协议
本软件包中的代码遵循MIT许可协议。
🍪 Cookiecutter
本软件包使用@audreyfeldroy的cookiecutter软件包和@cthoyt的cookiecutter-snekpack模板创建。
🛠️ 开发者指南
请参阅开发者指南
README的最后一部分是关于如果您想通过代码贡献来参与项目。
❓ 测试
在克隆仓库并使用pip install tox安装tox后，可以使用以下命令重复运行tests/文件夹中的单元测试：
$ tox
此外，这些测试会自动在GitHub Action中的每个提交后重新运行。
📦 发布软件包
在开发模式下安装软件包并使用pip install tox安装tox后，在tox.ini中的finish环境中包含创建新发布的命令。请在shell中运行以下命令：
$ tox -e finish
此脚本执行以下操作：
- 使用BumpVersion将
setup.cfg和src/depmap_downloader/version.py中的版本号切换，去掉-dev后缀 - 将代码打包成tar归档和wheel格式
- 使用
twine上传到PyPI。请确保配置了.pypirc文件，以避免在此步骤中需要手动输入 - 推送到GitHub。您需要在版本升级的提交处创建一个发布
- 将版本升级到下一个补丁。如果您进行了重大更改并希望通过次要版本升级版本，可以在之后使用
tox -e bumpversion minor
下载文件
下载适合您平台文件。如果您不确定该选择哪个，请了解更多关于安装软件包的信息。
源代码分发
depmap_downloader-0.0.2.tar.gz (13.8 kB 查看哈希值)
