deformetrica 4.3.0

# Deformetrica

网站： [www.deformetrica.org](http://www.deformetrica.org/)

Deformetrica 是一款用于2D和3D形状数据统计分析的软件。它本质上计算2D或3D环境空间的变形，进而将任何嵌入此空间的对象进行扭曲，无论该对象是曲线、曲面、结构化或非结构化点集、图像，或它们的任意组合。

_Deformetrica_ 包含三个主要应用：- 配准：估算两个对象集之间最佳可能的变形；- 图谱构建：从对象集的集合中估计平均对象配置，以及从该平均到集合中每个样本的变形；- 测地线回归：估算一个时间序列对象，使其尽可能接近按时间索引的一组观测值。

_Deformetrica_ 对其处理的数据要求非常少。特别是，它__不__要求对象之间有点对应关系！

## 安装

• 要求：[Anaconda 3](https://anaconda.net.cn/download)，Linux或Mac OS X发行版

• 最佳实践：conda create -n deformetrica python=3.8 numpy && source activate deformetrica

• Pip安装：pip install deformetrica

• 运行一个[示例](https://gitlab.icm-institute.org/aramislab/deformetrica/builds/artifacts/v4.0.0/browse?job=package_and_deploy%3Aexamples)

  • deformetrica estimate model.xml data_set.xml –p optimization_parameters.xml

  • deformetrica compute model.xml –p optimization_parameters.xml

• 尝试GUI（alpha版本）：deformetrica gui

• 文档：[wiki](https://gitlab.icm-institute.org/aramislab/deformetrica/wikis/home)

## 社区

• 需要帮助？请访问[Deformetrica Google群组](https://groups.google.com/forum/#!forum/deformetrica).

• 发现了一个问题？有一个功能请求？请通过[专用Gitlab部分](https://gitlab.icm-institute.org/aramislab/deformetrica/issues)告诉我们。

## 参考资料

Deformetrica 依赖于基于控制点的大型变形微分度量映射框架的实例，该框架由 [[Durrleman et al. 2014]](https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1053811914005205) 提出。这篇文章全面描述了 射击、配准 和 确定性图谱 应用。装备了这些基本构建块，随后开发了额外的应用：- 贝叶斯图谱，如 [[Gori et al. 2017]](https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01359423/) 中所述；- 测地线回归，如 [[Fishbaugh et al. 2017]](https://www.medicalimageanalysisjournal.com/article/S1361-8415(17)30044-0/fulltext) 中所述；- 平行传递，如 [[Louis et al. 2018]](https://www.researchgate.net/publication/319136479_Parallel_transport_in_shape_analysis_a_scalable_numerical_scheme) 中所述；- 纵向图谱，如 [[Bône et al. 2018a]](https://www.researchgate.net/publication/324037371_Learning_distributions_of_shape_trajectories_from_longitudinal_datasets_a_hierarchical_model_on_a_manifold_of_diffeomorphisms) 和 [[Bône et al. 2020]](https://www.researchgate.net/publication/342642363_Learning_the_spatiotemporal_variability_in_longitudinal_shape_data_sets) 中所述。

[[Bône et al. 2018b]](https://www.researchgate.net/publication/327652245_Deformetrica_4_an_open-source_software_for_statistical_shape_analysis) 提供了一个简明的参考，总结了这些功能，并统一了符号。

# 存档存储库

• Deformetrica 3: [deformetrica-legacy2](https://gitlab.icm-institute.org/aramislab/deformetrica-legacy2)

• Deformetrica 2.1: [deformetrica-legacy](https://gitlab.icm-institute.org/aramislab/deformetrica-legacy)