单独注释长且易出错的核苷酸序列到蛋白质
项目描述
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单独注释长且易出错的核苷酸序列到蛋白质
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⚡️ 要求
- Python >= 3.9
- Pip
- Podman >= 3.4
- Homebrew on MacOS (recommended)
- Pipx for Python package management (recommended)
MacOS
安装Python和Podman
brew update && brew install python podman pipx
确保已设置好您的 PATH 环境变量
pipx ensurepath
💡 您可能需要关闭终端并重新打开它以使更改生效。
Ubuntu (and Debian-based distros)
安装Python和Podman
sudo apt update && \
sudo apt install python3 python3-pip python3-venv podman --yes && \
python3 -m pip install --user pipx
确保已设置好您的 PATH 环境变量
python3 -m pipx ensurepath
💡 您可能需要关闭终端并重新打开它以使更改生效。
安装
pipx install deciphon
用法
Usage: deci [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...
╭─ Options ────────────────────────────────────────────────────────────────────╮
│ --version │
│ --help Show this message and exit. │
╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
╭─ Commands ───────────────────────────────────────────────────────────────────╮
│ press Press HMM ASCII file into a Deciphon database one. │
│ scan Annotate nucleotide sequences into proteins a protein database. │
╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
示例
下载 minifam.hmm 蛋白质数据库
curl -O https://raw.githubusercontent.com/EBI-Metagenomics/deciphon/main/cli/tests/files/minifam.hmm
下载序列的 consensus.fna 文件
curl -O https://raw.githubusercontent.com/EBI-Metagenomics/deciphon/main/cli/tests/files/sequences.fna
压平它（使用标准代码）
deci press minifam.hmm 1
扫描它
deci scan minifam.hmm sequences.fna
显示它
deci see sequences.dcs
👤 作者
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源代码分发
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构建分发
deciphon-0.14.0-py3-none-any.whl (9.7 kB 查看哈希值)