ddgen

过去我多次需要的Python工具库

选择具有最高优先级的RefSeq转录本

RefSeq转录本有以下类别

• NM_, XM_, NR_, XR_

如果我们有来自多个来源的转录本，我们希望选择来自具有最高优先级来源的那个。

例如，NM_的优先级高于XM_。

如果我们有来自单个来源的多个转录本，我们希望选择整数较小的那个。

例如，NM_123.4的优先级高于NM_124.4。

from ddgen.utils import prioritize_refseq_transcripts

# tx will be `NM_123.4`
tx = prioritize_refseq_transcripts(['NM_123.4', 'NM_124.4', 'XM_100.1'])

获取Jannovar变体效应的优先级

Jannovar将一个或多个效应分配给一个变体。这些效应看起来像

• MISSENSE_VARIANT,
• STOP_GAINED,
• SPLICE_DONOR_VARIANT,
• CODING_TRANSCRIPT_VARIANT等。

这些效应按假设致病性递减的顺序排序（即，CODING_TRANSCRIPT_VARIANT一般可能比STOP_GAINED更不具破坏性）。

如果变体影响多个转录本，它可能对每个转录本有不同的影响。在某些情况下，可能只选择和评估最严重的影响是有用的。

为了进行选择，我们使用变体效应的优先级概念。代表优先级的数字越低，优先级越高。

我们可以通过比较效应优先级来完成此操作

from ddgen.utils import get_variant_effect_priority, VARIANT_EFFECT_PRIORITIES

# `p` is 21 
p = get_variant_effect_priority('MISSENSE_VARIANT')

# `u` is -1
u = get_variant_effect_priority('GIBBERISH')

# `p` is 21 again
p = VARIANT_EFFECT_PRIORITIES['MISSENSE_VARIANT']

连接到H2数据库

H2数据库是一个纯Java SQL数据库，因此它主要用于与Java一起使用。如果我们

• 本地机器上安装了Java
• 本地机器运行类UNIX操作系统（对不起，Windows用户）

在这种情况下

from ddgen.db import H2DbManager

with H2DbManager("path/to/database.mv.db", 
                 user="sa", 
                 password="sa") as h2:
    with h2.get_connection() as conn:
        with conn.cursor() as cur:
            # do whatever you want with the connection/cursor
            cur.execute('SELECT * FROM DB.TABLE;')
            for i, x in zip(range(5), cur.fetchall()):
                # print first 5 lines 
                print(x)

设置日志记录

Python 内置 logging 库的快速设置

from ddgen.utils import setup_logging
setup_logging()