动态社区FBA

欢迎使用动态社区FBA (dcFBA)：使微生物群落动态建模变得轻松的Python包！

本项目采用MIT许可证 - 请参阅LICENSE文件以获取更多信息。

关于

动态社区FBA (dcFBA) 是一个多功能工具，旨在使用基因组规模代谢模型 (GSMM) 将微生物群落建模为单个生物体。此包建立在 cbmpy 的坚实基础之上，并与SBML和COBRApy模型无缝集成。dcFBA为用户提供三种独特的动态建模方法

1. 动态联合FBA - 逐步更新提供模型组合的化学计量矩阵中生物质和代谢物的浓度。

2. 动态并行FBA - 在执行FBA的同时同时更新生物质和代谢物的浓度。

3. 终点FBA - 将CommunityMatrix复制N次，并在社区的时变化学计量矩阵上执行FBA。

要全面了解这些方法和它们背后的数学原理，请参阅[^1]。

无论是探索寄生虫相互作用还是调查微生物群落中的昂贵共养行为，dcFBA都提供了一个优雅而高效的解决方案。

安装

先决条件

在安装dcFBA之前，请确保已安装以下先决条件

• Python >= 3.8, < 3.11
• cbmpy
• cplex

安装步骤

要安装dcFBA，请按照以下简单步骤进行

1. 使用pip安装

   pip install dcFBA
   

用法

有关cbmpy和dcFBA的基本用法示例和详细文档，请参阅它们各自的文档页面。[a href="https://pythonhosted.org/cbmpy/modules_doc.html" rel="nofollow">cbmpydcFBA。

[^1]: [引用论文.]