数据物化

入门

从PyPI安装datmat

pip install datmat

在datmat中，您可以通过插件系统与多个数据源和存储解决方案进行接口。通过链接不同的插件，您可以将数据从一个地方移动到另一个地方。安装软件包时已安装了一组插件，但程序已设置为支持自定义插件的开发。可以通过使用URL方案来调用插件，以作为文件路径或URL的前缀。例如，通过使用file:///home/user/file.txt，您可以访问本地文件/home/user/file.txt；或者通过使用xnat+https://xnat.bmia.nl/projects/sandbox，您可以通过HTTPS访问xnat.bmia.nl上的XNAT项目sandbox。

下面是一些各种用例的示例。

从XNAT下载到EUCAIM目录结构

通过使用xnat+https://插件，可以从XNAT实例下载文件。使用eucaimdir://插件将在目标文件夹中以下嵌套文件夹结构中存储文件

/dest_folder/project_name/subject_label/experiment_label/{scan_id}_{scan_type}/file

路径/dest_folder需要提供起始的/，因此URL将是eucaimdir:///dest_folder。

一个完整的项目

import datmat

datmat.materialize('xnat+https://xnat.bmia.nl/projects/sandbox',
                   'eucaimdir:///dest_folder',
                   tempdir='/temp_directory')

单个受试者

import datmat

datmat.materialize('xnat+https://xnat.bmia.nl/search?projects=sandbox&subjects=TEST01&resources=DICOM',
                   'eucaimdir:///dest_folder',
                   tempdir='/temp_directory')

datmat软件包基于Fastr的IOPlugin系统。有关查询XNAT的更多信息，请参阅XNATStorage IOPlugin的文档。

其他用例

文件到文件的复制

import datmat

datmat.materialize('file:///input_file',
                   'file:///dest_file',
                   tempdir='/temp_directory')

XNAT到XNAT的复制

待实现。