一个用于处理分子的Python库。基于RDKit构建。
项目描述
datamol - 简化分子处理
Datamol 是一个用于处理分子的 Python 库。它建立在 RDKit 之上，旨在尽可能轻量。
- 🐍 简单的 Pythonic API
- ⚗️ 首先使用 RDKit：所有操作都是基于
rdkit.Chem.Mol对象。 - ✅ 操作分子通常需要很多选项；Datamol 通过设计提供了良好的默认值。
- 🧠 性能很重要：尽可能内置高效并行化，并带有可选的进度条。
- 🕹️ 现代IO：使用
fsspec提供远程路径支持，开箱即用支持读取和写入多种格式（sdf、xlsx、csv等）。
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安装
使用 conda
mamba install -c conda-forge datamol
快速 API 导览
import datamol as dm
# Common functions
mol = dm.to_mol("O=C(C)Oc1ccccc1C(=O)O", sanitize=True)
fp = dm.to_fp(mol)
selfies = dm.to_selfies(mol)
inchi = dm.to_inchi(mol)
# Standardize and sanitize
mol = dm.to_mol("O=C(C)Oc1ccccc1C(=O)O")
mol = dm.fix_mol(mol)
mol = dm.sanitize_mol(mol)
mol = dm.standardize_mol(mol)
# Dataframe manipulation
df = dm.data.freesolv()
mols = dm.from_df(df)
# 2D viz
legends = [dm.to_smiles(mol) for mol in mols[:10]]
dm.viz.to_image(mols[:10], legends=legends)
# Generate conformers
smiles = "O=C(C)Oc1ccccc1C(=O)O"
mol = dm.to_mol(smiles)
mol_with_conformers = dm.conformers.generate(mol)
# 3D viz (using nglview)
dm.viz.conformers(mol, n_confs=10)
# Compute SASA from conformers
sasa = dm.conformers.sasa(mol_with_conformers)
# Easy IO
mols = dm.read_sdf("s3://my-awesome-data-lake/smiles.sdf", as_df=False)
dm.to_sdf(mols, "gs://data-bucket/smiles.sdf")
如何引用
如果您在研究中使用了 Datamol，请引用 Datamol：
兼容性
版本兼容性是生产级软件堆栈的一个基本话题。我们对记录 datamol、python 和 rdkit 之间的兼容性非常谨慎。
以下是 Python 和 RDKit 的相关版本，Datamol 在其整个生命周期中对其进行了测试。 这并不意味着其他组合不工作，只是这些组合未经测试。
datamol |
python |
rdkit |
|---|---|---|
0.12.x |
[3.10, 3.11] |
[2023.03, 2023.09] |
0.11.x |
[3.9, 3.10, 3.11] |
[2022.09, 2023.03] |
0.10.x |
[3.9, 3.10, 3.11] |
[2022.03, 2022.09] |
0.9.x |
[3.9, 3.10, 3.11] |
[2022.03, 2022.09] |
0.8.x |
[3.8, 3.9, 3.10] |
[2021.09, 2022.03, 2022.09] |
0.7.x |
[3.8, 3.9] |
[2021.09, 2022.03] |
0.6.x |
[3.8, 3.9] |
[2021.09] |
0.5.x |
[3.8, 3.9] |
[2021.03, 2021.09] |
0.4.x |
[3.8, 3.9] |
[2020.09, 2021.03] |
0.3.x |
[3.8, 3.9] |
[2020.09, 2021.03] |
CI 状态
CI 运行测试并执行以下组合的代码质量检查
- 三大平台：Windows、OSX 和 Linux。
- 最新的两个 Python 版本。
- 最新的两个 RDKit 版本。
main |
|
|---|---|
| 库构建与测试 |  |
| 代码健康检查（代码检查和类型分析） |  |
| 文档构建 |  |
许可证
在 Apache-2.0 许可证下。请参阅 LICENSE。
下载文件
下载适合您平台的文件。如果您不确定选择哪个，请了解更多关于安装包的信息。
源分发
datamol-0.12.5.tar.gz (3.9 MB 查看哈希值)
构建分发
datamol-0.12.5-py3-none-any.whl (495.4 kB 查看哈希值)