Datalad 及相关组件的安装脚本
项目描述
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datalad-installer 是一个用于安装 Datalad、git-annex 以及相关组件的脚本，只需一次性调用即可完成所有安装。它不需要任何第三方 Python 库，但会大量使用外部打包命令。
安装
datalad-installer 需要 Python 3.7 或更高版本。只需使用 Python 3 的 pip 就可以安装它（你有 pip 吗？）
python3 -m pip install datalad-installer
datalad-installer 也适用于 conda！要安装，请运行
conda install -c conda-forge datalad-installer
或者，直接从 <https://raw.githubusercontent.com/datalad/datalad-installer/master/src/datalad_installer.py> 下载最新版本。
用法
datalad-installer [<global options>] <component>[=<version>] [<options>] <component>[=<version>] [<options>] ...
datalad-installer 根据命令行上列出的一个或多个 组件 进行配置。每个组件可以是软件包（例如，Datalad 或 git-annex），或者可以安装软件包的环境。如果命令行上未指定任何组件，则脚本默认安装 datalad 组件。
全局选项
- -E FILE，--env-write-file FILE
将任何 PATH 修改或其他用于使用新组件的 shell 命令追加到指定的文件中。此选项可以指定多次。如果没有指定此选项，数据将写入一个临时文件，其位置在程序开始时记录。
- -l LEVEL，--log-level LEVEL
将日志级别设置为给定的值。可能的值是“CRITICAL”、“ERROR”、“WARNING”、“INFO”、“DEBUG”（不区分大小写）以及它们的 Python 整数等效值。[默认值：INFO]
- --sudo <ask|error|ok>
当脚本需要使用 sudo 或权限提升来运行命令时，应做什么：请求确认（默认）、错误或无需确认运行。在 Windows 上，系统始终请求确认，因此此选项始终为“ok”。
- -V，--version
显示脚本版本并退出
- -h，--help
显示用法信息并退出
组件
venv
使用 python -m venv 创建 Python 虚拟环境。后续命令行上的 datalad 组件默认将安装在此虚拟环境中，除非被中间的组件覆盖。
选项
- -e ARGS，--extra-args ARGS
指定传递给 python -m venv 的额外命令行参数
- --path PATH
在 PATH 创建虚拟环境。如果未指定，环境将在 $TMPDIR 中的目录中创建。
miniconda
安装最新版本的 Miniconda。后续命令行上的 conda-env 组件将使用此安装，后续的 datalad、git-annex、rclone 以及 git-annex-remote-rclone 组件将默认使用此 conda 安装，除非被中间的组件覆盖。
可以通过在“miniconda”后加上“=”和命令行上的版本号来指定要安装的特定版本，其中版本是位于$ANACONDA_URL或https://repo.anaconda.com/miniconda/>的文件的版本组件，例如py37_23.1.0-1。运行datalad-installer miniconda --help-versions可以看到您平台上的可用版本列表。
如果没有指定，版本默认为最新版。
Miniconda安装脚本从$ANACONDA_URL/Miniconda3-$VERSION-$OS-$ARCH.{sh,exe}下载，其中$ANACONDA_URL来自环境，默认为https://repo.anaconda.com/miniconda。
选项
- --batch
以批处理（非交互）模式运行Miniconda安装脚本。在Windows上安装时始终这样做。
此外，如果给出了规范（见下文），此选项会导致将--yes传递给conda install。
- -c CHANNEL, --channel CHANNEL
指定在安装规范（见下文）中列出的包时要使用的额外Conda通道。此选项可以多次指定。
- -e ARGS，--extra-args ARGS
指定传递给Miniconda安装脚本的额外命令行参数。
- --path PATH
在PATH处安装Miniconda。如果没有指定，它将在$TMPDIR目录中安装。
- --python-match <major|minor|micro>
在--spec中包含python=V，其中V是运行datalad-installer的Python版本，用于将datalad-installer运行到指定的版本级别（例如，在Python 3.9.13下，--python-match major将安装python=3，minor将安装python=3.9，而micro将安装python=3.9.13）
- --spec SPEC
在配置后，在Conda基本环境中安装包的空间分隔规范。
- --help-versions
显示此平台上的可用Miniconda版本，然后退出
conda-env
创建Conda环境。如果命令行中没有先前的miniconda组件，系统上必须已经安装了Conda，并将使用此安装创建环境。
随后的datalad、git-annex、rclone和git-annex-remote-rclone组件将默认安装到此环境中，除非被中间组件覆盖。
选项
- -e ARGS，--extra-args ARGS
指定传递给conda create命令的额外命令行参数。
- -n NAME, --name NAME
新环境的名称。如果没有指定，将生成随机名称。
- --spec SPEC
新环境中要安装的包的空间分隔规范。
neurodebian
安装并配置NeuroDebian。
选项
- -e ARGS，--extra-args ARGS
指定传递给nd-configurerepo命令的额外命令行参数。
git-annex
安装git-annex。该组件接受一个-m、--method选项，指定要使用的安装方法；支持的方法有
apt
autobuild
brew
conda（仅支持Linux）
datalad/git-annex
datalad/git-annex:release
datalad/git-annex:tested
datalad/packages
deb-url
dmg
neurodebian
snapshot
如果没有指定方法，或者方法设置为“auto”，则将使用命令行上提供兼容安装方法的最新组件。如果没有这样的组件，将使用以下列表中的第一个支持的安装方法
conda
apt
neurodebian
brew
autobuild
datalad/packages
对于支持此方法的那些，可以通过在命令行中将“git-annex”后跟“=”和版本号来指定要安装的特定版本。
git-annex组件也接受所有支持的安装方法的选项；不属于最终使用的方法的选项将被忽略。
datalad
安装Datalad。该组件接受一个-m、--method选项，指定要使用的安装方法；支持的方法有
apt
brew
conda
deb-url
pip
如果没有指定方法，或者方法设置为“auto”，则将使用命令行上提供兼容安装方法的最新组件。如果没有这样的组件，将使用以下列表中的第一个支持的安装方法
conda
apt
brew
对于支持此方法的那些，可以通过在命令行中将“datalad”后跟“=”和版本号来指定要安装的特定版本。
datalad组件也接受所有支持的安装方法的选项；不属于最终使用的方法的选项将被忽略。
rclone
安装rclone。该组件接受一个-m、--method选项，指定要使用的安装方法；支持的方法有
apt
brew
conda
deb-url
downloads.rclone.org
如果没有指定方法，或者方法设置为“auto”，则将使用命令行上提供兼容安装方法的最新组件。如果没有这样的组件，将使用以下列表中的第一个支持的安装方法
conda
apt
brew
downloads.rclone.org
对于支持此方法的那些，可以通过在命令行中将“rclone”后跟“=”和版本号来指定要安装的特定版本。
rclone组件也接受所有支持的安装方法的选项；不属于最终使用的方法的选项将被忽略。
git-annex-remote-rclone
安装git-annex-remote-rclone。该组件接受一个-m、--method选项，指定要使用的安装方法；支持的方法有
apt
brew
conda
deb-url
DanielDent/git-annex-remote-rclone
如果没有指定方法，或者方法设置为“auto”，则将使用命令行上提供兼容安装方法的最新组件。如果没有这样的组件，将使用以下列表中的第一个支持的安装方法
conda
apt
brew
DanielDent/git-annex-remote-rclone
对于支持此方法的那些，可以通过在命令行中将“git-annex-remote-rclone”后跟“=”和版本号来指定要安装的特定版本。
git-annex-remote-rclone组件也接受所有支持的安装方法的选项；不属于最终使用的方法的选项将被忽略。
安装方法
apt
使用sudo apt-get install进行安装。支持安装特定版本。
选项
- --build-dep
运行sudo apt-get build-dep代替sudo apt-get install。
- -e ARGS，--extra-args ARGS
指定要传递给安装命令的额外命令行参数。
autobuild
从kitenet.net下载并安装git-annex的最新官方构建版本。不支持安装特定版本。
此安装方法仅在Linux和macOS上受支持。
brew
使用brew（Homebrew）安装。不支持安装特定版本。
选项
- -e ARGS，--extra-args ARGS
指定要传递给安装命令的额外命令行参数。
conda
使用conda install安装。支持安装特定版本。
选项
- -e ARGS，--extra-args ARGS
指定要传递给安装命令的额外命令行参数。
DanielDent/git-annex-remote-rclone
从其GitHub项目的版本中下载并安装git-annex-remote-rclone。
此安装方法仅在Linux和macOS上受支持。
选项
- --bin-dir DIR
安装rclone可执行文件的目录。默认为/usr/local/bin。如果此包含字符串{tmpdir}，则将其替换为$TMPDIR中目录的路径。
datalad/git-annex
从运行操作系统的最新构建中下载并安装 git-annex，不支持安装特定版本。
此安装方法需要具有适当权限的 GitHub OAuth 令牌。必须通过 GITHUB_TOKEN 环境变量或 hub.oauthtoken Git 配置选项的值来指定。
选项
- --install-dir DIR
解压缩 *.deb 包的目录，而不是在系统范围内安装。如果此字符串包含 {tmpdir}，它将被替换为 $TMPDIR 中目录的路径。（仅限 Linux）
datalad/git-annex:release
从 datalad/git-annex 的最新发布版（或指定的版本）下载并安装运行操作系统的 git-annex。如果没有指定明确的版本，并且最新发布版缺少运行操作系统的资产，则使用具有匹配资产的最新发布版。
选项
- --install-dir DIR
解压缩 *.deb 包的目录，而不是在系统范围内安装。如果此字符串包含 {tmpdir}，它将被替换为 $TMPDIR 中目录的路径。（仅限 Linux）
datalad/git-annex:tested
从运行操作系统的最新成功构建的 datalad/git-annex 下载并安装 git-annex。不支持安装特定版本。
此安装方法需要具有适当权限的 GitHub OAuth 令牌。必须通过 GITHUB_TOKEN 环境变量或 hub.oauthtoken Git 配置选项的值来指定。
选项
- --install-dir DIR
解压缩 *.deb 包的目录，而不是在系统范围内安装。如果此字符串包含 {tmpdir}，它将被替换为 $TMPDIR 中目录的路径。（仅限 Linux）
datalad/packages
从 <https://datasets.datalad.org/?dir=/datalad/packages> 下载并安装运行操作系统的 git-annex。支持安装特定版本（但请注意，此方法版本字符串通常包括 Git 提交信息，例如，“8.20210127+git111-gbe5a0e4b8”）。
选项
- --install-dir DIR
解压缩 *.deb 包的目录，而不是在系统范围内安装。如果此字符串包含 {tmpdir}，它将被替换为 $TMPDIR 中目录的路径。（仅限 Linux）
deb-url
下载并安装指定的 *.deb 包。不支持安装特定版本。
选项
- -e ARGS，--extra-args ARGS
指定要传递给安装命令的额外命令行参数。
- --install-dir DIR
解压缩 *.deb 包的目录，而不是在系统范围内安装。如果此字符串包含 {tmpdir}，它将被替换为 $TMPDIR 中目录的路径。如果此字符串包含 {version}，它将被替换为包的版本。（仅限 git-annex）
- --url URL
指定 *.deb 包的 URL。此选项是此安装方法必需的。
dmg
从正确构建的 *.dmg 映像将 git-annex 安装到 /Applications 目录。不支持安装特定版本。
此安装方法仅在 macOS 上受支持。
选项
- --path PATH
指定 *.dmg 映像的路径。此选项是此安装方法必需的。
downloads.rclone.org
从 <https://downloads.rclone.org> 下载并安装 rclone。
选项
- --bin-dir DIR
安装 rclone 可执行文件的目录。在 Windows 上此选项是必需的。在 Linux 和 macOS 上，目录默认为 /usr/local/bin。如果路径包含字符串 {tmpdir}，它将被替换为 $TMPDIR 中目录的路径。
- --man-dir DIR
安装rclone手册页的目录；具体来说，文件rclone.1将被放置在指定目录的man1/子目录中。如果没有指定此选项，则不会安装手册页。如果路径中包含字符串{tmpdir}，它将被替换为$TMPDIR目录中的路径（如果适用，与--bin-dir使用的相同）。
neurodebian
使用sudo apt-get install从NeuroDebian仓库安装。支持安装特定版本。
选项
- --build-dep
运行sudo apt-get build-dep代替sudo apt-get install。
- -e ARGS，--extra-args ARGS
指定要传递给安装命令的额外命令行参数。
pip
使用python -m pip安装。支持安装特定版本。
如果命令行中先前给出了venv组件，则将在该虚拟环境中执行安装；否则，将使用运行datalad-installer的相同Python执行安装。
选项
- --devel
从其GitHub仓库安装指定的组件，而不是从PyPI安装。
- -e ARGS，--extra-args ARGS
指定要传递给安装命令的额外命令行参数。
- -E EXTRAS，--extras EXTRAS
指定要安装的包额外组件（逗号分隔）。
snapshot
从kitenet.net下载并安装最新官方快照构建的git-annex。不支持安装特定版本。
此安装方法仅在Linux和macOS上受支持。
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