生物信息学组件
项目描述
Dash Bio
Dash Bio是一套生物信息学组件，专为与Dash一起工作而构建。
公告：https://medium.com/@plotlygraphs/announcing-dash-bio-ed8835d5da0c
演示：https://dash-gallery.plotly.host/Portal/?search=Bioinformatics
文档：https://dash.plotly.com/dash-bio
组件
Dash Bio组件分为三个类别之一
- 自定义图表类型
- 序列分析工具
- 3D渲染工具
自定义图表类型
- _dash Circos
- _dash Clustergram
- _dash Manhattan Plot
- _dash Needle Plot
- _dash Volcano Plot
序列分析工具
- _dash Alignment Chart
- _dash Onco Print
- _dash Forna Container
- _dash Sequence Viewer
可视化工具
- _dash Mol2D
- _dash Mol3D
- _dash Speck
- _dash Ngl
使用 Dash Bio
只需将 Dash Bio 组件添加到您的应用布局中，即可轻松地为您的 Dash 应用程序添加一个完整的交互式染色体、分子或基因组可视化，如下所示
import urllib.request as urlreq
from dash import Dash, html
import dash_bio as dashbio
app = Dash(__name__)
data = urlreq.urlopen(
'https://raw.githubusercontent.com/plotly/dash-bio-docs-files/master/alignment_viewer_p53.fasta'
).read().decode('utf-8')
app.layout = html.Div([
dashbio.AlignmentChart(
id='my-default-alignment-viewer',
data=data
)
])
if __name__ == '__main__':
app.run_server(debug=True)
有关更多组件和示例，请参阅 Dash Bio 文档。
在 JupyterLab 环境中运行 Dash Bio
-
创建虚拟环境
以下步骤需要您在计算机上安装虚拟环境工具：
pip install virtualenva. 在 macOS 和 Linux 上：
python3 -m venv envb. 在 Windows 上，输入：
py -m venv env -
激活您的新环境
a. 在 macOS 和 Linux 上，输入：
source env/bin/activateb. 在 Windows 上，输入：
.\env\Scripts\activate -
安装所需库（确保您已安装 pip，可以通过
pip help检查）
pip install dash dash-bio pandas numpy Jupyterlab
-
在 Jupyter lab 中运行 Dash
a. 安装 jupyter-dash：
pip install jupyter-dashb. 输入
jupyter lab build（注意：此步骤需要在您的计算机上安装 Node.js 和 NPM。要检查 Node 和 NPM 是否已安装，请在终端中输入
node -v和npm -v。有关安装说明，请参阅 nodejs.org。） -
在 JupyterLab 中显示 Plotly 图形
pip install jupyterlab "ipywidgets>=7.5”
jupyter labextension install jupyterlab-plotly@4.14.3
-
通过输入
jupyter lab启动 JupyterLab重要：JupyterLab 必须在之前已激活的虚拟环境中运行。
有关在 Jupyter Lab 中运行 Dash 应用的更多信息，请访问 Jupyter Dash 入门。
Dash
有关 Dash 的更多信息，请访问 https://plotly.com/products/dash/。
咨询和 OEM
有关 Dash 应用程序开发、高级 OEM 集成等咨询，请联系我们。
贡献和本地开发
如果您想为此存储库做出贡献，或运行演示应用程序和测试，请参阅 贡献指南。
dash_bio-1.0.2.tar.gz的散列值
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 6de28e412a37aef19429579f3285c27a5d4f21d8f387564d0698d63466259a36 |
|
| MD5 | 9ad1ef7c58b384b567bb0effa882ca97 |
|
| BLAKE2b-256 | 7eeb5f12d4b0b91974e2457aaf344230010488453edadffb9e5c241eb9f02d34 |
