dafsa 1.0

安装和使用

该库可以使用pip作为任何标准Python库进行安装，并如下所示进行使用

在任何标准Python环境中，可以使用以下命令安装dafsa

$ pip install dafsa

还有一个conda包，可以通过以下命令（从tresoldi频道）进行安装

$ conda install -c tresoldi dafsa

有关如何使用库的详细说明，请参阅官方文档。对于大多数目的，只需将序列列表传递给DAFSA对象即可

>>> from dafsa import DAFSA
>>> print(DAFSA(["dib", "tip", "tips", "top"]))
DAFSA with 8 nodes and 9 edges (4 inserted sequences)
  +-- #0: 0(#1/4:<d>/1|#4/4:<t>/3) [('t', 4), ('d', 1)]
  +-- #1: n(#2/1:<i>/1) [('i', 2)]
  +-- #2: n(#3/1:<b>/1) [('b', 3)]
  +-- #3: F() []
  +-- #4: n(#5/3:<i>/2|#8/3:<o>/1) [('i', 5), ('o', 8)]
  +-- #5: n(#6/2:<p>/2) [('p', 6)]
  +-- #6: F(#3/2:<s>/1) [('s', 3)]
  +-- #8: n(#3/1:<p>/1) [('p', 3)]

完整的文档可在ReadTheDocs.io上找到。

展示

• 基本示例

• 输出可以是文本、GML、DOT，或者通过dot和第三方软件转换为PNG、PDF、ASCII艺术和Unicode艺术

                                 G                                A
                             +---------------------+          +----------+
                             |                     v          |          v
    #====#  C   +---+  G   +---+  C   +---+  G   +---+  A   +---+  T   +---+  A   #===#
+-- H 0  H ---> | 5 | ---> | 6 | ---> | 7 | ---> | 8 | ---> | 9 | ---> | 3 | ---> H 4 H
|   #====#      +---+      +---+      +---+      +---+      +---+      +---+      #===#
|     |    A                                                             ^
| G   +-----------+                                                      |
|                 v                                                      |
|   +----+  G   +---+  A   +---+  T                                      |
+-> | 20 | ---> | 1 | ---> | 2 | ----------------------------------------+
    +----+      +---+      +---+

                                 G                                A
                             ┌─────────────────────┐          ┌──────────┐
                             │                     ▼          │          ▼
    ╔════╗  C   ┌───┐  G   ┌───┐  C   ┌───┐  G   ┌───┐  A   ┌───┐  T   ┌───┐  A   ╔═══╗
┌── ║ 0  ║ ───▶ │ 5 │ ───▶ │ 6 │ ───▶ │ 7 │ ───▶ │ 8 │ ───▶ │ 9 │ ───▶ │ 3 │ ───▶ ║ 4 ║
│   ╚════╝      └───┘      └───┘      └───┘      └───┘      └───┘      └───┘      ╚═══╝
│     │    A                                                             ▲
│ G   └───────────┐                                                      │
│                 ▼                                                      │
│   ┌────┐  G   ┌───┐  A   ┌───┐  T                                      │
└─▶ │ 20 │ ───▶ │ 1 │ ───▶ │ 2 │ ────────────────────────────────────────┘
    └────┘      └───┘      └───┘

• 带有或不带单一路径连接

更改日志

版本 0.6

• 根据JOSS审查改进了文档

• 修复了在最小化时没有考虑节点终结性的错误

版本 0.5.1

• 在提交前进行了一些小的更改（包括标记版发布）

版本 0.5

• 在DAFSANode的__eq__()方法和DAFSA的_minimize()方法中进行了改进，特别是在速度方面。现在在测试机器上计算包含/usr/share/dict/words内容的DAFSA（99,171个序列）现在可以在8分钟内完成。

• 在额外目录中添加了Daciuk包中的代码，并附有许可证说明

版本 0.4

• 现有代码的完整文档

• 添加了GML、PDF和SVG导出

• 允许从命令行访问所有选项

版本 0.3

• 允许在单一路径中连接转换

• 允许将DAFSA导出为networkx图

• 初步文档可在ReadTheDocs上找到

版本 0.2.1

• 添加了对分段数据的支持

版本 0.2

• 添加了对带权边和节点的支持

• 添加了DOT导出和Graphviz生成

• 改进了最小化方法，如果需要可以跳过（结果为标准trie）

• 在资源中添加了示例，也用作测试数据

版本 0.1

• 第一个公开版本。

路线图

1.0之后

• 初步生成匹配DAFSA内容的极小正则表达式

• 考虑添加对空转换的支持（或依赖于用户对齐这些转换）

• 对更友好的Graphviz输出选项（如颜色、宽度等）进行工作

社区指南

虽然作者可以直接联系以获得支持，但建议第三方使用GitHub标准功能，如问题和拉取请求，以做出贡献、报告问题或寻求支持。

贡献指南，包括行为准则，可在CONTRIBUTING.md文件中找到。

作者和引用

该库由Tiago Tresoldi开发（tresoldi@shh.mpg.de）。

作者已获得欧盟“地平线2020”研究与创新计划（项目协议号：ERC Grant #715618，计算机辅助语言比较）下欧洲研究委员会（ERC）的资助。

如果您使用 dafsa，请按以下方式引用：

tresoldi, Tiago (2020). DAFSA，一个计算确定型无环有限状态自动机的库。版本1.0。耶拿。可在以下网址获取：https://github.com/tresoldi/dafsa

在BibTeX中

@misc{Tresoldi2020dafsa,
  author = {Tresoldi, Tiago},
  title = {DAFSA, a a library for computing Deterministic Acyclic Finite State Automata. Version 1.0.},
  howpublished = {\url{https://github.com/tresoldi/dafsa}},
  address = {Jena},
  year = {2020},
}