czifile 2019.7.2

要求

• CPython 2.7或3.5+

• Numpy 1.14

• Tifffile 2019.7.2

• Imagecodecs 2019.5.22（可选；用于解码LZW、JPEG和JPEG XR）

修订版

2019.7.2

需要tifffile 2019.7.2。

2019.6.18

添加包主功能以查看CZI文件。修复BGR到RGB转换。修复Python 2上的czi2tif转换。

2019.5.22

修复CZI元数据包含非ASCII字符时的czi2tif转换。将imagecodecs_lite用作imagecodecs的备用。将CziFile.metadata改为函数（破坏性）。将scipy作为可选依赖项；在zoom()上失败时回退到ndimage。

2019.1.26

修复czi2tif控制台脚本。更新版权年份。

2018.10.18

将zisraw包重命名为czifile。

2018.8.29

将czifile.py和相关模块移动到zisraw包中。将使用示例移动到主文档字符串中。要求imagecodecs包解码JpegXrFile、JpgFile和LZW。

2018.6.18

将CZI元数据保存到czi2tif的TIFF描述中。使用max_workers=1修复AttributeError。将Segment.SID和DimensionEntryDV1.dimension的数据类型改为字符串。以XML unicode字符串或字典形式返回元数据，而不是etree。以元组或ndarray形式返回时间戳、焦距位置、事件和lut。

2017.7.21

在CziFile.asarray中使用多线程解码和复制段数据。始终将BGR转换为RGB。删除bgr2rgb选项。直接从字节数组解码JpegXR。

2017.7.13

添加将CZI文件转换为内存映射TIFF文件的函数。

2017.7.11

将CziFile.asarray的‘out’参数添加。从CziFile.asarray中删除memmap选项（破坏性更改）。将样条插值顺序更改为0（破坏性更改）。使轴返回字符串。需要tifffile 2017.7.11。

2014.10.10

（可选）将数据读入内存映射数组。

2013.12.4

通过_czifle扩展模块解码JpegXrFile和JpgFile。尝试重建瓦片拼接图像。

2013.11.20

初始发布。

注释

API尚不稳定，可能在修订之间发生变化。

Python 2.7和3.4已被弃用。

“ZEISS”和“Carl Zeiss”是Carl Zeiss AG的注册商标。

ZISRAW文件格式设计规范[1]是机密的，许可协议不允许将数据写入CZI文件。

仅实现了2016规范的一部分。特别是，多文件图像、图像金字塔和地形图像尚未得到支持。

仅使用少数示例文件在Windows上进行测试。

Czifile依赖于imagecodecs包解码LZW、JPEG和JPEG XR压缩图像。或者，可以使用imagecodecs_lite包解码LZW压缩图像。

其他读取CZI文件的库（所有都使用GPL许可证）

• libCZI

• Python-bioformats

• Pylibczi

参考文献

1. ZISRAW (CZI) 文件格式设计规范发布版本1.2.2。CZI 07-2016/CZI-DOC ZEN 2.3/DS_ZISRAW-FileFormat.pdf（机密）。可以在https://www.zeiss.com/microscopy/us/products/microscope-software/zen/czi.html上请求文档。

示例

以NumPy数组的形式从CZI文件中读取图像数据

>>> image = imread('test.czi')
>>> image.shape
(3, 3, 3, 250, 200, 3)
>>> image[0, 0, 0, 0, 0]
array([10, 10, 10], dtype=uint8)