cwldep 1.0

# 通用工作流语言依赖管理器

此工具帮助您从其他来源导入工具和工作流以用于您自己的工作流。

# 安装
在安装`cwldep`之前，强烈建议设置虚拟环境

```
virtualenv -p python2 venv # 创建虚拟环境，也可以使用`python3`
source venv/bin/activate # 在安装`cwldep`之前激活环境
```

从源安装
```
git clone https://github.com/common-workflow-language/cwldep.git # 克隆cwldep存储库
cd cwldep # 切换到源目录
python setup.py install
cwldep -h # 检查安装是否正确
```

# 添加文件依赖项

```
cwldep add myfile.cwl https://raw.githubusercontent.com/common-workflow-language/workflows/master/tools/samtools-faidx.cwl
```

这将下载CWL文件及其依赖项到`raw.githubusercontent.com/common-workflow-language/workflows/master/tools`

将其作为相对文件引用包含到您的流程中

```
步骤
step1
输入：...
输出：...
运行：raw.githubusercontent.com/common-workflow-language/workflows/master/tools/samtools-faidx.cwl
```

# 更改安装目标

```
cwldep add --install-to samtools myfile.cwl https://raw.githubusercontent.com/common-workflow-language/workflows/master/tools/samtools-faidx.cwl
```

# 使用存档

您还可以导入存档（.tar.gz、.tar.bz2和.zip）

```
cwldep add myfile.cwl https://github.com/common-workflow-language/workflows/archive/draft2.tar.gz
```

这将下载并提取到本地目录`github.com/common-workflow-language/workflows/archive`

# 使用git上游

您还可以导入git存储库

```
cwldep 添加 myfile.cwl https://github.com/common-workflow-language/workflows
```

这将克隆到本地目录 `github.com/common-workflow-language/workflows`

```
cwldep 添加 --set-version=draft-2 myfile.cwl https://github.com/common-workflow-language/workflows
```

# 安装依赖

这将安装 `myfile.cwl` 中列出的任何依赖项

```
cwldep 安装 myfile.cwl
```

# 检查上游依赖项是否已更改

这将报告 `myfile.cwl` 中列出的上游依赖项是否已更改

```
cwldep 检查 myfile.cwl
```

# 更新依赖项

这将安装更新的依赖项

```
cwldep 更新 myfile.cwl
```

# 删除未引用的依赖项

这将删除任何在 ".dep.lock" 文件中列出但未由 `myfile.cwl` 引用的依赖项。

```
cwldep 清理 myfile.cwl
```