高通量测序读数的适配器剪切和其他预处理

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install with bioconda

Cutadapt

Cutadapt可以从您的高通量测序读数中查找并移除适配器序列、引物、poly-A尾部和其他类型的不要序列。

以这种方式清洁您的数据通常是必需的：小RNA测序的读数包含3’测序适配器，因为读数比测序的分子长。扩增子读数以引物序列开始。poly-A尾部对于从您的样品中提取RNA是有用的，但通常您不希望它们出现在您的读数中。

Cutadapt通过以容错方式查找适配器或引物序列来帮助进行这些剪切任务。它还可以以各种方式修改和过滤单端和双端读数。适配器序列可以包含IUPAC通配符字符。Cutadapt还可以解复用您的读数。

Cutadapt在MIT许可的条款下可用。

Cutadapt的开发始于多特蒙德工业大学，由Prof. Dr. Sven Rahmann领导的团队。它目前在NBIS（瑞典国家生物信息学基础设施）内进行开发。

如果您使用Cutadapt，请引用DOI:10.14806/ej.17.1.200 .

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