cryohub

cryohub是一个基于cryotypes规范的Cryo-ET数据读取和写入库的库。

安装

pip install cryohub

使用

cryohub提供了一些粒度化的I/O功能，如read_star和read_mrc，这些都将返回符合cryotypes规范的对象。

from cryohub.reading import read_star
poseset = read_star('/path/to/file.star')

一个称为read的高级函数为IO过程添加了一些魔法，猜测文件格式并返回一个cryotypes列表。

from cryohub import read
data = read('/path/to/file.star', '/path/to/directotry/', lazy=False, name_regex=r'tomo_\d+')

请参阅每个函数的帮助以获取更多信息。

类似于read_*函数，cryohub提供了一系列write_*函数和一个魔法高级write函数。

from cryohub import write
write([poseset1, poseset2], 'particles.tbl')

从命令行

cryohub可以用作所有可用格式之间的转换工具

cryohub convert input_file.star output_file.tbl

如果您只需要快速检查数据，但又希望比仅读取文本文件或标题更强大的功能，此命令将带您进入ipython shell，其中加载的数据以名为 data 的列表收集。

cryohub view path/to/files/* /other/path/to/file.star

print(data[0])

功能

目前，cryohub 可以读取以下格式的图像：

• .mrc（以及 .mrcs、.st、.map、.rec 变体）= .tif(f)
• Dynamo .em
• EMAN2 .hdf

以及以下格式的粒子数据：

• Relion .star
• Dynamo .tbl
• Cryolo .cbox 和 .box
• EMAN2 .json[^1]

目前存在的写入函数有

• .mrc
• EMAN2 .hdf
• Dynamo .em
• Relion .star
• Dynamo .tbl

[^1]：EMAN2 使用断层片的中心作为粒子坐标的原点。这意味着在打开断层片时，您必须根据其尺寸重新定位粒子。要自动完成此操作，您可以使用 center_on_tomo 参数提供一个包含要使用的断层片的 hdf 文件。

图像数据

当可能（除非禁用）时，cryohub 使用 dask 惰性加载图像。结果对象可以像普通的 numpy 数组一样处理，但需要在应用任何挂起的操作并返回结果之前调用 array.compute()。

贡献

欢迎贡献！如果您希望支持读取或写入的文件格式，只需针对它打开一个关于该规范的问题。或者，您也可以提交一个包含您提出的实现的PR；您可以查看现有函数以获得灵感。