简化版的COPASI Python界面
项目描述
BasiCO
本项目托管了一个简化版的COPASI Python界面。虽然所有COPASI功能都通过自动生成的SWIG包装器公开，但此包旨在在其之上添加一层，以在调用COPASI函数时隐藏大部分复杂性。
安装
该包适用于python 3.7+，前提是安装以下包
- python-copasi
- pandas
- numpy
- matplotlib
- PyYAML
它们在pypi上免费提供，在通过setup.py安装时将自动安装。
完成后，只需将basico目录添加到PYTHONPATH或sys.path。
或者，您可以直接从pypi安装所需的所有内容
pip install copasi-basico
从这个git仓库
pip install git+https://github.com/copasi/basico.git
使用方法
以下模块可供使用
model_io：创建/加载/保存模型的函数。model_info：从 pandas 数据框中获取/设置模型元素的函数。task_timecourse：运行时间序列模拟的包装器。task_parameter_estimation：参数估计的包装器。task_optimization：计算任意目标函数优化的包装器。task_steadystate：计算稳态的包装器。task_scan：参数扫描/重复的包装器。task_sensitivities：计算灵敏度的包装器。compartment_array_tools：用于绘图等工具。
文档在以下地址持续更新： https://basico.readthedocs.org/。
请使用问题跟踪器进行错误报告和功能请求。
运行测试
basico 包含基于 pytest 的一系列单元测试。要运行它们，请切换到本项目的根目录并运行
python3 -m pytest
这将确保 basico 在 python 路径中，并且测试按预期运行。一些测试需要更多数据，这些数据不包括在存储库中，例如 PEtab 和 petab select 的测试，对于这些测试，请指定环境变量到文件所在的目录，例如
PETAB_BENCHMARK_MODELS=/path/to/petab/benchmark/models
PETAB_SELECT_MODELS=/path/to/petab/select/models
例如
PETAB_BENCHMARK_MODELS=../Benchmark-Models-PEtab/Benchmark-Models PETAB_SELECT_MODELS=../petab_select/test_cases python3 -m pytest
致谢
本项目的实现得益于 BMBF 资助的 de.NBI 创新计划（031L0104A）。
许可证
下载文件
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源代码发行版
copasi_basico-0.75.tar.gz (212.5 kB 查看散列值)
构建版本
copasi_basico-0.75-py3-none-any.whl (186.5 kB 查看哈希值)
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copasi_basico-0.75.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 615307cf554c798b4f35abb38ef02e1bc0da13290ee569ba862f5eeb0b8c0b2d |
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| MD5 | ee98a79474b1c1025fd5252c71ba18fa |
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| BLAKE2b-256 | b59ba3ec6a1a1b100e35849f78335f768c88f6c388b2298dd3768f44bbb77a4e |
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copasi_basico-0.75-py3-none-any.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | d2f4657f4589539c563c580b37fad019089d9f117c206e70ebe7346494405846 |
|
| MD5 | a5bc4a4343c1e8172aaf5cc88fb9bdff |
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| BLAKE2b-256 | 99e4e6cb6288081df7e7d166a276727abe41a95f7b9ffd11679f580eefa90163 |