细胞命运获得的环境感知分析
项目描述
感谢您的光临！ （ ^_^）o自自o（^_^ ）
注意 包安装名称已更改为 context-explorer (连字符) 且运行程序的命令现在是 ctexplorer。之前这两个都是 context_explorer (下划线)。
Context-explorer
Context-explorer简化了从细胞显微镜图像中提取的数据的分析和可视化。
相关性
Context-explorer中的分析方法专注于细胞群体如何受到其微环境的影响，包括细胞信号和细胞密度的局部变化。对于没有先前编程经验的科学家来说，量化这些变量目前很难，尽管这对许多研究领域都很相关。促进这种分析可以帮助全世界的科学家提高对细胞行为的理解并加快他们的研究。
概述
Context-explorer通过图形用户界面进行控制，旨在使广泛的科学界能够对从显微镜图像中提取的单细胞数据进行强大分析和可视化。由于它只依赖于正确格式的CSV文件作为输入，并仅输出常用文件格式（.csv，.jpg，.png和.pdf），因此Context-explorer可以与许多其他工具协同工作。
安装
Context-explorer可以通过包管理器conda或pip，或者通过GitLab上的源代码进行安装。推荐的方式是使用conda。要开始，首先下载并安装Anaconda Python发行版（版本3.x）。这将安装Python以及用于科学计算的一些常用Python包和conda包管理器。然后，您可以通过图形程序Anaconda Navigator或命令行使用conda。
Anaconda Navigator
- 通过在开始菜单中搜索打开
Anaconda Navigator。 - 点击
Channels按钮，并将“joelostblom”添加为新通道。 - 使用左侧的导航窗格切换到
Environments选项卡。 - 将下拉菜单从“已安装”更改为“全部”，以查看您系统上尚未安装的包。
- 搜索 "context-explorer"。
- 点击左侧的复选框并选择 "标记为安装"。
- 在右下角点击
应用并通过对话框安装context-explorer。 - 运行程序，从开始菜单打开
Anaconda Prompt（或 OS X 和 Linux 上的终端），输入ctexplorer并按回车。
命令行
- 如果你使用的是 Windows，可以从开始菜单打开
Anaconda Prompt。在 MacOS 和 Linux 上，你可以使用默认的终端（例如 MacOS 上的terminal.app）而不是Anaconda Prompt。 - 输入
conda install -c joelostblom context-explorer并按回车。 - 安装完成后，通过输入
ctexplorer并按回车来运行程序。
使用 conda 更新
Anaconda Navigator
与安装时相同，点击复选框选择 "标记为更新"，然后在右下角点击 "应用"。
命令行
conda update context-explorer
使用 Context-explorer
如果你是 context-explorer 的新用户，首先下载 示例数据（右键点击链接 -> 另存为）。通过在终端/Anaconda Prompt 中输入 ctexplorer 启动 context-explorer，然后从文件选择器中选择样本文件（或您自己的数据）。这就是开始测试 context-explorer 所需的全部！
注意终端窗口中 context-explorer 的输出信息。详细文档和工作流程示例可在 文档页面 找到。还有一个 简要的视频教程，介绍如何使用该软件。
支持
如果你遇到问题，请 查看问题列表，看看你的问题是否已经有人报告。如果没有，请打开一个新的问题或 在 gitter 聊天中寻求帮助。
贡献
欢迎反馈和建议！这不必与代码相关，不要害羞 =) 请阅读 贡献指南 以开始。
路线图
项目方向概述可在 项目维基 中找到。
行为准则
保持欢迎、友好和耐心；直接且尊重；理解并从分歧和不同观点中学习；以身作则；不确定时寻求帮助；给予人们信任；简单的道歉可以走很长的路；在选择言辞时考虑周到。这些点的详细描述可以在 CODE_OF_CONDUCT.md 中找到。
已知问题
错误输出
objc[42840]: Class FIFinderSyncExtensionHost is implemented in both
/System/Library/PrivateFrameworks/FinderKit.framework/Versions/A/FinderKit
(0x7fff9d6a3c90) and
/System/Library/PrivateFrameworks/FileProvider.framework/OverrideBundles/FinderSyncCollaborationFileProviderOverride.bundle/Contents/MacOS/FinderSyncCollaborationFileProviderOverride
(0x1c279d2cd8). One of the two will be used. Which one is undefined. ```
解决方案
此错误与 CE 无关，似乎起源于 MacOS 中的 Finder 软件如 此处 和 此处 讨论的那样。它出现是因为 CE 使用 Qt 文件对话框来选择输入文件。
