基于MDTraj的联系图
项目描述
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本软件包提供分析并探索由分子动力学生成的轨迹中的接触（残基-残基和原子-原子）的工具。它基于由MDTraj提供的优秀工具。
接触可以是定义涉及生物大分子的过程（元）稳定状态的重要工具。例如，在蛋白质、DNA和小分子（如潜在药物）之间的结合过程中定义结合状态时，对接触的分析特别有用。
由Contact Map Explorer分析的接触可以是分子间或分子内，可以基于残基-残基或原子-原子进行分析。
本软件包使得回答以下问题变得非常容易：
- 轨迹中存在哪些接触？
- 轨迹中最常见的接触是什么？
- 一个轨迹中接触的频率与另一个轨迹（或特定帧，如PDB条目）相比有何不同？
- 对于感兴趣的特定残基-残基接触对，哪些原子最频繁接触？
它还便于可视化接触矩阵，颜色表示接触在轨迹时间中的比例。
完整的文档可在http://contact-map.readthedocs.io/找到。
在线试用：
安装
最简单的安装方式是使用conda。Conda是一个功能强大的包和环境管理系统。如果您还没有高度定制的Python环境，我们建议您首先安装conda，无论是完整的Anaconda发行版还是较小的miniconda。此软件包通过conda-forge渠道分发；使用以下命令安装它：
conda install -c conda-forge contact_map
如果您不想使用conda，您也可以使用pip（通过更复杂的过程）或进行开发者安装。有关详细信息，请参阅安装文档。
支持和开发
Contact Map Explorer是一个开源项目，在GNU LGPL版本2.1下发布，或者（根据您的选择）任何更新的版本。开发在https://github.com/dwhswenson/contact_map的公共领域进行；您的贡献会受到欢迎！
如果您有任何建议或错误报告，请在我们的GitHub问题页面上提出问题。
下载文件
下载适合您平台的自定义文件。如果您不确定该选择哪个，请了解更多关于安装包的信息。
源分布
contact_map-0.7.0.tar.gz (58.9 kB 查看哈希)
构建分布
contact_map-0.7.0-py2.py3-none-any.whl (65.4 kB 查看哈希)
