Python包,提供保存分数的检索。
项目描述
自动检索和预处理保存分数的管道
安装包
对于任何Python包,只需运行
pip install conservation_scores_dataset
使用示例
以下两个使用示例将展示如何运行管道以及如何检索存储在此GitHub存储库中的已预计算的值。
运行管道以检索数据
如果您想自己运行管道,请注意该存储库中已提供一些预处理的数据,下载的文件将需要总大小为ADDSIZE。
安装包后,只需运行以下命令即可检索与FANTOM5和ROADMAP数据集中增强子和启动子相关的一切数据
from conservation_scores_dataset import retrieve_all
retrieve_all()
它将显示一些加载栏,显示管道在特定时间正在做什么,如下所示
基于retrieve_all文件中的主循环,可以轻松构建针对其他BED文件的类似自动检索管道。