Curation of Neurodegeneration in BEL (CONIB)

这个知识库是在人类大脑药理学项目期间开发的，包含描述神经退行性疾病现象（如tauopathies）的生物表达式语言（BEL）文档。

安装 • 用法 • 贡献 • 许可证

内容

• conib：此文件夹包含精选的BEL文档。大多数文档已按类别（感兴趣蛋白、感兴趣生物学过程、通路等）组织。几乎所有的BEL文档都对应于单一出版物，但少数文档由于基于主题的整理而包含多个出版物的内容。
• docs：此文件夹包含自动生成的HTML内容摘要，最佳访问方式是通过https://pharmacome.github.io/conib。
• notebooks：此文件夹包含与存储库关联的各种Jupyter笔记本。由于许多笔记本使用PyBEL-Jupyter，因此最好使用NBViewer进行查看。

整理计划

以下是一些导航GitHub问题和拉取请求的链接

• 整理的拉取请求
• 由审阅者批准的重新整理的拉取请求

安装

conib可以使用以下命令从PyPI安装

$ pip install conib

或使用以下命令从GitHub安装最新版本

$ pip install git+https://github.com/pharmacome/conib.git

用法

可以使用以下方式加载图形

import conib

# Get a dictionary of names to graphs
graphs = conib.get_graphs()

# Get all BEL documents as a single graph
graph = conib.get_graph()

# Get all knowledge as INDRA statements
stmts = conib.get_indra_statements()

贡献

欢迎贡献！请将所有拉取请求提交到https://github.com/pharmacome/conib。

许可证

• 此存储库中的BEL脚本采用CC0 1.0通用许可。
• 此存储库中的Python源代码采用MIT许可。

更多BEL内容

有关更多BEL内容，请参阅Charles Tapley Hoyt的博客上的“生物表达语言（BEL）中可公开获得的内容列表”。