ComPath资源工具
项目描述
此仓库包含使用ComPath衍生或生成的不同资源。在这些资源中，包括使用ComPath插件进行的可能分析概述的Jupyter笔记本，以及维护工作结果（请参阅映射文件夹），其中存储了三个主要通路数据库之间的通路映射（见下文）。截至2020年3月，ComPath中现在提供了PathBank映射。
引用
如果您在您的工作中使用了ComPath，请考虑引用
💾 数据
本包中包含6个映射文件，每个文件对应一次成对比较。[注解][1]。这些数据可在CC0 1.0通用许可证下获得。
更新：2020年3月
现在，ComPath中提供了PathBank和上述数据库之间的映射。
📊 摘要
摘要每晚由GitHub Actions自动生成并部署到[链接](https://compath.github.io/compath-resources/)。
🙏 贡献
虽然可以改进此存储库中的文件，但它们已被集成到一个更广泛的识别生物实体映射的努力中，即[Biomappings](https://github.com/biomappings/biomappings)。请根据其[整理指南](https://github.com/biomappings/biomappings#-contributing)将该存储库的贡献引导到那里。
整理指南
我们已区分了通路之间两种类型的映射关系：“equivalentTo”和“isPartOf”。
equivalentTo。一个无向关系，表示两个通路都指代相同的生物过程。这种关系的要求是：
范围：两个通路都代表相同的生物通路信息。
相似性：两个通路必须至少共享一个重叠的基因。
上下文：两个通路应在同一上下文中发生（例如，细胞系、生理学）
isPartOf。一个有向关系，表示通路1（子通路）和通路2（父通路）之间的层次关系。要求如下：
子集：主题（通路1）是通路2（例如，Reactome通路层次）的子集。
相似性：同上
上下文：同上
⬇️ 安装
使用以下命令从[PyPI](https://pypi.python.org/pypi/compath_resources)下载最新稳定的代码：
pip install compath_resources使用以下命令从[GitHub](https://github.com/ComPath/compath-resources)下载最新代码：
pip install git+https://github.com/ComPath/compath-resources.git💪 使用
import compath_resources
# get all mappings as a pandas dataframe
df = compath_resources.get_df()
# get all mappings as a PyBEL BEL graph
bel_graph = compath_resources.get_bel()
# get all mappings as an RDFLib graph.
rdf_graph = compath_resources.get_rdf()⚖️ 许可证
代码在MIT许可证下授权。整理的映射在CC-0许可证下授权。
致谢
整理团队
整理练习是在以下由
卡洛斯·鲍比斯-阿尔瓦雷斯
下载文件
下载适合您平台的文件。如果您不确定选择哪个，请了解更多关于[安装软件包](https://packaging.pythonlang.cn/tutorials/installing-packages/)的信息。
源代码分发
构建分发
compath_resources-0.1.1.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | f5dc48d9dc1566702a02af90bee3626aca18ee922aadfe8f00bd3fe476400c83 |
|
| MD5 | 8bf8e8271afc8f33c4b5b52d211d2c19 |
|
| BLAKE2b-256 | 6a720782cf2e58c734e0aa6a72990d5b6e36a631d9fffa17dd4c836b97ac802e |
compath_resources-0.1.1-py3-none-any.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 134fd8f68772b8e41a9f96d29129640c945cbdf2dfaf55b4605bbd9ac2105e55 |
|
| MD5 | f749eb243615312dbcd237d41447bdb1 |
|
| BLAKE2b-256 | 48a20b2036906d57491bf79d89299e462645bd2dd5c9582cbafd015a49715710 |