collective.fhirpath 0.8.0

安装

通过将其添加到您的buildout中安装collective.fhirpath

[buildout]
...
eggs +=
    collective.fhirpath

然后运行bin/buildout

在Plone控制面板的插件设置中，安装collective.fhirpath。

工作原理

``FhirResource`` fhir字段

请确保正确使用此专用字段，根据plone.app.fhirfield文档。

使字段可索引

一个名为FhirFieldIndex的专用Catalog PluginIndexes可用，您将像使用其他目录索引一样使用它。

示例

<?xml version="1.0"?>
<object name="portal_catalog" meta_type="Plone Catalog Tool">
    <index name="organization_resource" meta_type="FhirFieldIndex">
        <indexed_attr value="organization_resource"/>
    </index>
</object>

Elasticsearch设置

请确保Elasticsearch已按照collective.elasticsearch文档进行配置。

使用FHIRModelServiceMixin

为了更好的性能优化，您应该使用FHIRModelServiceMixin来高效地响应FHIRModel，FhirFieldValue对象。

示例1

>>> from plone.restapi.services import Service
>>> from collective.fhirpath.utils import FHIRModelServiceMixin
>>> class MyFHIRGetService(FHIRModelServiceMixin, Service):
....     """ """
....     def reply(self):
....        # do return bellow's types of data
....        # could be ``dict`` type data
....        # could be instance of ``FHIRAbstractModel`` derrived class.
....        # could be instance of ``plone.app.fhirfield.FhirResourceValue`` derrived class.
....        # or self.reply_no_content()

配置

本产品提供三个基于Plone注册表的记录：fhirpath.es.index.mapping.nested_fields.limit、fhirpath.es.index.mapping.depth.limit、fhirpath.es.index.mapping.total_fields.limit。这些与ElasticSearch索引映射设置相关，如果您了解它，则可以从Plone控制面板（注册表）中进行修改。

文档

完整用户文档可以在“docs”文件夹中找到，也可以在https://collective-fhirpath.readthedocs.io/在线查看

贡献

• 问题跟踪器：https://github.com/nazrulworld/collective.fhirpath/issues

• 源代码：https://github.com/nazrulworld/collective.fhirpath

• 文档：https://collective-fhirpath.readthedocs.io/

支持

如果您遇到问题，请通过以下方式告知我们：Md Nazrul Islam <email2nazrul@gmail.com>

许可协议

该项目采用GPLv2许可。

REST客户端示例

获取单个资源，这里我们通过ID获取Patient资源。

示例(1)

>>> response = admin_session.get('/@fhir/Patient/19c5245f-89a8-49f8-b244-666b32adb92e')
>>> response.status_code
200
<BLANKLINE>
>>> response.json()['resourceType'] == 'Patient'
True
<BLANKLINE>
>>> response = admin_session.get('/@fhir/Patient/19c5245f-fake-id')
>>> response.status_code
404
<BLANKLINE>

通过状态条件搜索Observation，任何截至2017年12月之前或早于2017年1月的观察结果。

示例(2)

>>> response = admin_session.get('/@fhir/Observation?patient=Patient/19c5245f-89a8-49f8-b244-666b32adb92e&status=final&_lastUpdated=lt2017-12-31T00%3A00%3A00%2B00%3A00&_lastUpdated=gt2017-01-01T00%3A00%3A00%2B00%3A00')
>>> response.status_code
200
>>> response.json()["total"]
1
<BLANKLINE>

通过REST API添加FHIR资源

示例(3)

>>> import os
>>> import json
>>> import uuid
>>> import DateTime
>>> import time

>>> with open(os.path.join(FIXTURE_PATH, 'Patient.json'), 'r') as f:
...     fhir_json = json.load(f)

>>> fhir_json['id'] = str(uuid.uuid4())
>>> fhir_json['name'][0]['text'] = 'Another Patient'
>>> response = admin_session.post('/@fhir/Patient', json=fhir_json)
>>> response.status_code
201
>>> time.sleep(1)
>>> response = admin_session.get('/@fhir/Patient?active=true')
>>> response.json()["total"]
2

更新（PATCH）FHIR资源，当前激活的Patient将被停用。

示例(4)

>>> patch = [{'op': 'replace', 'path': '/active', 'value': False}]
>>> response = admin_session.patch('/@fhir/Patient/19c5245f-89a8-49f8-b244-666b32adb92e', json={'patch': patch})
>>> response.status_code
204
<BLANKLINE>

0.8.0 (2022-06-13)

新功能

• 针对collective.elasticsearch上的问题issue#91，添加了一个补丁。

0.7.6 (2021-05-04)

• 最低的fhir.resources版本现在是6.1.0，最低的collective.elasticsearch版本现在是3.0.5

0.7.5 (2020-12-17)

• 最低的fhir.resources版本现在是6.0.0，请参阅其关联更改https://pypi.ac.cn/project/fhir.resources/6.0.0/

• 最低的fhirpath``version 是现在 ``0.10.5，请参阅其关联的改进和错误修复https://pypi.ac.cn/project/fhirpath/0.10.4/

• 最低要求的plone.app.fhirfield``version 是现在 ``4.2.0，请参阅其关联的改进和错误修复https://pypi.ac.cn/project/plone.app.fhirfield/4.2.0/

0.7.4 (2020-11-19)

• 最低要求的fhirpath版本现在是0.10.4（请参阅其更改日志）并添加了兼容性。

0.7.3 (2020-10-24)

• 创建了一个新的辅助函数json_body，它使用orjson反序列化器。

• FHIRModelServiceMixin现在具有更高的性能优化。

0.7.2 (2020-10-06)

• 在基于ZCatalog的搜索中启用以dict选项返回Bundle响应。

0.7.1 (2020-10-05)

• fhirpath``minimum version 已更新，包括最低的fhir.resources版本6.0.0b5。

• 使用orjson序列化器改进了FHIRModelServiceMixin。

0.7.0 (2020-09-25)

改进

• 问题 #2 ZCatalog基于搜索应该有选项返回bundle类型，类似于LazyBrain

• 支持从fhirpath 0.8.0的所有功能。

• Elasticsearch映射JSON文件已更新。

修复

• utils.FHIRModelServiceMixin 现在可以处理响应中的 list 类型数据。

0.6.1 (2020-09-09)

• plone.app.fhirfield:default`` 已添加到依赖中，因此无需单独安装 ``plone.app.fhirfield.

0.6.0 (2020-09-09)

改进

• FHIRModelServiceMixin 类现在在 utils 模块下可用，可以与您的 plone.restapi 服务一起使用，以以最佳效率响应类型为 FhirModel 即 pydantic 的 BaseModel 或 plone.app.fhirfield.FhirFieldValue 对象。

0.5.0 (2020-08-18)

改进

• 通过 fhir.resources 和 fhirpath 支持革命性的版本，我们可能需要对现有的代码库进行一些重构，因为这些破坏性更改，请参阅 fhir.resources、plone.app.fhirfield 和 fhirpath 中的更改。

• 恢复对 Python 版本 3.6 的支持

• 基于 plone 注册表的三个配置（fhirpath.es.index.mapping.nested_fields.limit、fhirpath.es.index.mapping.depth.limit、fhirpath.es.index.mapping.total_fields.limit）现在可用。

0.4.0 (2020-05-15)

破坏性更改

• 作为支持最新的 fhirpath 版本（从 0.6.1）的一部分，删除了高于 3.7.0 的 Python 版本。

• ElasticsearchEngineFactory.__call__ 的参数名称 fhir_version 已更改为 fhir_release。

0.3.0 (2019-11-10)

改进

• 添加了 ZCatalog 特有的 fhir 搜索功能，您将从中获得 ZCatalog 的 brain 功能。

• FhirFieldIndex 命名为 PluginIndex 现在可用。

• FHIR STU3`` 和 ``R4 搜索映射现在可用。

• 其他改进，使其能够在生产项目中使用（当然没有保证。）

0.2.0 (2019-09-16)

• 第一个工作版本，有很多改进。

0.1.0 (2019-09-06)

• 初始发布。 [nazrulworld]