collect-columns

此工具从一组表中的每一列检索列，并将它们编译成一个表。可选地，还可以将关联的GTF/GFF文件中的附加属性添加到输出表中。

安装

从PyPI安装： pip install collect-columns

从github安装

• 克隆仓库： git clone https://github.com/biowdl/collect-columns.git
• 进入仓库： cd collect-columns
• 使用pip安装： pip install .

使用方法

collect-columns output_path input_files...

它假设所有输入计数表具有相同的格式。默认情况下，格式被假设为无标题和制表符分隔，第一列是特征标识符，第二列是感兴趣的价值。输出表将使用与输入表相同的分隔符，并包含标题。`feature`列将包含特征标识符，值列将以输入文件的名称命名或根据通过`-n`选项给出的名称命名，该选项接受一个名称列表作为参数。

请注意，如果输入表中存在具有相同特征标识符的多行，则默认情况下，这些值将在输出表中相互覆盖。请参阅`-S`标志。

为了使用不同的输入格式，可以提供以下选项

要从GTF/GFF添加额外的属性，可以提供以下选项

示例

HTSeq-count

使用HTSeq-count的输出作为输入，以下命令

collect-columns all.tsv s1.tsv s2.tsv

将生成如下表格

Stringtie

使用stringtie丰度输出作为输入，以下命令

collect-columns all.FPKM s1.abundance s2.abundance \
    -c 7 \
    -H \
    -a ref_gene_id gene_name \
    -g merged.gtf \
    -n sample1 sample2 \
    -S # Stringtie may at times return multiple rows for one gene, these values can simply be summed up.

将生成如下表格