从共聚焦图像创建耳蜗图的模块
项目描述
简介
这有助于从共聚焦图像创建耳蜗图，并将导出一个频率图以及沿音调轴的内外毛细胞位置。如果文件中存储了位置信息，则可以使用它来自动对单个部件的多个共聚焦Z堆栈进行对齐。
数据集
LIF文件的命名约定
单个耳蜗的所有Z堆栈应存储在单个LIF文件中。文件应按标识符（例如，动物ID和耳朵）命名，后跟按成像顺序排列的每个通道的标签。例如
B009-8L-GluR2-CtBP2-MyosinVIIa
在每个文件内部，部件必须从基础（钩）到顶点按顺序编号。如果需要多个图像来表示一个部件，则使用字母作为后缀（例如，“piece_2a”，“piece_2b”等）。对于单个部件的图像标签顺序不重要，因为程序将根据文件中存储的阶段坐标自动对齐它们。
要排除一个图像，请在堆栈名称开头添加下划线，例如
_piece_2a_high_power
CZI数据的命名约定
单个耳蜗的所有Z堆栈应存储在单个文件夹中。文件夹应按标识符（例如，动物ID和耳朵）命名，后跟按成像顺序排列的每个通道的标签。例如
B009-8L-GluR2-CtBP2-MyosinVIIa
在文件夹内部，每个Z堆栈应从基础（钩）到顶点按顺序编号。如果需要多个图像来表示一个部件（例如，因为你没有使用拼贴模式），则使用字母作为后缀（例如，“piece_2a”，“piece_2b”等）。对于单个部件的图像标签顺序不重要，因为程序将根据文件中存储的阶段坐标自动对齐它们。文件夹内可能找到的文件名示例
BP1-FL_piece_1.czi BP1-FL_piece_2.czi BP1-FL_piece_3.czi BP1-FL_piece_4a.czi BP1-FL_piece_4b.czi BP1-FL_piece_5.czi
在《piece》前后下的下划线非常重要。这些部件应该从钩子（从1开始）依次编号到顶点。如果视场太小，无法捕获整个部件，并且您没有使用拼贴，则可以在部件编号后添加字母后缀（例如，“a”，“b”等）。
要排除一个图像，请将下划线添加到文件名开头，例如。
_BP1-FL_piece_5.czi
缺少的部件
如果缺少一个部件，您可以从另一个文件（对于LIF文件，您可以使用LAS X Office）复制匹配部件的图像堆栈。为了表示该部件是复制的，它必须具有后缀 _copied_<note>。例如，如果您从B009-8L复制piece_4a和piece_4b到包含B021-3L数据的文件/文件夹，则复制的图像应命名为“piece_4a_copy_B009-8L”和“piece_4b_copy_B009-8L”。注解将出现在为频率图生成的复合图中。
使用程序
鼠标交互
- 左键点击
选择拼贴
- 左键点击 + 拖动
平移图像
- 鼠标滚轮
放大/缩小
键盘快捷键
- t
切换到拼贴模式
- i
切换到IHC模式
- 1
切换到OHC1模式
- 2
切换到OHC2模式
- 3
切换到OHC4模式
- 4
切换到额外模式
- s
选择螺旋工具
- e
选择排除工具
- c
选择细胞工具
- n
选择下一个拼贴（仅拼贴模式）
- p
选择上一个拼贴（仅拼贴模式）
- 箭头键
箭头键的行为将取决于是否选择了拼贴模式。如果选择了拼贴模式，则箭头键将移动拼贴。如果选择了任何其他模式，则箭头键将平移图像（这在放大螺旋或细胞模式时非常有用，以便在放大时移动耳蜗）。要更小地移动拼贴（或平移图像），请同时按住shift键。
分析
分析需要以下步骤
将拼贴对齐，以便尽可能准确地重叠。
在每行的毛细胞中追踪螺旋。
标记单个毛细胞。
标记包含不可解释数据的区域。
提供了工具以简化每个步骤。在进入下一个步骤之前，请确保您对当前步骤的结果满意。尽管您可以返回并编辑以前的步骤，但这可能会影响您的分析（例如，如果您在标记毛细胞后需要移动拼贴，您可能需要手动编辑大量毛细胞）。
拼贴模式
首先从编辑按钮中选择“拼贴”，然后左键单击以选择未对齐的拼贴。使用箭头键，您可以移动拼贴，直到它与其他拼贴正确对齐。如果您需要以更小的步骤移动拼贴，请同时按住shift键和箭头键。打开“突出显示选中”可能有所帮助，以便您获得透明覆盖。在“突出显示选中”模式下，当前选中的拼贴将以红色边框显示。
- 左键点击
选择拼贴
- 鼠标滚轮
放大/缩小
- 箭头键
移动当前选定的拼贴（大步骤）
- shift + 箭头键
移动当前选定的拼贴（小步骤）
- n
选择下一个拼贴
- p
选择上一个拼贴
提供了一个“对齐拼贴”工具来简化此步骤。它使用自动算法尝试根据图像之间的相关性（使用MyosinVIIa通道）对齐拼贴。
螺旋模式
一旦你对瓷砖的对齐满意，请从编辑按钮中选择“IHC”，并确保编辑按钮右侧的螺旋工具被选中。你标记的第一个点应该位于面对耳蜗最基底部区域的发细胞行的末端。此点将以红色圆圈突出显示。如果你意识到自己犯了错误，可以在螺旋模式下通过控制+右键点击该点来选择不同的点作为螺旋的起点。
您必须选择至少四个点来创建螺旋。您可以在现有点和螺旋之间添加点，螺旋将通过这些点重新路由。算法假设路径中的“下一个”点是最接近它的点（即，添加点的顺序无关紧要）。
重复此过程为OHC1、OHC2和OHC3。请确保螺旋将核（IHC）或表皮板（OHC）一分为二，这将有助于程序实现的半自动化算法标记毛细胞。
- 右键点击
添加点
- shift + 右键点击
删除点
- control + 右键点击
将点设置为螺旋的起点
细胞模式
标记螺旋后，运行算法以自动检测细胞。您可以调整设置（每次运行都会删除现有细胞并创建新的细胞）。您可能需要手动编辑自动检测到的细胞。选择细胞工具，然后使用右键点击添加细胞，使用shift + 左键点击删除细胞。
- 右键点击
添加细胞
- shift + 右键点击
删除细胞
- ctrl + 右键点击（仅适用于IHC）
将细胞标记为额外（见Rask-Andersen等人，2017；额外人毛细胞 - 再生或发育受损的迹象？场发射扫描电子显微镜研究）。
偶尔会有第四行OHC。这些应该通过选择“额外”来手动识别您想要编辑的细胞，然后使用细胞工具添加细胞。由于第四行通常非常短，您不能标记螺旋或标记为排除区域。
排除模式
最后，返回到每行毛细胞。如果有您认为无法正确解释的区域，请选择排除工具。在区域的一端右键点击螺旋，然后再次在您想要排除的区域另一端右键点击。
- 右键点击
开始区域。再次点击以结束区域。
- shift + 右键点击
在鼠标光标下删除区域。
- escape
取消当前区域。
一些额外的工具可供使用，以简化此过程
您可以将所有OHC螺旋的排除区域合并为单个排除区域集，该区域适用于所有OHC螺旋（合并OHC排除按钮）。
如果它们重叠，您可以使用简化排除按钮简化特定螺旋的排除区域集（这将合并重叠的排除区域为单个排除区域）。
下载文件
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