CMDR

CMDR（发音：“com-mo-dore”或有时“com-man-der”），数据研究核心模型，是一个用于收集生物样本数据及其分析的LinkML模式/数据模型。

此模式的目的在于作为其他LinkML模式/数据模型的基础模式，为它们的特定用例提供启动支持。

CMDR数据模型受到LinkML 数据模型的启发，该数据模型用于INCLUDE项目。

项目设置

1. 克隆cmdr项目仓库

$ git clone https://github.com/linkml/cmdr.git

2. 创建虚拟环境和安装项目依赖项

$ make install

3. 创建下游模式工件，运行单元测试，并验证示例/实例数据是否符合模式

$ make test

4. 在类之间进行LinkML转换器映射，以映射源模式和目标模式

$ make test_transform

网站

• https://linkml.github.io/cmdr

仓库结构

• examples/ - 示例数据
• project/ - 项目文件（请勿编辑这些文件）
• src/ - 源文件（请编辑这些文件）
  • 指挥官
    • schema -- LinkML schema（编辑此内容）
• datamodel -- 生成的 Python 数据模型
• tests - Python 测试

我们添加了一些数据实例的HTML 可视化！

开发者文档

致谢

本项目使用 linkml-project-cookiecutter 构建