CLUMPS-PTM

一个用于识别翻译后修饰（PTM）的3D簇（“簇”）的算法。为临床蛋白质组肿瘤图谱联盟（CPTAC）开发。全项目仓库可以在此处找到。

作者: Shankara Anand

电子邮件: sanand@broadinstitute.org

需要Python 3.6.0或更高版本。

安装

PIP

pip3 install clumps-ptm

或

Git克隆

git clone git@github.com:getzlab/CLUMPS-PTM.git
cd CLUMPS-PTM
pip3 install -e .

使用

CLUMPS-PTM的分析分为三个一般阶段

1. 映射：将输入的PTM蛋白质组数据映射到PDB结构数据。

映射依赖于源数据，并根据源数据库映射到UNIPROT和最终PDB结构，涉及程序调用blastp+。可以在此处找到示例笔记本，它逐步演示了映射过程并展示了如何使用clumps-ptm API以编程方式运行这些步骤：此处。对于新的数据集，一旦执行了映射，映射文件就用作clumpsptm命令（如下）中的--maps标志。

2. CLUMPS：运行算法以识别PTM位点的统计显著聚类。

CLUMPS-PTM是为与差异表达蛋白质组数据一起使用而设计的。由于质谱数据中存在丢失的特性，我们选择使用样本组之间PTM水平的大范围变化来调查修改的“聚集”。因此，输入需要来自Limma-Voom差异表达的输出。

usage: clumpsptm [-h] -i INPUT -m MAPS -w WEIGHT -s PDBSTORE [-o OUTPUT_DIR]
                 [-x XPO] [--threads THREADS] [-v]
                 [-f [FEATURES [FEATURES ...]]] [-g GROUPING] [-q]
                 [--min_sites MIN_SITES] [--subset {positive,negative}]
                 [--protein_id PROTEIN_ID] [--site_id SITE_ID] [--alphafold]
                 [--alphafold_threshold ALPHAFOLD_THRESHOLD]

Run CLUMPS-PTM.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i INPUT, --input INPUT
                        <Required> Input file.
  -m MAPS, --maps MAPS  <Required> Mapping with index as indices that overlap
                        input.
  -w WEIGHT, --weight WEIGHT
                        <Required> Weighting for CLUMPS-PTM (ex. logFC).
  -s PDBSTORE, --pdbstore PDBSTORE
                        <Required> path to PDBStore directory.
  -o OUTPUT_DIR, --output_dir OUTPUT_DIR
                        Output directory.
  -x XPO, --xpo XPO     Soft threshold parameter for truncated Gaussian.
  --threads THREADS     Number of threads for sampling.
  -v, --verbose         Verbosity.
  -f [FEATURES [FEATURES ...]], --features [FEATURES [FEATURES ...]]
                        Assays to subset for.
  -g GROUPING, --grouping GROUPING
                        DE group to use.
  -q, --use_only_significant_sites
                        Only use significant sites for CLUMPS-PTM.
  --min_sites MIN_SITES
                        Minimum number of sites.
  --subset {positive,negative}
                        Subset sites.
  --protein_id PROTEIN_ID
                        Unique protein id in input.
  --site_id SITE_ID     Unique site id in input.
  --alphafold           Run using alphafold structures.
  --alphafold_threshold ALPHAFOLD_THRESHOLD
                        Threshold confidence level for alphafold sites.

3. 后处理：Pymol中的后处理（FDR校正）和可视化。