ciles 0.1.0

描述

给定一个离散的漂移场A(x)和一个（位置相关的）扩散系数B(x)，此工具执行简单的SDE时间正向积分

dx(t)/dt = A(x(t)) + sqrt(B(x(t))) * eta(t)

其中eta(t)是一个高斯白噪声项，x是一个具有圆形边界（通常是0 <= x < 2PI）的区间上的变量。

漂移场A和扩散B都需要是相同维度的数组。它们内部使用gsl_interp_cspline_periodic进行插值，以提供连续的场，然后用于正向积分。

正向积分使用Euler-Murayama方案执行：x(t+dt) = x(t) + dt * A(x(t)) + r * sqrt(dt * B(x(t)))，其中r是一个具有零均值和单位方差的正态分布随机数。

依赖关系

• Numpy

• Cython

• Cython-gsl

安装

• 克隆仓库

• python setup.py install

• 测试（使用nosetests）：nosetests

示例用法

from ciles.integrator import LangevinIntegrator as LI
import numpy as np

drift = np.zeros(100)  # no drift field
diff = np.ones(100)  # constant diffusion with 1 deg^2/s

dt = 1e-3  # 1 ms timestep
tmax = 1.  # simulate until 1s

# initialize the integrator
li = LI(drift, diff, dt=dt, tmax=tmax)

# simulate a single trajectory
li.run()
out = li.out

更多示例

以下是来自ciles.examples的当前可用示例的绘图结果。