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从CIF数据构建晶胞

项目描述

Build Status

一个工具,可以从CIF(晶体学信息框架)文件生成各种电子结构代码的几何设置。该代码将生成原始晶胞或常规晶胞的晶体结构。

当前支持

代码 合金支持 输出文件
ASE positions.py
ATAT [化合物名称].in
VASP VCA POSCAR
ABINIT [化合物名称].in
Siesta [化合物名称].fdf
CPMD [[化合物名称]].inp
CASTEP VCA [[化合物名称]].cell
Crystal09 [[化合物名称]].d12
quantum espresso [化合物名称].in
FHI-aims geometry.in
RSPt symt.inp
Fleur inp_[[化合物名称]]
hutsepot [[化合物名称]].sys
cellgen cellgen.inp
elk GEOMETRY.OUT
exciting input.xml
spacegroup spacegroup.in
ncol [[空间群名称/化合物名称]].dat
for bstr.
emto [[空间群名称/化合物名称]].dat
for kstr, bmdl, shape, kgrn and kfcd
in separate directories.
spr-kkr [[化合物名称]].sys
xyz [[化合物名称]].xyz
crymol (gnxas) [[化合物名称]]_cry.in

CONTENTS

仓库包括

  • 此README文件。
  • 文件LICENSE,包含GPLv3许可。
  • Python文件cif2cell, uctools.py和spacegroupdata.py
  • 安装文件,setup.py和MANIFEST。
  • 手册。
  • 目录cifs/,包含一组示例CIF文件以及来自COD、晶体学开放数据库(http://www.crystallography.net)的完整周期表的晶体结构,以及一些来自ICSD(经许可)的结构。

安装说明

先决条件

程序需要Python 2.4或更高版本,以及PyCIFRW Python包(如果不存在,将自动安装)。请注意,与较晚的Python版本相比,使用Python 2.4的输出可能略有不同(但形式上等效)。

pip install cif2cell

安装还将创建一个目录$PREFIX/lib/cif2cell,其中包含手册和示例cif文件。

文档

设置将安装手册cif2cell.pdf到$PREFIX/lib/cif2cell/docs目录。

运行

运行cif2cell -h以获取不同选项的列表。例如

cif2cell Ni20Mn3P6.cif -p vasp --vasp-cartesian-positions

将生成一个VASP的POSCAR文件,以笛卡尔坐标系中的位置格式。

许可证信息

cif2cell是自由软件:您可以根据自由软件基金会发布的GNU通用公共许可证的条款重新分配它或修改它,许可证版本为3,或者(根据您的选择)任何较新版本。

cif2cell是根据希望它会有用而分发的,但没有任何保证;甚至没有关于适销性或适用于特定目的的隐含保证。有关更多详情,请参阅GNU通用公共许可证。

您应该已随cif2cell收到GNU通用公共许可证的副本。如果没有,请参阅https://gnu.ac.cn/licenses/

如何引用

请使用以下引用信息

Torbjorn Bjorkman, "CIF2Cell: 为电子结构程序生成几何结构",计算机物理通信182, 1183-1186 (2011) doi: 10.1016/j.cpc.2011.01.013

我的名字在上面的ascii中呈现,如果能在两个o上都有重音符号则加分。有关使用LaTeX的BibTeX条目,请参阅下文,这对于大多数科学参考文献处理软件应该是可读的。

@article{cif2cell,
title = "CIF2Cell: Generating geometries for electronic structure programs",
journal = "Computer Physics Communications",
volume = "182",
number = "5",
pages = "1183 - 1186",
year = "2011",
issn = "0010-4655",
doi = "10.1016/j.cpc.2011.01.013",
url = "http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010465511000336",
author = "Torbj\"orn Bj\"orkman"
}

祝您计算愉快!

Torbjorn Bjorkman https://orcid.org/0000-0002-1154-9846

项目详情


下载文件

下载适合您平台的文件。如果您不确定选择哪个,请了解更多关于 安装包 的信息。

源分布

cif2cell-2.1.0.tar.gz (1.9 MB 查看哈希值)

上传时间 源代码

构建分布

cif2cell-2.1.0-py3-none-any.whl (2.1 MB 查看哈希值)

上传时间 Python 3