从CIF数据构建晶胞
项目描述
一个工具,可以从CIF(晶体学信息框架)文件生成各种电子结构代码的几何设置。该代码将生成原始晶胞或常规晶胞的晶体结构。
当前支持
代码 | 合金支持 | 输出文件 |
---|---|---|
ASE | 否 | positions.py |
ATAT | 是 | [化合物名称].in |
VASP | VCA | POSCAR |
ABINIT | 否 | [化合物名称].in |
Siesta | 否 | [化合物名称].fdf |
CPMD | 否 | [[化合物名称]].inp |
CASTEP | VCA | [[化合物名称]].cell |
Crystal09 | 否 | [[化合物名称]].d12 |
quantum espresso | 否 | [化合物名称].in |
FHI-aims | 否 | geometry.in |
RSPt | 否 | symt.inp |
Fleur | 否 | inp_[[化合物名称]] |
hutsepot | 否 | [[化合物名称]].sys |
cellgen | 否 | cellgen.inp |
elk | 否 | GEOMETRY.OUT |
exciting | 否 | input.xml |
spacegroup | 否 | spacegroup.in |
ncol | 否 | [[空间群名称/化合物名称]].dat |
for bstr. | ||
emto | 是 | [[空间群名称/化合物名称]].dat |
for kstr, bmdl, shape, kgrn and kfcd | ||
in separate directories. | ||
spr-kkr | 是 | [[化合物名称]].sys |
xyz | 否 | [[化合物名称]].xyz |
crymol (gnxas) | 否 | [[化合物名称]]_cry.in |
CONTENTS
仓库包括
- 此README文件。
- 文件LICENSE,包含GPLv3许可。
- Python文件cif2cell, uctools.py和spacegroupdata.py
- 安装文件,setup.py和MANIFEST。
- 手册。
- 目录cifs/,包含一组示例CIF文件以及来自COD、晶体学开放数据库(http://www.crystallography.net)的完整周期表的晶体结构,以及一些来自ICSD(经许可)的结构。
安装说明
先决条件
程序需要Python 2.4或更高版本,以及PyCIFRW Python包(如果不存在,将自动安装)。请注意,与较晚的Python版本相比,使用Python 2.4的输出可能略有不同(但形式上等效)。
pip install cif2cell
安装还将创建一个目录$PREFIX/lib/cif2cell,其中包含手册和示例cif文件。
文档
设置将安装手册cif2cell.pdf到$PREFIX/lib/cif2cell/docs目录。
运行
运行cif2cell -h
以获取不同选项的列表。例如
cif2cell Ni20Mn3P6.cif -p vasp --vasp-cartesian-positions
将生成一个VASP的POSCAR文件,以笛卡尔坐标系中的位置格式。
许可证信息
cif2cell是自由软件:您可以根据自由软件基金会发布的GNU通用公共许可证的条款重新分配它或修改它,许可证版本为3,或者(根据您的选择)任何较新版本。
cif2cell是根据希望它会有用而分发的,但没有任何保证;甚至没有关于适销性或适用于特定目的的隐含保证。有关更多详情,请参阅GNU通用公共许可证。
您应该已随cif2cell收到GNU通用公共许可证的副本。如果没有,请参阅https://gnu.ac.cn/licenses/。
如何引用
请使用以下引用信息
Torbjorn Bjorkman, "CIF2Cell: 为电子结构程序生成几何结构",计算机物理通信182, 1183-1186 (2011) doi: 10.1016/j.cpc.2011.01.013
我的名字在上面的ascii中呈现,如果能在两个o上都有重音符号则加分。有关使用LaTeX的BibTeX条目,请参阅下文,这对于大多数科学参考文献处理软件应该是可读的。
@article{cif2cell,
title = "CIF2Cell: Generating geometries for electronic structure programs",
journal = "Computer Physics Communications",
volume = "182",
number = "5",
pages = "1183 - 1186",
year = "2011",
issn = "0010-4655",
doi = "10.1016/j.cpc.2011.01.013",
url = "http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010465511000336",
author = "Torbj\"orn Bj\"orkman"
}
祝您计算愉快!
Torbjorn Bjorkman https://orcid.org/0000-0002-1154-9846
项目详情
下载文件
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源分布
构建分布
cif2cell-2.1.0.tar.gz 的哈希值
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 3559f5cf395472d8668ed5a16ae8745f97397c07562239c2ab67fd7357661117 |
|
MD5 | 415af0b40240aa6d131ad726da2c2fa9 |
|
BLAKE2b-256 | 49c0bda72215a42f325b49efa9fb6985b5e64aba38b01289328663880857c074 |
cif2cell-2.1.0-py3-none-any.whl 的哈希值
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 82f22f827c353fb3a5d64c0ac49d5bfa20c59586c24f44dd13fe235c56af4070 |
|
MD5 | b9aeeaff57055e17a1bf4997a7a8cbf8 |
|
BLAKE2b-256 | 4cdf0f30efaa627d75296a3bcea3319c1b421294fb7eb0fe574dc22989b4bcdf |