chemfiles库的Python绑定

Chemfiles是一个用于读取和写入分子轨迹文件的库。这些文件由您喜欢的理论化学程序创建，包含有关原子或残基名称和位置的信息。Chemfiles在这些格式之上提供抽象，并提供一致接口以加载和保存数据到这些文件。

此存储库包含chemfiles库的Python绑定。此绑定使用ctypes模块创建，直接调用chemfiles的C接口，因此与Python 2和3以及所有版本的Numpy兼容。

安装

您可以使用您喜欢的包管理器（conda或pip）安装预构建的Chemfiles版本，该版本支持Linux/Windows/macOS，以及Python 2.7和3。

# Using pip
pip install chemfiles
# Using conda
conda install -c conda-forge chemfiles

源编译

如果您已经在您的计算机上安装了C++ chemfiles库的所有依赖项，则可以从源代码安装此Python模块。

# To get the latest development version:
git clone https://github.com/chemfiles/chemfiles.py
cd chemfiles.py
git submodule update --init
# Install development dependencies
pip install -r dev-requirements.txt
# Install chemfiles
pip install .
# Optionally run the test suite
tox

使用示例

这里是chemfiles模块的一个简单用法示例。请参阅examples文件夹以获取更多示例。

from chemfiles import Trajectory, Frame

trajectory = Trajectory("filename.xyz")
frame = trajectory.read()

print(f"There are {len(frame.atoms)} atoms in the frame")
positions = frame.positions()

# Do awesome things with the positions here !

错误报告、功能请求

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