charm-gems

此存储库包含用于Freesurfer的Sequence-Adaptive Multimodal SEGmentation（SAMSEG）和SimNIBS 4.0 Complete Head Anatomy Reconstruction Method（CHARM）中创建个体头部模型的gems C++代码和Python绑定。

安装

编译的charm-gems库可通过pip ≥ 19.3获取，支持python 3.6, 3.7和3.8

pip install --upgrade pip
pip install charm-gems

之后，可以通过调用以下命令导入包

import charm_gems as gems

手动安装

要求

• 与C++ 11兼容的C++编译器
• Python ≥ 3.6
• CMake
• Make（Linux/MacOS）
• Visual Studio（Windows）
• zlib（对于Windows，请参阅https://github.com/horta/zlib.install）

准备

此存储库使用子模块。要启动它，请使用以下命令

git submodule init
git submodule update

Linux/MacOS

1. 构建ITK

mkdir ITK-build
cd ITK-build
cmake \
    -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF \
    -DBUILD_TESTING=OFF \
    -DBUILD_EXAMPLES=OFF \
    -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release \
    -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=../ITK-install \
    ../ITK
make install
cd ..

2. 安装charm-gems

ITK_DIR=ITK-install python setup.py install

Windows（已在Visual Studio 2019上测试）

1. 构建ITK

md ITK-build
cd ITK-build
cmake.exe ^
    -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF ^
    -DBUILD_TESTING=OFF ^
    -DBUILD_EXAMPLES=OFF ^
    -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release ^
    -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=..\ITK-install ^
    ..\ITK
cmake --build . --config Release --target Install
cd ..

2. 安装charm-gems

set ITK_DIR=ITK-install
python setup.py install