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染色质可及性模块

项目描述

chame是一个用于处理基因组范围和染色质可及性的Python模块。是scverse的一部分。

文档 | 示例

安装chame

pip install git+https://github.com/gtca/chame

功能

I/O

10X Genomics ARC, SnapATAC, ArchR (箭头文件)。

预处理和质控

TF-IDF / LSI。TSS富集,单核小体占据等。

绘图

基因 + 峰联合可视化。


其他项目

  1. muon
  2. episcanpy
  3. SnapATAC2
  4. ArchR
  5. Signac

项目详情


下载文件

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源代码分发

chame-0.0.1.dev0.tar.gz (3.6 kB 查看哈希值)

上传时间: 源代码

构建分发

chame-0.0.1.dev0-py3-none-any.whl (4.3 kB 查看哈希值)

上传时间: Python 3

由以下支持