大规模单细胞RNA测序数据集的探索型Web应用
项目描述
单细胞转录组数据的交互式探索器
CZ CELLxGENE Annotate（发音为"cell-by-gene"）是一个单细胞数据集的交互式数据探索器，例如来自人类细胞图谱的数据。利用现代网络开发技术，实现至少1百万个细胞的快速可视化，我们希望帮助生物学家和计算研究人员探索他们的数据。
无论您需要可视化一千个细胞还是一百万个细胞，CELLxGENE Annotate都能帮助您深入了解您的单细胞数据。
开始使用
CZ CELLxGENE Annotate的全面指南
CZ CELLxGENE Annotate文档是您获取CELLxGENE Annotate信息的便捷之选！您可能特别感兴趣的是
- 查看Annotate能做什么
- 了解更多关于Annotate的安装和使用方法
- 准备您的数据以在Annotate中使用
- 查看我们的路线图以了解未来的开发
- 为Annotate做出贡献
快速开始
要安装CELLxGENE Annotate，您需要Python 3.10+。我们建议将Annotate安装到conda或虚拟环境中。
安装软件包。
pip install cellxgene
使用示例anndata文件启动Annotate
cellxgene launch https://cellxgene-example-data.czi.technology/pbmc3k.h5ad
要探索更多已格式化为Annotate的示例数据集，请查看演示数据或查看准备您的数据以了解如何将您的数据格式化为CELLxGENE Annotate。
支持的浏览器
CELLxGENE Annotate目前支持以下浏览器
- Google Chrome 61+
- Edge 15+
- Firefox 60+
如果您希望我们添加对不支持浏览器的支持，请提交问题。
寻求帮助
我们期待与您交流！对于问题、建议或赞扬，请加入CZI Science Community Slack上的#cellxgene-users频道，并说“hi”！
对于任何错误，请在Github上报告错误。
使用CZ CELLxGENE Annotate进行开发
贡献
我们热烈欢迎社区的贡献！请参阅我们的贡献指南，并不要犹豫打开一个问题或发送一个拉取请求来改进CELLxGENE Annotate。请参阅dev_docs以获取拉取请求建议、单元测试细节、本地文档预览以及其他开发细节。
本项目遵守贡献者公约。通过参与，您应遵守此公约。请向opensource@chanzuckerberg.com报告不可接受的行为。
重用
本项目仅旨在帮助科学界探索和理解他们的数据。因此，我们鼓励学术界或工业界的其他科学工具构建者采用本项目中的模式、工具和代码。所有代码均免费提供，可在MIT许可下重用。
在扩展CELLxGENE Annotate之前，我们鼓励您与我们联系，提出想法或问题。可能的情况是，扩展可以直接贡献，从而使它对更广泛的受众可用，或者它在我们的路线图上，并且正在积极开发。
请参阅我们文档中的CELLxGENE扩展部分，了解社区使用和CELLxGENE扩展的示例。
安全性
如果您认为您发现了一个安全问题，我们将非常感谢您的通知。请发送电子邮件至security@chanzuckerberg.com。
灵感
我们受到了几个其他相关单细胞可视化项目的极大启发，包括UCSC Cell Browser、Cytoscape、Xena、ASAP、GenePattern以及许多其他项目。我们希望在这个社区共同努力改进单细胞数据的交互式可视化时，探索有用的合作。
我们受到了Mike Bostock和crossfilter团队对我们过滤实现的启发。
我们一直与scanpy团队紧密合作，以整合他们的优秀分析工具。特别感谢Alex Wolf、Fabian Theis以及整个团队在开发期间的帮助，以及他们提供的示例数据集。
我们渴望探索与其他计算后端（如Seurat或Bioconductor）的集成。
cellxgene-1.3.0.tar.gz的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 4c220c5b34f121c17b94a302119ac30fc31a308c3eb9101d05fa905cd133925e |
|
| MD5 | 011f3174acb21f2901848827c9d2643b |
|
| BLAKE2b-256 | 816c861f5334368fe05904cfa027d18e09bc6ac39565edf1704367e4d3667f3d |
