使用单细胞RNA测序数据对多变量上下文特异性eQTL进行映射的线性混合模型框架。
项目描述
CellRegMap
细胞调控图谱（CellRegMap）是一种线性混合模型方法，通过利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据执行多上下文eQTL映射。它与先前提出的StructLMM相关，但重要的是它还可以考虑样本结构，包括群体结构和相同样本的重复观察，例如来自同一供体的多个细胞。
CellRegMap模型及其在真实和模拟数据中的应用在CellRegMap手稿中进行了描述。
我们正在努力制作更多说明和教程，以方便在此链接使用此软件包！
安装
在您的命令行中输入
python3 -m pip install cellregmap
在您的命令行中。
开发
要在开发模式下安装，请输入
git clone https://github.com/limix/CellRegMap.git
cd CellRegMap
python3 -m pip install -e .
在您的命令行中。
运行测试
在您的命令行中输入
python3 setup.py test
下载文件
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源代码分发
cellregmap-0.0.3.tar.gz (21.9 kB 查看哈希值)
构建分发
cellregmap-0.0.3-py3-none-any.whl (23.6 kB 查看哈希值)