cellml.recipe.api 0.8

概述

这是构建CellML API Python绑定的配方，默认启用所有选项。目前有一些限制，例如构建CellML API所需的所有依赖项必须在使用此配方之前安装，并且我认为目前这个配方在Windows上可能无法工作。

支持选项

该配方支持以下选项

api-version

要构建的CellML API版本。有效的版本是任何通过CMake构建并具有Python绑定的版本（>1.10），并且必须在有效版本列表中。

cmake-generator

要使用的生成器。仅支持默认选项 Unix Makefiles，因为此配方是在 zc.recipe.cmmi的基础上构建的，它将使用 make和 make install。

check-build

是否检查构建时间依赖项。默认是关闭，因为即使为我安装了GSL库，它也没有检测到。等同于向 cmake传递 -DCHECK_BUILD:BOOL=OFF。

其他支持的选项

• enable-examples

• enable-annotools

• enable-ccgs

• enable-celeds

• enable-celeds-exporter

• 启用-cevas

• 启用-cis

• 启用-cuses

• 启用-gsl-integrators

• 启用-malaes

• 启用-python

• 启用-rdf

• 启用-spros

• 启用-srus

• 启用-telicems

• 启用-vacss

有关这些选项的功能，请参阅CellML API 文档。

用法

由于此egg发布在pypi上，此配方可以通过在buildout.cfg中包含一个新部分立即使用。以下是一个示例配置

[buildout]
parts =
    ...
    cellml-api
    cellmlpy

[cellml-api]
recipe = cellml.recipe.api
api-version = 1.10

[cellmlpy]
recipe = zc.recipe.egg
eggs =
interpreter = cellmlpy
scripts = cellmlpy
extra-paths = ${cellml-api:location}/lib/python

此示例buildout.cfg将构建具有所有支持选项启用的CellML API v1.10，并在bin/cellmlpy中生成一个脚本，允许绑定不设置PYTHONPATH和其他相关环境变量即可导入。请参阅示例目录以获取更详细的说明和此配方的其他示例用法。

版权/许可信息

此软件根据MPL/GPL/LGPL许可证发布。

有关详细的版权信息，请参阅COPYING.txt文件，有关此软件发布的具体许可证，请参阅docs目录。

0.8 (2022-04-27)

• 强制使用已知的支持CXX标准，因为最新的gcc默认使用不兼容的c++17标准。

0.7 (2019-01-23)

• 更新分发位置。

0.6 (2018-07-31)

• Python 3 兼容性。

0.5 (2018-01-23)

• 在github上添加了CellML API的最新版本。

• 添加了RUNPATH。

0.4 (2012-11-05)

• 添加了CellML API 1.12。

0.3 (2012-10-03)

• 更正了TeLICeM标志的拼写错误。

• 添加了CellML API 1.11。

0.2 (2011-09-21)

• 修复了即使未分配，所有预期键也分配为空字符串的问题；这导致了各种不希望的副作用。

• 修复了此buildout配方位置未定义的问题。

0.1 (2011-09-21)

• CellML API Python绑定buildout的初始发布。

演示

此配方基于zc.recipe.cmmi，但有一个限制，即cmake被调用而不是./configure脚本，但cmake生成Unix Makefiles，以便cmmi调用的make/make install可以像往常一样进行。

对于演示，我们不会下载/构建整个API，而是将使用mock-ups（即以前的设置）。

>>> ls(distros)
-  cellml-api-0.0fake.tgz

>>> distros_url = start_server(distros)
>>> archive_url = '%scellml-api-0.0fake.tgz' % distros_url

让我们创建我们的buildout，但修改为使用我们的假存档。

>>> write('buildout.cfg',
... """
... [buildout]
... parts = cellml-api
...
... [cellml-api]
... recipe = cellml.recipe.api
... api-version = 0.0fake
... """)

由于我们的模拟api版本未列为可用版本，buildout将失败。

>>> print('start ' + system(buildout))
start...
  Installing.
  Getting ... cellml-api.
  Initializing ... cellml-api.
...
Traceback (most recent call last):
...
ValueError: api-version `0.0fake` is not a supported version of...
<BLANKLINE>

好吧，由于我们的假版本显然不会被添加到支持API的列表中，我们仍然可以提供我们的url和md5sum，因为zc.recipe.cmmi提供的原始功能仍然有效。用所需的属性重写buildout.cfg。

>>> try: from hashlib import md5
... except ImportError: from md5 import new as md5
>>> m = md5(open(join(distros, 'cellml-api-0.0fake.tgz'), 'rb'
...             ).read()).hexdigest()
>>> write('buildout.cfg',
... """
... [buildout]
... parts = cellml-api
...
... [cellml-api]
... recipe = cellml.recipe.api
... url = %s
... md5sum = %s
... """ % (archive_url, m))

>>> print('start ' + system(buildout))
start...
...
CMake Warning:
  Manually-specified variables were not used by the project:
<BLANKLINE>
    CHECK_BUILD
    ENABLE_ANNOTOOLS
    ENABLE_CCGS
    ENABLE_CELEDS
    ENABLE_CELEDS_EXPORTER
    ENABLE_CEVAS
    ENABLE_CGRS
    ENABLE_CIS
    ENABLE_CUSES
    ENABLE_EXAMPLES
    ENABLE_GSL_INTEGRATORS
    ENABLE_MALAES
    ENABLE_PYTHON
    ENABLE_RDF
    ENABLE_SPROS
    ENABLE_SRUS
    ENABLE_TELICEMS
    ENABLE_VACSS
<BLANKLINE>
<BLANKLINE>
<BLANKLINE>