围绕BGEN库的Python封装

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cbgen

Python封装了BGEN库。 (cbgen文档)。

BGEN 是一种用于存储大型遗传数据集的文件格式。它支持未配对基因型和具有可变单倍性和等位基因数量的配对单倍型数据。它旨在提供紧凑的数据表示，同时不牺牲变体访问性能。这个Python包是围绕 bgen库的封装，这是一个低内存占用、高效读取bgen文件的读取器。它完全支持bgen格式规范：1.2和1.3；以及它们的可选压缩格式。

安装

pip install cbgen

使用示例

>>> import cbgen
>>>
>>> bgen = cbgen.bgen_file(cbgen.example.get("haplotypes.bgen"))
>>> bgen.create_metafile("haplotypes.bgen.metafile")
>>> mf = cbgen.bgen_metafile("haplotypes.bgen.metafile")
>>> print(mf.npartitions)
1
>>> print(mf.nvariants)
4
>>> print(mf.partition_size)
4
>>> part = mf.read_partition(0)
>>> gt = bgen.read_genotype(part.variants.offset[0])
>>> print(gt.probability)
[[1. 0. 1. 0.]
 [0. 1. 1. 0.]
 [1. 0. 0. 1.]
 [0. 1. 0. 1.]]
>>> mf.close()
>>> bgen.close()

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cbgen-1.0.6.tar.gz 的哈希

cbgen-1.0.6.tar.gz 的哈希
算法	哈希摘要
SHA256	`edcf856c9b0cafae7f6e999ed5d08aacdf1e09dadec766b79990fe5861e8cf7e`
MD5	`22231b1341072c36edee151882958410`
BLAKE2b-256	`a097cc69e0d0accb46965332ae247f3289832e546f8d30cb77218d6eb0f47b48`

cbgen-1.0.6-cp312-cp312-win_amd64.whl 的哈希

cbgen-1.0.6-cp312-cp312-win_amd64.whl 的哈希
算法	哈希摘要
SHA256	`e56d6a01fb71d5c7fbf7039cc23089edd7a749fafb9f2898efffeacbd14a2bba`
MD5	`593281c1919ac861d6a4891438d3784f`
BLAKE2b-256	`eceb493f97d94704a5078770477d03924c6bd74c2d98d041d25848f4b735034d`

cbgen-1.0.6-cp312-cp312-musllinux_1_2_x86_64.whl 的哈希

cbgen-1.0.6-cp312-cp312-musllinux_1_2_x86_64.whl 的哈希
算法	哈希摘要
SHA256	`e1279d9881844018d27d6cd3ec8475e08d68136a1862c8eadf41745b373393d1`
MD5	`4172db58e1463e774635aa86587eab2d`
BLAKE2b-256	`a9246613c31e2346bd583ebbd4f32eccca4cd894364daf751ed0b632665013b3`

cbgen-1.0.6-cp312-cp312-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希

cbgen-1.0.6-cp312-cp312-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希
算法	哈希摘要
SHA256	`8e95a3b83d58343f5a7026dcee9dfce7ab9845406feb8b1c065151636b9fbefc`
MD5	`0cd0ee6aa3fc8d40d571b9fd850317b2`
BLAKE2b-256	`a5363e8550e6d05baea8eb2eae8c27887e81ea0085f8246d13e030d73f9f87fd`

cbgen-1.0.6-cp312-cp312-macosx_14_0_arm64.whl 的哈希

cbgen-1.0.6-cp312-cp312-macosx_14_0_arm64.whl 的哈希
算法	哈希摘要
SHA256	`07d8d9209d24005f8f492b82f3793ac4ac8596263b07c5f68b7ab3e57eb0bc83`
MD5	`b8e85be897da989b59290987dc4534b2`
BLAKE2b-256	`c0157c42414b690d937ca6c4c75d08964e1e7bb19d9bb2fc06b5698ee18e53b8`

cbgen-1.0.6-cp312-cp312-macosx_13_0_x86_64.whl 的哈希

cbgen-1.0.6-cp312-cp312-macosx_13_0_x86_64.whl 的哈希
算法	哈希摘要
SHA256	`e05037fabfd12711836b0cd26da961fc271b56080871e3508177c6c08b1247b1`
MD5	`c3a20122bc20058663f4542f2c77b9f9`
BLAKE2b-256	`09ce6abc744f0b17d24ce47fd177b81aafc0a8afe005439b18e57db6caa564f3`

cbgen-1.0.6-cp311-cp311-win_amd64.whl 的哈希

cbgen-1.0.6-cp311-cp311-win_amd64.whl 的哈希
算法	哈希摘要
SHA256	`733a11d2eb2b06adf4ef0dd7675ce18e011c12df99e42fea93b3222efad5293b`
MD5	`1081d25cbceda0eb48ee20e7f72deb50`
BLAKE2b-256	`4084f0660542361cfe3a97e553d61e91d92bb26ea04a87cdd7d06522f1852dcf`

哈希值 for cbgen-1.0.6-cp311-cp311-musllinux_1_2_x86_64.whl

cbgen-1.0.6-cp311-cp311-musllinux_1_2_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`fc40d9e917155125057adbad5477537a3974a7908080b60715449298f5c686d7`
MD5	`1422783133647c6bd0cd201ce06af4f6`
BLAKE2b-256	`c4bbfa9ed88dca04be210707e00bf329a337b78cbfc154c4cfa0250a7f589b0b`

哈希值 for cbgen-1.0.6-cp311-cp311-musllinux_1_2_aarch64.whl

cbgen-1.0.6-cp311-cp311-musllinux_1_2_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`9beb0fe67968020344b47c0f5f648418202ead39b1cc599adc481a49daace99b`
MD5	`0f0f22808c8d99f65214b97e9b6686ea`
BLAKE2b-256	`b87b10cff399b0255d1426a1498aeb2eda7a94167a034fbd9f0bca5da2c66fdd`

哈希值 for cbgen-1.0.6-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

cbgen-1.0.6-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`9c04f5860e7c35296777af14b0749c3b0c0210825644ac98cae9f169822a40bd`
MD5	`86b045caaf16260b671017b7df53e8fa`
BLAKE2b-256	`1aaa7b37e68dda0f95b5fde96d20aab5163c61f35268914d4df110923953fbb4`

哈希值 for cbgen-1.0.6-cp311-cp311-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

cbgen-1.0.6-cp311-cp311-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`85560c53ea769902e9516b86d6bd2f3e6718dcac8ce4c3d7c0ac9fb43863b19f`
MD5	`335391972d4b43f5be291aa16cc0ce43`
BLAKE2b-256	`adcc0a735cc723989189177d00a57937e44184b57ca42245570b0b8e86720d57`

哈希值 for cbgen-1.0.6-cp311-cp311-macosx_14_0_arm64.whl

cbgen-1.0.6-cp311-cp311-macosx_14_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`a0ddcaa25f19ea383931605d4627da06339662d0ef5bc07fda706d2592a11b31`
MD5	`5f4461d4db63ed9fa3088ae43922346e`
BLAKE2b-256	`8171260966997bdad39615e3430375fbca020ca103c1f601ec95f969e0b02296`

哈希值 for cbgen-1.0.6-cp311-cp311-macosx_13_0_x86_64.whl

cbgen-1.0.6-cp311-cp311-macosx_13_0_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`b97ab995397d56fa007dfd4e3d01f0ee7bc02ee5685b4e174161615af6a1dad0`
MD5	`7ba1a47002f4eb9f6e52b5f79a4a907d`
BLAKE2b-256	`ff05360448e10fbe7bed04450d2e2f9df6c8ddfa6e86beb367e426eb6b06fb49`

哈希值 for cbgen-1.0.6-cp310-cp310-win_amd64.whl

cbgen-1.0.6-cp310-cp310-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`d4f599d86f35d219093e885c35efb74b64e9d0d8a5a6ff6f5e73d87f1e7eb158`
MD5	`c7b8585ad5aa098ba30f12ce846eee2e`
BLAKE2b-256	`e96a489bbf9b822572dc130ac10342314d5c05c88957cfef30a08d250700294a`

哈希值 for cbgen-1.0.6-cp310-cp310-musllinux_1_2_x86_64.whl

cbgen-1.0.6-cp310-cp310-musllinux_1_2_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`de6da1a148478851ed50a6dca99c6e48d5cf1a98560eea1fbfceaaa42d7c7269`
MD5	`de63c9303a241694e7c1fcf1dafb4c03`
BLAKE2b-256	`6e383c6d281b4d14dc99e8536dbc3840e43884a4c2ec51853c471c165e849320`

哈希值 for cbgen-1.0.6-cp310-cp310-musllinux_1_2_aarch64.whl

cbgen-1.0.6-cp310-cp310-musllinux_1_2_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`e0b7a71d7bc7b0427b4e21e2d775a3700f122115c2617fbbe47436994e0f38cd`
MD5	`30fa743e488823b3fab2881f146f8818`
BLAKE2b-256	`a5327b3d8a0efe32b67833b491faafd9dfc895d0ccf66e3e55ba1d07218be06d`

哈希值 for cbgen-1.0.6-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

cbgen-1.0.6-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`332852813515c293956640ac0fce95bb9a4813d37792981aca4ecca49c8a8b8b`
MD5	`42999037eae11448a8872e7df3bf1990`
BLAKE2b-256	`7c1f460de7436623ab3687f22bb03116d03bd5fbb34505a379853e210e50427d`

哈希值 for cbgen-1.0.6-cp310-cp310-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

cbgen-1.0.6-cp310-cp310-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`0fe460460c29af60f3b1b378683d9ae559f8986b3dd5cc23a030ce108f569ab0`
MD5	`f198a6c31cc8b1f08d4e8937325902b3`
BLAKE2b-256	`ec55b07aa26859e22982c823822fbd384d136bbeeec386c826d685e0d1acfe0f`

哈希值 for cbgen-1.0.6-cp310-cp310-macosx_14_0_arm64.whl

cbgen-1.0.6-cp310-cp310-macosx_14_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`4d13799e89bbdc80cdb782c15592e3056381dfdeddd9b67fc21c6e5c96e52432`
MD5	`2c1eaa8edb094cc5a009d122ea38300e`
BLAKE2b-256	`5e490f9e0e73d9f4b3578b511af00857f4274219fc411a0433fa96f8aad91091`

哈希值为 cbgen-1.0.6-cp310-cp310-macosx_13_0_x86_64.whl

cbgen-1.0.6-cp310-cp310-macosx_13_0_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`6175728aa6db4ef235f67b35e8a2d6cd7d73bd7f9595cca3e584a7c70d210984`
MD5	`a2afbf0c063bf1fd0de36d2ea00cb9ae`
BLAKE2b-256	`0cd90e8b194ff5c223eb85fa84f84eb215f578835b6cadbdd39940a0dc8c9a81`

哈希值为 cbgen-1.0.6-cp39-cp39-win_amd64.whl

cbgen-1.0.6-cp39-cp39-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`80526b425586272f5d5c721de3e7c6595f9f855e94b023bd5377d54667349fde`
MD5	`fd29cf2b5ef323a8c13f84734317c7a8`
BLAKE2b-256	`68861d5388c64fef248beed558fdba295596d1f16c5e0a6b2b0e37b00f8d56a7`

哈希值为 cbgen-1.0.6-cp39-cp39-musllinux_1_2_x86_64.whl

cbgen-1.0.6-cp39-cp39-musllinux_1_2_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`f2dfcad5b7432c62db50c8c2ebde9fe107720af87a613c3366f78550a9de3761`
MD5	`1c4a1a6d41a55e7f2ba4d65d84f05430`
BLAKE2b-256	`e0ee4cb92a53646970d0dea3ef007620176a89ff484a69745b9fbc22f20136d5`

哈希值为 cbgen-1.0.6-cp39-cp39-musllinux_1_2_aarch64.whl

cbgen-1.0.6-cp39-cp39-musllinux_1_2_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`6b61998d7aaa1fe75162096a5b5bb3d2997bca7814290c4d75576396175dec16`
MD5	`43d16b69b06af64148b7d4390edd478d`
BLAKE2b-256	`07dc3ca8b3aa7cf18ab38e103db129763c171479f931fda734f9c302faafec78`

哈希值为 cbgen-1.0.6-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

cbgen-1.0.6-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`d26b6034e15a6c67c5b1d3caf127e2a79ed08bd90d23c8a157ff5652231acf0a`
MD5	`2b5cacbaa3c923a1cb341b8438a1371b`
BLAKE2b-256	`ae377c8c79b2913461fe3a81e6bff48a49a83592266065e47330da0ef70d016f`

哈希值为 cbgen-1.0.6-cp39-cp39-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

cbgen-1.0.6-cp39-cp39-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`7e2e3c9ed4461791e056efb17d8bbf9559f0ef68d90a3366f788ec69858e252f`
MD5	`af6461c97dbd33b732b02a17d9a50095`
BLAKE2b-256	`a9e0462f0cde8b72b5170c5d7e441325d0969be22e2fa249b1d2c04c56cc6637`

哈希值为 cbgen-1.0.6-cp39-cp39-macosx_14_0_arm64.whl

cbgen-1.0.6-cp39-cp39-macosx_14_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`f4eb1f07398a37daaf40327de5e491ede311a933d26f6868e1f3d74982c5d569`
MD5	`dd90ad6d7a3f316b2843f9b569b247fa`
BLAKE2b-256	`b39bff50f251077b0972bd9a262ed9ae781b565d83adc799d6ce6bcd1ca28a05`

哈希值为 cbgen-1.0.6-cp39-cp39-macosx_13_0_x86_64.whl

cbgen-1.0.6-cp39-cp39-macosx_13_0_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`f32275bbd77c32a40129e0d37450de019f74fefecdd337217116d1a4cdf21713`
MD5	`2daa2acabee7b6c01d4945eb2f5e4e27`
BLAKE2b-256	`9ad4207566dd60778e5c868dc887bddc0cc20a9c4ebdb06bd451669d12064ef7`

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