基于Answer Set Programming对逻辑信号网络响应的推理
项目描述
 ?badge=latest  
### 关于逻辑信号网络响应的推理
在生物系统中识别潜在逻辑规则往往是困难的、容易出错的，并且耗时。此外，研究表明，如果考虑内在的实验噪声，许多不同的逻辑网络都可以与一组实验观察结果相容。因此，从实验数据自动推断逻辑网络可以识别可接受的、大规模的逻辑模型，节省大量精力，并且没有先验偏见。接下来，一旦确定了一个逻辑网络家族，就可以建议或设计新的实验，以减少这一家族带来的不确定性。最后，可以寻找干预策略，将这些目标物种或化合物强迫进入所需稳态。总之，这构成了逻辑信号网络自动推理的流程。因此，caspo的目标是实现这样一个流程，为系统生物学家提供一个强大且易于使用的软件工具。
### 文档
有关如何安装和使用caspo的详细文档可在http://caspo.readthedocs.io找到。
### 示例
示例文件包含在caspo中，并可供[下载](http://bioasp.github.io/caspo/data.zip)
### 引用
caspo：用于逻辑信号网络家族响应自动推理的工具箱。（2017）。生物信息学。[DOI](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw738）
### 相关出版物 * 设计实验以区分逻辑模型家族。（2015）。生物工程与生物技术前沿 3:131。[DOI](http://dx.doi.org/10.3389/fbioe.2015.00131）
使用ASP学习信号网络布尔逻辑模型。（2015）。理论计算机科学。[DOI](http://dx.doi.org/10.1016/j.tcs.2014.06.022）
使用ASP对逻辑信号网络响应进行推理。（2014）。John Wiley & Sons, Inc。[DOI](http://dx.doi.org/10.1002/9781119005223.ch2）
ASP中逻辑信号网络的最低干预策略。（2013）。逻辑编程理论与实践。[DOI](http://dx.doi.org/10.1017/S1471068413000422）
使用ASP全面描述信号网络可行逻辑模型。（2013）。生物信息学。[DOI](http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btt393）
基于ASP的正式方法回顾蛋白质信号网络逻辑模型训练。（2012）第10届计算系统生物学会议。[DOI](http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-33636-2_20）
下载文件
下载适用于您平台的文件。如果您不确定选择哪个，请了解更多关于安装包的信息。
源代码发行版
构建发行版
caspo-4.0.1.tar.gz的散列值
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | dd9f95fc15e83b7acaa22321127abc050ca1ba1440b3640ba685d5f70618c519 |
|
| MD5 | 78551aa3bb9314f41f1af12259e3fe08 |
|
| BLAKE2b-256 | 75eae1532d848c1faf7e31383479ae413f2ce769240139f3a157e692c8cdac1c |
caspo-4.0.1-py3-none-any.whl的散列值
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | a640ae40ff60885cefc0bdc541fedc788c2e8a62e7f2b6567453c70305aa32a3 |
|
| MD5 | 09902f2f9e2ad05ac32588e02e29b743 |
|
| BLAKE2b-256 | c5f168630f0cb41a669f63a832f22a8d24980c74d718221aaacbe9bb0fc1a647 |