用于操作生物数据的工具，特别是多序列比对

项目描述

bx-python

bx-python项目是一个Python库和相关脚本集，用于快速实现基因组规模分析。该库包含各种有用的模块，但特别优势是

用于读取和处理基因组规模多局部对齐的类（在MAF、AXT和LAV格式中）
用于在包含与各种序列上的区间相关联的数据块磁盘文件上进行索引的通用数据结构（例如，用于提供对大文件中单个对齐的随机访问；针对网络文件系统使用进行了优化）
用于处理序列区间的数据结构
- “分箱位集”，类似于染色体大小的位数组，但可以懒惰地分配区域，并允许大量全部设置为1或全部设置为0的位块以紧凑的方式存储
- 用于执行快速交集测试的“交集器”，同时保留查询和目标区间以及相关的注释

需求

构建目前需要liblzo，例如在debian/ubuntu上使用sudo apt-get install liblzo2-dev。

安装

可以使用pip安装此软件包

pip install bx-python

它可在bioconda中获取（推荐）

conda install -c conda-forge -c bioconda bx-python

它可在Debian和Ubuntu中获取

sudo apt install python3-bx

或者可以从仓库的检出中构建

python setup.py install

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算法	哈希摘要
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哈希值 for bx_python-0.13.0-pp39-pypy39_pp73-macosx_11_0_arm64.whl

bx_python-0.13.0-pp39-pypy39_pp73-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
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哈希值 for bx_python-0.13.0-pp39-pypy39_pp73-macosx_10_15_x86_64.whl

bx_python-0.13.0-pp39-pypy39_pp73-macosx_10_15_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
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哈希值 for bx_python-0.13.0-cp313-cp313-musllinux_1_2_x86_64.whl

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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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bx_python-0.13.0-cp311-cp311-musllinux_1_2_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
SHA256	`820209ca91e34565e3489567e1f719f8c8b8a12b0814694980a9ac6bfed73891`
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算法	哈希摘要
SHA256	`9ad912f7ee16108b24c1f9e7be9038bfb2db5251591f93e8797161b63e3cde91`
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算法	哈希摘要
SHA256	`0a9022d3c6519f95901682377225cec1d4ad4e69bb64fa1cc91618b28e91635d`
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算法	哈希摘要
SHA256	`59697dab1f324c3cfc96ddcb01a0cfd8d4941990f88b62380f3931a41d7807a0`
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算法	哈希摘要
SHA256	`a9ea44fc7625cd2e768e9842410f178803ced531a41b4a0ff9f0d496f0fab1c3`
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bx_python-0.13.0-cp311-cp311-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`42bc4af761f36743e3c0a2b5bb1e78664e9a2cc5c0cac5e7ba84f7c6fb3e1e8e`
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BLAKE2b-256	`add12ea92f406fe38e5c2ad699fe0f89f831bd1f1f85b659042daf1df1e15f91`

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bx_python-0.13.0-cp311-cp311-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`8dcd9f7facb13ce0163c38a431550420f85f150452ab802080cd1de20fe6292d`
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BLAKE2b-256	`571c506f8024ff544ae6239a216291c39f1e86eb35d34b3ac3516214c881ae24`

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bx_python-0.13.0-cp310-cp310-musllinux_1_2_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`cb056c1f7bdd684d5f3f0bdc855993e6a75b76932ace977e7a06041571f39c77`
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BLAKE2b-256	`27fce23209c71119f8eb4b5ef983e5f55ae59293def1537fc9747ce8762fe3a5`

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bx_python-0.13.0-cp310-cp310-musllinux_1_2_i686.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`890e9ef1b944ec791493c6c99ca37ffa9ab81a5068c6d91b4f14ac6ce7b6b616`
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BLAKE2b-256	`31233b3c6934c74a7bb2251215ca66cbb5505346ef13de7673952dab112b004c`

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算法	哈希摘要
SHA256	`a115fd511ad4e55afae210a6d1fdedcd150986f7ffcb7ab533ed2bd3fd469852`
MD5	`e7c1561560f5a246538b18bd5798f1d8`
BLAKE2b-256	`4e0b757e2f02e3313c422e34ad4cc75a3fe97cb8ade803b4407e74b8ff6715fe`

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算法	哈希摘要
SHA256	`d0c5cb28b2fd01d8121e30698827007529fdd0954667f05a729440dbe21f0788`
MD5	`f479a4a432ae99f54dc0537253e71873`
BLAKE2b-256	`62bb103f74da85f38d4b65cd5a8629d56083e5cd0856640651a8ec48d4e9ac1f`

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算法	哈希摘要
SHA256	`f6b66f8211cf19a84af75b117e0a0dd2990f8e8d2a9955f48dd3c7c813f5e438`
MD5	`fe34cd1b7edb25ff6c3b564f9b380037`
BLAKE2b-256	`4cd351da2c82cb09298ee57981652584067a4385027a25587d74582b409ee771`

哈希值 for bx_python-0.13.0-cp310-cp310-manylinux_2_5_i686.manylinux1_i686.manylinux_2_17_i686.manylinux2014_i686.whl

bx_python-0.13.0-cp310-cp310-manylinux_2_5_i686.manylinux1_i686.manylinux_2_17_i686.manylinux2014_i686.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`e1d3f68aaa475e293a795485ee277489bdac90f1b54c5c71c87f5e3de42f8504`
MD5	`174a61cf30deb88b317de4d730b03c7e`
BLAKE2b-256	`e4c27d90bfca54cce6ee5f6d802880b6bbf192eb13f2433e47960e7653fdef34`

哈希值用于 bx_python-0.13.0-cp310-cp310-macosx_11_0_arm64.whl

bx_python-0.13.0-cp310-cp310-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`782109f66fe2ecfd304696fa3a1fc2e86c87e20a680b822c8c720d741a4c9d10`
MD5	`eadeba94ed8179b52bb3554a7b8bde95`
BLAKE2b-256	`303a9f6e0c554d6d846eaeb76a09976fa4938e35d54df95d587bb32ed8978e08`

哈希值用于 bx_python-0.13.0-cp310-cp310-macosx_10_9_x86_64.whl

bx_python-0.13.0-cp310-cp310-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`8011aa67cf55ee4412d8186ba09ab5a1c62b3648dcd65055b70bda83653e5635`
MD5	`fbadd6da5c230a506455d50839064841`
BLAKE2b-256	`1f97cb904f6a39755d1c637ef618f3f099f19a79e9d069ca9898baad9021f2f7`

哈希值用于 bx_python-0.13.0-cp39-cp39-musllinux_1_2_x86_64.whl

bx_python-0.13.0-cp39-cp39-musllinux_1_2_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`bb61c122dcdf03adaf3e54bd2bc707b82d35275db2b13a08f738cdbf47d03bf2`
MD5	`5380e35bf97e5d5409eb61486d220c6f`
BLAKE2b-256	`87955d4da4000aec87af200f183518e81a58ccb46c7fdef510244b2efa8b7de3`

哈希值用于 bx_python-0.13.0-cp39-cp39-musllinux_1_2_i686.whl

bx_python-0.13.0-cp39-cp39-musllinux_1_2_i686.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`e0849f58d600e8528468f8acbd6bd156405c9476d1aa4d7c2382928b98f3ffa3`
MD5	`c33ce8d011be37bff2bfefbc673dd767`
BLAKE2b-256	`1b66ab3e83e60eee6ae86f9cb3ac8eff1f0412cdc077e0739762dcd1156bdcba`

哈希值用于 bx_python-0.13.0-cp39-cp39-musllinux_1_2_aarch64.whl

bx_python-0.13.0-cp39-cp39-musllinux_1_2_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`1cf5d6a85985418aeb33c7893f884657a3a2ce7139cbcd718f05b588b7c45ba3`
MD5	`cc7d9c3939faabd3af163fd286db742e`
BLAKE2b-256	`a3443c14ab529d03f5e32429f9cf7dcd8e78efc32b1a00d6a716bb429f1257bf`

哈希值用于 bx_python-0.13.0-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

bx_python-0.13.0-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`b04e7a0c81d03386bdba953d9e513311ef10393ab13a53c2f048d32a35490963`
MD5	`54c98cdd19d2667c2d3f7771d448d908`
BLAKE2b-256	`f1c35c67905608e059357da9be93365be2299e07a793ffcc5fafc5ca05ebc210`

哈希值用于 bx_python-0.13.0-cp39-cp39-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

bx_python-0.13.0-cp39-cp39-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`94fbb2d777588c3530aa8a8471c114a5835a53e0e0f1b4acbcb67d93680012ff`
MD5	`ef4d3476620177eba52d7733ad1d94a7`
BLAKE2b-256	`a491c0e1d3f7f47a30f7cc80e341f702f318ab1517d482cd8bd4bdd91356d411`

哈希值用于 bx_python-0.13.0-cp39-cp39-manylinux_2_5_i686.manylinux1_i686.manylinux_2_17_i686.manylinux2014_i686.whl

bx_python-0.13.0-cp39-cp39-manylinux_2_5_i686.manylinux1_i686.manylinux_2_17_i686.manylinux2014_i686.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`6de017a87e877dd2d4b0cff67a2c61f5243380e7cb4a9939ae729001fd3826fa`
MD5	`d283bc79befff2a71263a17438e27d88`
BLAKE2b-256	`119f5e46c71ce0854286dab82329d4e157eb7ecb976946824423dadbb2926742`

哈希值用于 bx_python-0.13.0-cp39-cp39-macosx_11_0_arm64.whl

bx_python-0.13.0-cp39-cp39-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`c5e5dcd72be30ff56935d62e73f69fed4ebbf3c0751bdb84d5977cbff9b24708`
MD5	`629bb0335df375826130240ab25f0080`
BLAKE2b-256	`4db3206ce64354f59ddc06c00c62b99ce1cd14a99fb76878d44a0a8b15574c3f`

哈希值用于 bx_python-0.13.0-cp39-cp39-macosx_10_9_x86_64.whl

bx_python-0.13.0-cp39-cp39-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`dc40c083ba1a1711673415763886f3c10822539f57d80a7a413d781517e5f729`
MD5	`dd4ae42d65d7963c4eee411b2ba90d1f`
BLAKE2b-256	`7c9ecd2441e93ac3371bf24fdaa4f66b21a77a175a8f5c3dbcb8865570570b60`

哈希值用于 bx_python-0.13.0-cp38-cp38-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

bx_python-0.13.0-cp38-cp38-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`8afcd6db9aeeab8adeabfb9d24c76d48977e131185ea38c50b6082d33327db2a`
MD5	`ca73a00cfad1712d824c9ef0eb74161c`
BLAKE2b-256	`c02573cc9048109dfbe0d693ede407b6131ac9252873bd71ef3ad66b6d36c62b`

哈希值用于 bx_python-0.13.0-cp38-cp38-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

bx_python-0.13.0-cp38-cp38-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`b7e9c96c8aa2a0a77e7f6f643e3984776131e4dff2beda318b03918f47eb5664`
MD5	`affde4cbaad3bcf0a32de368f2663550`
BLAKE2b-256	`3797c385fde6ce9d68d4211d9565ea28acce4686884f6cd984c6cc8480d0d06e`

哈希值 for bx_python-0.13.0-cp38-cp38-manylinux_2_5_i686.manylinux1_i686.manylinux_2_17_i686.manylinux2014_i686.whl

哈希值 for bx_python-0.13.0-cp38-cp38-manylinux_2_5_i686.manylinux1_i686.manylinux_2_17_i686.manylinux2014_i686.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`719623f425de96d7bb08fa295ec4511fed15104dc8ef4a73048e519adc3304f7`
MD5	`3ff154439e8ed65d3367f81494697a43`
BLAKE2b-256	`568e1d1b7f93c653c297c53f9b7a46ee7bef499c1472a839094e3bc7b6eae9af`

哈希值 for bx_python-0.13.0-cp38-cp38-macosx_11_0_arm64.whl

哈希值 for bx_python-0.13.0-cp38-cp38-macosx_11_0_arm64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`cbc9c7647b1a58f00a6ca45d58ce4a000a30b221f75d43198a58cc8e5c95a899`
MD5	`2288923957d21ec958a178f4389303ae`
BLAKE2b-256	`fc5aed75e594f2c457aad30c3d13e760d5a2a88cb9f8380aaa66580665c43d89`

哈希值 for bx_python-0.13.0-cp38-cp38-macosx_10_9_x86_64.whl

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算法	哈希摘要
SHA256	`15f56541c233ab30a8ad2cacd87c74a937820270b5d080713bc5e5b2fb2b78d1`
MD5	`7567e75d7c4c1038f97dc605e5b4985e`
BLAKE2b-256	`9b815eda128047570738694f67694bfa44f3c8a3ccd613616532469c4b0c0bec`

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